← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/nwchem/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/tools/ga-5-2/armci/doc/README.myrinet

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Daniel Leidert, Andreas Tille, Michael Banck
  • Date: 2013-07-04 12:14:55 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130704121455-5tvsx2qabor3nrui
Tags: 6.3-1
http://bugs.debian.org/696361
* New upstream release.
* Fixes anisotropic properties (Closes: #696361).
* New features include:
  + Multi-reference coupled cluster (MRCC) approaches
  + Hybrid DFT calculations with short-range HF 
  + New density-functionals including Minnesota (M08, M11) and HSE hybrid
    functionals
  + X-ray absorption spectroscopy (XAS) with TDDFT
  + Analytical gradients for the COSMO solvation model
  + Transition densities from TDDFT 
  + DFT+U and Electron-Transfer (ET) methods for plane wave calculations
  + Exploitation of space group symmetry in plane wave geometry optimizations
  + Local density of states (LDOS) collective variable added to Metadynamics
  + Various new XC functionals added for plane wave calculations, including
    hybrid and range-corrected ones
  + Electric field gradients with relativistic corrections 
  + Nudged Elastic Band optimization method
  + Updated basis sets and ECPs 

[ Daniel Leidert ]
* debian/watch: Fixed.

[ Andreas Tille ]
* debian/upstream: References

[ Michael Banck ]
* debian/upstream (Name): New field.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Refreshed.
* debian/patches/06_statfs_kfreebsd.patch: Likewise.
* debian/patches/07_ga_target_force_linux.patch: Likewise.
* debian/patches/05_avoid_inline_assembler.patch: Removed, no longer needed.
* debian/patches/09_backported_6.1.1_fixes.patch: Likewise.
* debian/control (Build-Depends): Added gfortran-4.7 and gcc-4.7.
* debian/patches/10_force_gcc-4.7.patch: New patch, explicitly sets
  gfortran-4.7 and gcc-4.7, fixes test suite hang with gcc-4.8 (Closes:
  #701328, #713262).
* debian/testsuite: Added tests for COSMO analytical gradients and MRCC.
* debian/rules (MRCC_METHODS): New variable, required to enable MRCC methods.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/tools/ga-5-2/armci/doc/README.myrinet
 
1
The following instructions describe how to setup Myrinet and build
 
2
ARMCI to run over Myrinet using the Myricom GM interface and MPICH/GM.
 
3
 
 
4
Notes: 
 
5
 - any other message-passing library is not supported
 
6
 - This code was tested and is supported only on Linux Intel & Sparc
 
7
   and Solaris/sparc platforms. If you have other configuration
 
8
   please try if it works, otherwise please send a message to 
 
9
   <parsoft-support@emsl.pnl.gov>
 
10
 
 
11
1. Installation of Myrinet and the GM library (must have root privilege)
 
12
 
 
13
   * To build gm on linux smp nodes, run configure with the following 
 
14
     options. For details, refer to README-linux.
 
15
        --enable-linux-smp
 
16
        --enable-linux-modversions
 
17
     then run make
 
18
 
 
19
   * Install the driver,
 
20
     cd binary
 
21
     ./GM_INSTAll
 
22
 
 
23
   * Run mapper
 
24
     cd sbin
 
25
     mapper active.args
 
26
 
 
27
   * Check the configuration
 
28
     gm_board_info
 
29
 
 
30
     It lists the driver information and routing table.
 
31
 
 
32
2. Setting up the environment
 
33
 
 
34
   * Note: We strongly recommend using GM version 1.2 or higher
 
35
   * ARMCI on top of GM requires the following environment variables to 
 
36
     be set (Examples are taken on colony cluster of PNNL, using csh)
 
37
   
 
38
     setenv TARGET LINUX
 
39
     setenv GM_HOME /home/myrinet/gm-1.2/gm
 
40
     setenv GM_INCLUDE $GM_HOME/include
 
41
     setenv GM_LIB $GM_HOME/lib
 
42
     setenv ARMCI_NETWORK GM
 
43
 
 
44
   * For MPICH-GM the following additional environment variables need to be set
 
45
     (again using examples of colony cluster of PNNL and csh)
 
46
 
 
47
     setenv MPI_LOC /home/myrinet/mpich-1.2/mpich-gm
 
48
     setenv MPI_LIB $MPI_LOC/build/LINUX/ch_gm/lib
 
49
     setenv MPI_INCLUDE $MPI_LOC/include
 
50
     set path = ($MPI_LOC/bin $MPI_LOC/build/LINUX/ch_gm/bin $path)
 
51
     setenv LIBMPI -lmpich
 
52
 
 
53
     However, if you prefer to use MPICH compiler wrappers mpicc, mpif77 etc
 
54
     these definitions are not needed. Also, since the default name for
 
55
     the MPI library assumed by armci is -lmpi, you would need to 
 
56
     set LIBMPI="" or "-lmpich".
 
57
 
 
58
     -- without PBS
 
59
 
 
60
        set a $HOME/.gmpi/conf file like this:
 
61
        # .gmpi/conf file begin
 
62
        # first the number of nodes in the file
 
63
        8
 
64
        # the list of (node,port) that make the MPI World
 
65
        nb26.colony.emsl.pnnl.gov 2
 
66
        nb26.colony.emsl.pnnl.gov 4
 
67
        nb27.colony.emsl.pnnl.gov 2
 
68
        nb27.colony.emsl.pnnl.gov 4
 
69
        nb28.colony.emsl.pnnl.gov 2
 
70
        nb28.colony.emsl.pnnl.gov 4
 
71
        nb29.colony.emsl.pnnl.gov 2
 
72
        nb29.colony.emsl.pnnl.gov 4
 
73
        # .gmpi/conf file end
 
74
 
 
75
    -- with PBS
 
76
 
 
77
       node files are created dynamically, but should have the same 
 
78
       format as the default .gmpi/conf
 
79
 
 
80
       IT IS REQUIRED THAT MPI TASKS RUNNING ON THE SAME SMP NODE
 
81
       BE NUMBERED CONSECUTIVELY 
 
82
 
 
83
    GM Port Usage:
 
84
 
 
85
    The current ARMCI implementation uses two GM ports. 
 
86
    If STATIC_PORTS is defined, they are called
 
87
        ARMCI_GM_SERVER_RCV_PORT
 
88
        ARMCI_GM_SERVER_SND_PORT
 
89
    The default port numbers are 5 and 6, set in the file armci/src/myrinet.h. 
 
90
    Users can choose different ports by editing the definition, depending on 
 
91
    the system settings and at least not conflicting with the ports used by MPI.
 
92
 
 
93
    If STATIC_PORTS is NOT defined, ARMCI will search for first two available
 
94
    ports on up to two myrinet boards. 
 
95
 
 
96
3. Test run 
 
97
 
 
98
   Go to armci/src and make test.x
 
99
 
 
100
   Using mpich-gm: run it as regular mpi programs (make sure the mpirun
 
101
   is come from mpich-gm. many systems have multiple mpi installed)
 
102
 
 
103
   mpirun -np #procs test.x
 
104
 
 
105
   This will read the default .gmpi/conf
 
106
 
 
107
4. Contact info and bug report
 
108
   email: parsoft-support@emsl.pnl.gov
 
109
 
 
110
5. Other issues:
 
111
 
 
112
GM does not allow fork. This system call is normally used on Unix
 
113
in ARMCI to test how big a shared memory segment can be allocated.
 
114
This test is diabled under Myrinet/GM. It means that ARMCI can
 
115
use only shared memory segments predefined _SHMMAX in shmem.c 
 
116
for a particular platform. If you increase that limit in the system,
 
117
_SHMMAX must be accordingly modiefied and ARMCI recompiled. 
 
118
 
 
119
The current port or ARMCI to GM is not fully optimized yet.
 
120