← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/intrepid/primer3/intrepid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to test/primer_task_formatted_output

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2006-09-28 20:18:54 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060928201854-45pwapz5e3a6d684
Tags: upstream-1.0b
Import upstream version 1.0b

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
test/primer_task_formatted_output
 
1
PRIMER PICKING RESULTS FOR pcr_primers
 
2
 
 
3
No mispriming library specified
 
4
Using 0-based sequence positions
 
5
OLIGO            start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
6
LEFT PRIMER          0   21   60.12   47.62 12.00  0.00 TCCTACAGCTGTGGGAAAATG
 
7
RIGHT PRIMER       160   18   59.69   61.11  6.00  3.00 CAGTGTGTACATGGCGGC
 
8
SEQUENCE SIZE: 161
 
9
INCLUDED REGION SIZE: 161
 
10
 
 
11
PRODUCT SIZE: 161, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
 
12
TARGETS (start, len)*: 21,122
 
13
 
 
14
    0 TCCTACAGCTGTGGGAAAATGatgcgtacgatccatgctagctagctactatcgattagc
 
15
      >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>***************************************
 
16
 
 
17
   60 tatcatctactatcatctactatctactacacatctactatcatctacacacacacacac
 
18
      ************************************************************
 
19
 
 
20
  120 actaggccgctatatcatctagcGCCGCCATGTACACACTG
 
21
      ***********************<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 
22
 
 
23
KEYS (in order of precedence):
 
24
****** target
 
25
>>>>>> left primer
 
26
<<<<<< right primer
 
27
 
 
28
ADDITIONAL OLIGOS
 
29
                    start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
30
 
 
31
 1 LEFT PRIMER          1   20   58.23   50.00 10.00  0.00 CCTACAGCTGTGGGAAAATG
 
32
   RIGHT PRIMER       160   18   59.69   61.11  6.00  3.00 CAGTGTGTACATGGCGGC
 
33
   PRODUCT SIZE: 160, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
 
34
 
 
35
 2 LEFT PRIMER          0   20   57.27   45.00 12.00  2.00 TCCTACAGCTGTGGGAAAAT
 
36
   RIGHT PRIMER       160   18   59.69   61.11  6.00  3.00 CAGTGTGTACATGGCGGC
 
37
   PRODUCT SIZE: 161, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
 
38
 
 
39
Statistics
 
40
         con   too    in    in          no    tm    tm  high  high        high      
 
41
         sid  many   tar  excl   bad    GC   too   too   any    3'  poly   end      
 
42
        ered    Ns   get   reg   GC% clamp   low  high compl compl     X  stab    ok
 
43
Left      10     0     0     0     0     0     7     0     0     0     0     0     3
 
44
Right      1     0     0     0     0     0     0     0     0     0     0     0     1
 
45
Pair Stats:
 
46
considered 3, ok 3
 
47
primer3 release 1.0b
 
48
 
 
49
 
 
50
PRIMER PICKING RESULTS FOR pcr_primers_and_io
 
51
 
 
52
No mispriming library specified
 
53
No internal oligo mishyb library specified
 
54
Using 0-based sequence positions
 
55
OLIGO            start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
56
LEFT PRIMER          9   22   59.90   40.91  6.00  4.00 TGTTTCACACTTACGGAAATGG
 
57
RIGHT PRIMER       247   20   60.23   50.00  3.00  0.00 TCCTGTTGGAGAAAAGCCAC
 
58
INTERNAL OLIGO     141   18   62.80   66.67  3.00  1.00 CTTAGCGTGCGTGGGGTC
 
59
SEQUENCE SIZE: 300
 
60
INCLUDED REGION SIZE: 300
 
61
 
 
62
PRODUCT SIZE: 239, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
 
63
 
 
64
    0 NATCCANGCTGTTTCACACTTACGGAAATGGANGACTNCCCATAGCTNCTGGGCTNTTAT
 
65
               >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>                             
 
66
 
 
67
   60 CCAAAAAACATTCTCTNNNTGNTGCTTATTGGCNTCTCNAAGTGTGCNNACTTCATGGGC
 
68
                                                                  
 
69
 
 
70
  120 CTACACANAATTGNNCANGGGCTTAGCGTGCGTGGGGTCCCTNGGTAACATNGGCATCTC
 
71
                           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^                     
 
72
 
 
73
  180 TGCACTTCNNGGTNNCCTTCCTTCTNACCAAGGGGTATCTGGNTGCCAGTGGCTTTTCTC
 
74
                                                      <<<<<<<<<<<<
 
75
 
 
76
  240 CAACAGGAANGGGGGTATGTGCATTNGCAGACATCAATGANCATGAGAGATATNAATAGG
 
77
      <<<<<<<<                                                    
 
78
 
 
79
KEYS (in order of precedence):
 
80
>>>>>> left primer
 
81
<<<<<< right primer
 
82
^^^^^^ internal oligo
 
83
 
 
84
ADDITIONAL OLIGOS
 
85
                    start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
86
 
 
87
 1 LEFT PRIMER          9   22   59.90   40.91  6.00  4.00 TGTTTCACACTTACGGAAATGG
 
88
   RIGHT PRIMER       246   20   59.33   50.00  3.00  1.00 CCTGTTGGAGAAAAGCCACT
 
89
   INTERNAL OLIGO     141   18   62.80   66.67  3.00  1.00 CTTAGCGTGCGTGGGGTC
 
90
   PRODUCT SIZE: 238, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
 
91
 
 
92
 2 LEFT PRIMER          9   22   59.90   40.91  6.00  4.00 TGTTTCACACTTACGGAAATGG
 
93
   RIGHT PRIMER       248   20   60.74   45.00  3.00  0.00 TTCCTGTTGGAGAAAAGCCA
 
94
   INTERNAL OLIGO     141   18   62.80   66.67  3.00  1.00 CTTAGCGTGCGTGGGGTC
 
95
   PRODUCT SIZE: 240, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
 
96
 
 
97
 3 LEFT PRIMER         11   21   58.13   38.10  6.00  6.00 TTTCACACTTACGGAAATGGA
 
98
   RIGHT PRIMER       247   20   60.23   50.00  3.00  0.00 TCCTGTTGGAGAAAAGCCAC
 
99
   INTERNAL OLIGO     141   18   62.80   66.67  3.00  1.00 CTTAGCGTGCGTGGGGTC
 
100
   PRODUCT SIZE: 237, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
 
101
 
 
102
 4 LEFT PRIMER         10   22   59.00   40.91  6.00  6.00 GTTTCACACTTACGGAAATGGA
 
103
   RIGHT PRIMER       247   20   60.23   50.00  3.00  0.00 TCCTGTTGGAGAAAAGCCAC
 
104
   INTERNAL OLIGO     141   18   62.80   66.67  3.00  1.00 CTTAGCGTGCGTGGGGTC
 
105
   PRODUCT SIZE: 238, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
 
106
 
 
107
Statistics
 
108
         con   too    in    in          no    tm    tm  high  high        high      
 
109
         sid  many   tar  excl   bad    GC   too   too   any    3'  poly   end      
 
110
        ered    Ns   get   reg   GC% clamp   low  high compl compl     X  stab    ok
 
111
Left     281   210     0     0     0     0    30    29     0     0     0     0    12
 
112
Right    284   210     0     0     0     0     7    44     0     0     0     0    23
 
113
Intl     393   280     0     0     0     0    30    46     0     0     3     0    34
 
114
Pair Stats:
 
115
considered 7, ok 7
 
116
primer3 release 1.0b
 
117
 
 
118
 
 
119
PRIMER PICKING RESULTS FOR left_only
 
120
 
 
121
No mispriming library specified
 
122
Using 0-based sequence positions
 
123
OLIGO            start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
124
LEFT_PRIMER         72   20   59.96   55.00  3.00  0.00 TTAGAAGGGGTGTCTGGGTG
 
125
SEQUENCE SIZE: 175
 
126
INCLUDED REGION SIZE: 175
 
127
 
 
128
TARGETS (start, len)*: 100,20
 
129
    0 GNATCTGCACCCTGTAAACCCTGGCTCCTGCCTCTCCGGGACACCCCACTGAGGTCAGCA
 
130
                                                                  
 
131
 
 
132
   60 CACCCTGCAGGTTTAGAAGGGGTGTCTGGGTGCATTTGGTGACACCGCAGGCAGAGGGGG
 
133
                  >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>        ********************
 
134
 
 
135
  120 GACNCCACAGCCAGCTCTGCCCGCGGATGCCACGTCCATTTGCTTCAGCAGGATC
 
136
                                                             
 
137
 
 
138
KEYS (in order of precedence):
 
139
****** target
 
140
>>>>>> left primer
 
141
 
 
142
 
 
143
ADDITIONAL OLIGOS
 
144
                    start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
145
 1 LEFT_PRIMER         64   20   59.73   55.00  6.00  0.00 CTGCAGGTTTAGAAGGGGTG
 
146
 2 LEFT_PRIMER         60   20   59.73   55.00  8.00  0.00 CACCCTGCAGGTTTAGAAGG
 
147
 3 LEFT_PRIMER         56   20   60.31   55.00  8.00  6.00 AGCACACCCTGCAGGTTTAG
 
148
 4 LEFT_PRIMER         65   20   59.59   50.00  4.00  0.00 TGCAGGTTTAGAAGGGGTGT
 
149
 
 
150
Statistics
 
151
         con   too    in    in          no    tm    tm  high  high        high      
 
152
         sid  many   tar  excl   bad    GC   too   too   any    3'  poly   end      
 
153
        ered    Ns   get   reg   GC% clamp   low  high compl compl     X  stab    ok
 
154
Left    1121    38    23     0     0     0    42   866     0     0     0     0   152
 
155
primer3 release 1.0b
 
156
 
 
157
 
 
158
PRIMER PICKING RESULTS FOR right_only
 
159
 
 
160
No mispriming library specified
 
161
Using 0-based sequence positions
 
162
OLIGO            start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
163
RIGHT_PRIMER       125   20   60.29   45.00  3.00  1.00 GTGCTTTGCGTTTTGGAAGT
 
164
SEQUENCE SIZE: 136
 
165
INCLUDED REGION SIZE: 136
 
166
 
 
167
TARGETS (start, len)*: 90,10
 
168
    0 GANCAATGCANGTAATGANGTTGGCANAATTATGAATCGCAATCAAATTTTTTCTATGAC
 
169
                                                                  
 
170
 
 
171
   60 CTGATAGAAACGCCAACTCACTGTATGAGTCTGTTGTCAAAGTCTAACTTCCAAAACGCA
 
172
                                    **********      <<<<<<<<<<<<<<
 
173
 
 
174
  120 AAGCACGCTCCCGATC
 
175
      <<<<<<          
 
176
 
 
177
KEYS (in order of precedence):
 
178
****** target
 
179
<<<<<< right primer
 
180
 
 
181
 
 
182
ADDITIONAL OLIGOS
 
183
                    start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
184
 1 RIGHT_PRIMER        75   20   59.27   45.00  2.00  1.00 TTGGCGTTTCTATCAGGTCA
 
185
 2 RIGHT_PRIMER       124   20   60.78   40.00  3.00  3.00 TGCTTTGCGTTTTGGAAGTT
 
186
 3 RIGHT_PRIMER        76   21   60.13   47.62  2.00  1.00 GTTGGCGTTTCTATCAGGTCA
 
187
 4 RIGHT_PRIMER        79   21   60.26   47.62  3.00  0.00 TGAGTTGGCGTTTCTATCAGG
 
188
 
 
189
Statistics
 
190
         con   too    in    in          no    tm    tm  high  high        high      
 
191
         sid  many   tar  excl   bad    GC   too   too   any    3'  poly   end      
 
192
        ered    Ns   get   reg   GC% clamp   low  high compl compl     X  stab    ok
 
193
Right    623    27    36     0     5     0   230   145     0     6     0     0   174
 
194
primer3 release 1.0b
 
195
 
 
196
 
 
197
PRIMER PICKING RESULTS FOR hyb_probe_only
 
198
 
 
199
Using 0-based sequence positions
 
200
OLIGO            start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
201
INTERNAL_OLIGO      64   20   59.73   55.00  6.00  0.00 CTGCAGGTTTAGAAGGGGTG
 
202
SEQUENCE SIZE: 175
 
203
INCLUDED REGION SIZE: 175
 
204
 
 
205
INTERNAL OLIGO EXCLUDED REGIONS (start, len)*: 90,20
 
206
    0 GCATCTGCACCCTGTAAACCCTGGCTCCTGCCTCTCCGGGACACCCCACTGAGGTCAGCA
 
207
                                                                  
 
208
 
 
209
   60 CACCCTGCAGGTTTAGAAGGGGTGTCTGGGTGCATTTGGTGACACCGCAGGCAGAGGGGG
 
210
          ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^      xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx          
 
211
 
 
212
  120 GACNCCACAGCCAGCTCTGCCCGCGGATGCCACGTCCATTTGCTTCAGCAGGATC
 
213
                                                             
 
214
 
 
215
KEYS (in order of precedence):
 
216
^^^^^^ internal oligo
 
217
 
 
218
 
 
219
ADDITIONAL OLIGOS
 
220
                    start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
221
 1 INTERNAL_OLIGO      60   20   59.73   55.00  8.00  0.00 CACCCTGCAGGTTTAGAAGG
 
222
 2 INTERNAL_OLIGO      56   20   60.31   55.00  8.00  6.00 AGCACACCCTGCAGGTTTAG
 
223
 3 INTERNAL_OLIGO       1   20   60.38   55.00  4.00  0.00 CATCTGCACCCTGTAAACCC
 
224
 4 INTERNAL_OLIGO      65   20   59.59   50.00  4.00  0.00 TGCAGGTTTAGAAGGGGTGT
 
225
 
 
226
Statistics
 
227
         con   too    in    in          no    tm    tm  high  high        high      
 
228
         sid  many   tar  excl   bad    GC   too   too   any    3'  poly   end      
 
229
        ered    Ns   get   reg   GC% clamp   low  high compl compl     X  stab    ok
 
230
Intl    1040    27     0    33     0     0    44   804     0     0     0     0   132
 
231
primer3 release 1.0b
 
232
 
 
233
 
 
234
PRIMER PICKING RESULTS FOR left_only
 
235
 
 
236
No mispriming library specified
 
237
Using 0-based sequence positions
 
238
OLIGO            start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
239
LEFT_PRIMER          0   20   59.96   55.00  3.00  0.00 TTAGAAGGGGTGTCTGGGTG
 
240
SEQUENCE SIZE: 20
 
241
INCLUDED REGION SIZE: 20
 
242
 
 
243
    0 TTAGAAGGGGTGTCTGGGTG
 
244
      >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
 
245
 
 
246
KEYS (in order of precedence):
 
247
>>>>>> left primer
 
248
 
 
249
 
 
250
 
 
251
Statistics
 
252
         con   too    in    in          no    tm    tm  high  high        high      
 
253
         sid  many   tar  excl   bad    GC   too   too   any    3'  poly   end      
 
254
        ered    Ns   get   reg   GC% clamp   low  high compl compl     X  stab    ok
 
255
Left       1     0     0     0     0     0     0     0     0     0     0     0     1
 
256
primer3 release 1.0b
 
257
 
 
258
 
 
259
PRIMER PICKING RESULTS FOR right_only
 
260
 
 
261
No mispriming library specified
 
262
Using 0-based sequence positions
 
263
OLIGO            start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
264
LEFT_PRIMER          0   20   59.96   55.00  3.00  0.00 TTAGAAGGGGTGTCTGGGTG
 
265
SEQUENCE SIZE: 20
 
266
INCLUDED REGION SIZE: 20
 
267
 
 
268
    0 TTAGAAGGGGTGTCTGGGTG
 
269
      >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
 
270
 
 
271
KEYS (in order of precedence):
 
272
>>>>>> left primer
 
273
 
 
274
 
 
275
 
 
276
Statistics
 
277
         con   too    in    in          no    tm    tm  high  high        high      
 
278
         sid  many   tar  excl   bad    GC   too   too   any    3'  poly   end      
 
279
        ered    Ns   get   reg   GC% clamp   low  high compl compl     X  stab    ok
 
280
Left       1     0     0     0     0     0     0     0     0     0     0     0     1
 
281
primer3 release 1.0b
 
282
 
 
283
 
 
284
PRIMER PICKING RESULTS FOR hyb_probe_only
 
285
 
 
286
No mispriming library specified
 
287
Using 0-based sequence positions
 
288
OLIGO            start  len      tm     gc%   any    3' seq
 
289
LEFT_PRIMER          0   20   59.96   55.00  3.00  0.00 TTAGAAGGGGTGTCTGGGTG
 
290
SEQUENCE SIZE: 20
 
291
INCLUDED REGION SIZE: 20
 
292
 
 
293
    0 TTAGAAGGGGTGTCTGGGTG
 
294
      >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
 
295
 
 
296
KEYS (in order of precedence):
 
297
>>>>>> left primer
 
298
 
 
299
 
 
300
 
 
301
Statistics
 
302
         con   too    in    in          no    tm    tm  high  high        high      
 
303
         sid  many   tar  excl   bad    GC   too   too   any    3'  poly   end      
 
304
        ered    Ns   get   reg   GC% clamp   low  high compl compl     X  stab    ok
 
305
Left       1     0     0     0     0     0     0     0     0     0     0     0     1
 
306
primer3 release 1.0b
 
307
 
 
308