~ubuntu-branches/debian/sid/simpleitk/sid

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#if defined(_MSC_VER)

#pragma warning ( disable : 4786 )

#endif

 

 

#include "sitkImage.h"

#include "sitkCurvatureFlowImageFilter.h"

#include "sitkConnectedThresholdImageFilter.h"

#include "sitkImageFileReader.h"

#include "sitkImageFileWriter.h"

 

#include <stdlib.h>

#include <iostream>

 

namespace sitk = itk::simple;

 

int main( int argc, char *argv[])

{

 

  //

  // Check command line parameters

  //

  if( argc < 7 )

    {

    std::cerr << "Missing Parameters " << std::endl;

    std::cerr << "Usage: " << argv[0];

    std::cerr << " inputImage outputImage lowerThreshold upperThreshold seedX seedY [seed2X seed2Y ... ]" << std::endl;

    return 1;

    }

 

 

  //

  // Read the image

  //

 

  sitk::ImageFileReader reader;

  reader.SetFileName( std::string( argv[1] ) );

  sitk::Image image = reader.Execute();

 

 

  //

  // Blur using CurvatureFlowImageFilter

  //

  sitk::CurvatureFlowImageFilter blurFilter;

  blurFilter.SetNumberOfIterations( 5 );

  blurFilter.SetTimeStep( 0.125 );

  image = blurFilter.Execute( image );

 

 

  //

  // Set up ConnectedThresholdImageFilter for segmentation

  //

  sitk::ConnectedThresholdImageFilter segmentationFilter;

  segmentationFilter.SetLower( atof( argv[3] ) );

  segmentationFilter.SetUpper( atof( argv[4] ) );

  segmentationFilter.SetReplaceValue( 255 );

 

  for (int i = 5; i+1 < argc; i+=2)

    {

    std::vector<unsigned int> seed;

    seed.push_back(atoi(argv[i]));

    seed.push_back(atoi(argv[i+1]));

    segmentationFilter.AddSeed(seed);

    std::cout << "Adding a seed at: ";

    for( unsigned int j = 0; j < seed.size(); ++j )

      {

      std::cout << seed[j] << " ";

      }

    std::cout << std::endl;

    }

 

  sitk::Image outImage = segmentationFilter.Execute(image);

 

 

  //

  // Write out the resulting file

  //

  sitk::ImageFileWriter writer;

  writer.SetFileName( std::string( argv[2] ) );

  writer.Execute(outImage);

 

  return 0;

}