← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/intrepid/primer3/intrepid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to test/primer_quality_boundary_input

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2006-09-28 20:18:54 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060928201854-45pwapz5e3a6d684
Tags: upstream-1.0b
Import upstream version 1.0b

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
test/primer_quality_boundary_input
 
1
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test1
 
2
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1
 
3
COMMENT=quality scores out of range
 
4
PRIMER_MIN_TM=0
 
5
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_TM=0
 
6
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_TM=100
 
7
PRIMER_MAX_TM=100
 
8
PRIMER_SELF_ANY=20
 
9
PRIMER_SELF_END=20
 
10
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=50-70 70-90 90-110 110-500
 
11
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
12
PRIMER_MIN_QUALITY=30
 
13
PRIMER_QUALITY_RANGE_MAX=40
 
14
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
 
15
=
 
16
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test2
 
17
COMMENT=quality scores out of range
 
18
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
19
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
 
20
PRIMER_MIN_QUALITY=60
 
21
PRIMER_QUALITY_RANGE_MIN=60
 
22
PRIMER_QUALITY_RANGE_MAX=65
 
23
=
 
24
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test3
 
25
COMMENT=quality scores out of range
 
26
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
27
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
 
28
PRIMER_QUALITY_RANGE_MIN=0
 
29
PRIMER_MIN_QUALITY=9
 
30
PRIMER_QUALITY_RANGE_MAX=49
 
31
=
 
32
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test4
 
33
COMMENT=Should return exactly one pair
 
34
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
35
PRIMER_MIN_QUALITY=60
 
36
PRIMER_QUALITY_RANGE_MAX=70
 
37
PRIMER_MIN_SIZE=10
 
38
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
 
39
=
 
40
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test5
 
41
COMMENT=Should return exactly one pair
 
42
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
 
43
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=55
 
44
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_SIZE=12
 
45
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
46
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
 
47
=
 
48
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test6
 
49
COMMENT=Should fail because of low quality for middle oligo
 
50
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
 
51
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=51
 
52
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
53
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 53 54 54 54 54 50 54 54 54 54 54 51 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
 
54
=
 
55
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test7
 
56
COMMENT=Should fail as there are too few score values
 
57
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
 
58
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=20
 
59
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
60
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
 
61
=
 
62
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test8
 
63
COMMENT=Should fail as there are too many score values
 
64
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
 
65
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=20
 
66
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
67
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY= 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
 
68
=
 
69
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test9
 
70
COMMENT=Should fail because of low end quality
 
71
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
 
72
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=55
 
73
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_SIZE=12
 
74
PRIMER_MIN_END_QUALITY=61
 
75
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
76
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
 
77
=
 
78
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test10
 
79
COMMENT=Should return exactly one pair
 
80
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
 
81
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=55
 
82
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_SIZE=12
 
83
PRIMER_MIN_END_QUALITY=61
 
84
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
85
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=60 60 60 60 60 61 61 61 61 61 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 61 61 61 61 61 60 60 60 60 60 
 
86
=
 
87
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test11
 
88
COMMENT=Should fail as high quality pairs are not in the included region
 
89
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
 
90
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=55
 
91
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_SIZE=12
 
92
PRIMER_MIN_END_QUALITY=61
 
93
INCLUDED_REGION=2,115
 
94
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
95
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=60 60 60 60 60 61 61 61 61 61 61 61 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 61 61 61 61 61 60 60 60 60 60 
 
96
=
 
97
PRIMER_SEQUENCE_ID=quality_test12
 
98
COMMENT=Should return exactly one pair
 
99
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
 
100
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=55
 
101
PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_SIZE=12
 
102
PRIMER_MIN_END_QUALITY=61
 
103
INCLUDED_REGION=2,115
 
104
SEQUENCE=ATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCAGTCTACTACTGATCTAGCTGATCATCGTAGCTAGCTAGTCATCATCGTACTACGTAGCTACTAGTCATCTAGCTAGCTAGTCGATGC
 
105
PRIMER_SEQUENCE_QUALITY=60 60 60 60 60 61 61 61 61 61 61 61 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 61 61 61 61 61 61 61 61 61 60 50 50 50 50 
 
106
=