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Viewing changes to src/geom/geom_dox.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Daniel Leidert, Andreas Tille, Michael Banck
  • Date: 2013-07-04 12:14:55 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130704121455-5tvsx2qabor3nrui
Tags: 6.3-1
http://bugs.debian.org/696361
* New upstream release.
* Fixes anisotropic properties (Closes: #696361).
* New features include:
  + Multi-reference coupled cluster (MRCC) approaches
  + Hybrid DFT calculations with short-range HF 
  + New density-functionals including Minnesota (M08, M11) and HSE hybrid
    functionals
  + X-ray absorption spectroscopy (XAS) with TDDFT
  + Analytical gradients for the COSMO solvation model
  + Transition densities from TDDFT 
  + DFT+U and Electron-Transfer (ET) methods for plane wave calculations
  + Exploitation of space group symmetry in plane wave geometry optimizations
  + Local density of states (LDOS) collective variable added to Metadynamics
  + Various new XC functionals added for plane wave calculations, including
    hybrid and range-corrected ones
  + Electric field gradients with relativistic corrections 
  + Nudged Elastic Band optimization method
  + Updated basis sets and ECPs 

[ Daniel Leidert ]
* debian/watch: Fixed.

[ Andreas Tille ]
* debian/upstream: References

[ Michael Banck ]
* debian/upstream (Name): New field.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Refreshed.
* debian/patches/06_statfs_kfreebsd.patch: Likewise.
* debian/patches/07_ga_target_force_linux.patch: Likewise.
* debian/patches/05_avoid_inline_assembler.patch: Removed, no longer needed.
* debian/patches/09_backported_6.1.1_fixes.patch: Likewise.
* debian/control (Build-Depends): Added gfortran-4.7 and gcc-4.7.
* debian/patches/10_force_gcc-4.7.patch: New patch, explicitly sets
  gfortran-4.7 and gcc-4.7, fixes test suite hang with gcc-4.8 (Closes:
  #701328, #713262).
* debian/testsuite: Added tests for COSMO analytical gradients and MRCC.
* debian/rules (MRCC_METHODS): New variable, required to enable MRCC methods.

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removed removed

Lines of Context:
src/geom/geom_dox.c
 
1
/* This file contains only Doxygen documentation on geometry objects.
 
2
   There is no actual code here.
 
3
*/
 
4
 
 
5
/**
 
6
\defgroup geom The Geometry Object
 
7
\brief Notes on geometry objects
 
8
 
 
9
The geometry object is used in NWChem to store and manipulate important
 
10
information describing the molecular system to be modeled, not all of
 
11
which is specifically connected with the geometry of the system.  The
 
12
geometry object serves four main purposes; 
 
13
 
 
14
- provides a definition of the coordinate system and positioning in space
 
15
  (including lattice vectors for periodic systems)
 
16
 
 
17
- defines an association of names/tags with coordinates in space
 
18
 
 
19
- specifies the external potential (nuclear multipole
 
20
  moments, external fields, effective core potentials, ...) that
 
21
  define the Hamiltonian for all electronic structure methods
 
22
 
 
23
- stores most Hamiltonian related information (but
 
24
  not wavefunction related information).
 
25
 
 
26
The tag associated with a geometric center serves a number of purposes in 
 
27
NWChem. It provides a convenient and unambiguous way to refer to
 
28
 
 
29
- a specific chemical element (which provides default values for information
 
30
  such as nuclear charge, mass, number of electrons, ...)
 
31
 
 
32
- the name of an `atomic' basis set
 
33
 
 
34
- a DFT grid
 
35
 
 
36
The tag can also serve as a test for symmetry equivalence, since lower symmetry 
 
37
can be forced by specifying different tags for otherwise symmetry equivalent
 
38
centers.
 
39
 
 
40
The data contained in the geometry object (or information that can be derived
 
41
from data in the object) include the following;
 
42
 
 
43
- A description of the coordinates of all types of centers (e.g.,
 
44
  atom, basis function)
 
45
 
 
46
- Charges (or optionally, ECPs, ...) associated with those centers
 
47
 
 
48
- Tags (names) of centers
 
49
 
 
50
- Masses associated with centers
 
51
 
 
52
- Variables for optimization (e.g., via constrained cartesians
 
53
  or Z-matrix variables)
 
54
 
 
55
- Symmetry information
 
56
 
 
57
- Any other simple scalar/vector attribute associated
 
58
  specifically with a center
 
59
 
 
60
Specific geometries are referenced through an integer handle.   
 
61
Multiple geometries can be defined such that any one of them 
 
62
may be accessible at any instant for a given problem.  However,
 
63
geometries can consume a large amount of memory, so it is usually
 
64
advisable to keep the number of simultaneously `open' geometries to a minimum.
 
65
 
 
66
Logical functions return .true. on sucess, .false. on failure.  Below the
 
67
various functions are described in more detail.
 
68
 
 
69
*/