~ubuntu-branches/debian/sid/simpleitk/sid

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from __future__ import print_function

 

import SimpleITK as sitk

import sys

import os

 

 

#

# Check Command Line

#

if len( sys.argv ) < 7:

  print( "Usage: NeighborhoodConnectedImageFilter inputImage outputImage lowerThreshold upperThreshold seedX seedY [seed2X seed2Y ... ]")

  sys.exit( 1 )

 

 

#

# Read the image

#

reader = sitk.ImageFileReader()

reader.SetFileName( sys.argv[1] )

image = reader.Execute();

 

 

#

# Blur using CurvatureFlowImageFilter

#

blurFilter = sitk.CurvatureFlowImageFilter()

blurFilter.SetNumberOfIterations( 5 )

blurFilter.SetTimeStep( 0.125 )

image = blurFilter.Execute( image )

 

#

# Set up NeighborhoodConnectedImageFilter for segmentation

#

segmentationFilter = sitk.NeighborhoodConnectedImageFilter()

segmentationFilter.SetLower( float(sys.argv[3]) )

segmentationFilter.SetUpper( float(sys.argv[4]) )

segmentationFilter.SetReplaceValue( 255 )

 

radius = [2,2]

segmentationFilter.SetRadius( radius )

 

for i in range( 5, len(sys.argv)-1, 2 ):

  seed = [int(sys.argv[i]), int(sys.argv[i+1])]

  segmentationFilter.AddSeed( seed )

  print( "Adding seed at: ", seed, " with intensity: ", image.GetPixel(*seed) )

 

# Run the segmentation filter

image = segmentationFilter.Execute( image )

 

#

# Write out the result

#

writer = sitk.ImageFileWriter()

writer.SetFileName( sys.argv[2] )

writer.Execute( image )

 

 

 

if ( not "SITK_NOSHOW" in os.environ ):

  sitk.Show( image, "NeighborhoodConnectedThreshold" )