← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/nwchem/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/tools/ga-5-2/global/examples/lennard-jones/README

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Daniel Leidert, Andreas Tille, Michael Banck
  • Date: 2013-07-04 12:14:55 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130704121455-5tvsx2qabor3nrui
Tags: 6.3-1
http://bugs.debian.org/696361
* New upstream release.
* Fixes anisotropic properties (Closes: #696361).
* New features include:
  + Multi-reference coupled cluster (MRCC) approaches
  + Hybrid DFT calculations with short-range HF 
  + New density-functionals including Minnesota (M08, M11) and HSE hybrid
    functionals
  + X-ray absorption spectroscopy (XAS) with TDDFT
  + Analytical gradients for the COSMO solvation model
  + Transition densities from TDDFT 
  + DFT+U and Electron-Transfer (ET) methods for plane wave calculations
  + Exploitation of space group symmetry in plane wave geometry optimizations
  + Local density of states (LDOS) collective variable added to Metadynamics
  + Various new XC functionals added for plane wave calculations, including
    hybrid and range-corrected ones
  + Electric field gradients with relativistic corrections 
  + Nudged Elastic Band optimization method
  + Updated basis sets and ECPs 

[ Daniel Leidert ]
* debian/watch: Fixed.

[ Andreas Tille ]
* debian/upstream: References

[ Michael Banck ]
* debian/upstream (Name): New field.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Refreshed.
* debian/patches/06_statfs_kfreebsd.patch: Likewise.
* debian/patches/07_ga_target_force_linux.patch: Likewise.
* debian/patches/05_avoid_inline_assembler.patch: Removed, no longer needed.
* debian/patches/09_backported_6.1.1_fixes.patch: Likewise.
* debian/control (Build-Depends): Added gfortran-4.7 and gcc-4.7.
* debian/patches/10_force_gcc-4.7.patch: New patch, explicitly sets
  gfortran-4.7 and gcc-4.7, fixes test suite hang with gcc-4.8 (Closes:
  #701328, #713262).
* debian/testsuite: Added tests for COSMO analytical gradients and MRCC.
* debian/rules (MRCC_METHODS): New variable, required to enable MRCC methods.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/tools/ga-5-2/global/examples/lennard-jones/README
 
1
Molecular Dynamics of Lennard Jones System using Global Arrays
 
2
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
3
 
 
4
There are 3 classes of parallelization: Atom, Force and Spatial Decomposition.
 
5
The current implementation is based on force decomposition and uses global
 
6
arrays (GA).
 
7
 
 
8
Algorithm
 
9
=========
 
10
 
 
11
The entire force matrix (N x N) is divided into multiple blocks (m x m) for
 
12
dynamic load balancing, where m is the block size and N is the total number of
 
13
atoms/particles. The force between two atoms/particles can be approximated by
 
14
Lennard Jones potential energy function.
 
15
 
 
16
Block Topology (of Force Matrix)
 
17
--------------------------------
 
18
 
 
19
Say for example if there are 4 block and 100 atoms, the size of the force
 
20
matrix is 100x100 and each block size is 50x50. (Dynamic Load Balancing) Each
 
21
process (say 2 process example) gets one block each, and once it is done with
 
22
a block, it gets the next block in the queue (atomic task array). 
 
23
 
 
24
Using Newton's laws of equation and Velocity-Verlet algorithm, the velocities
 
25
and coordinates are updated for the next time step. 
 
26
 
 
27
Refer to the following for more information on MD algorithm:
 
28
 
 
29
    http://www.physics.buffalo.edu/phy516/lectures.html
 
30
    
 
31
An output file output.dat is created in Molden format, when the variable
 
32
WRITE_TO_FILE is set. For optimum performance, BLOCK SIZE should be set
 
33
appropriately depending upon the problem size (number of atoms/particles). 
 
34
 
 
35
References:
 
36
 
 
37
    - http://www.physics.buffalo.edu/phy516/lectures.html
 
38
    - http://www.cs.sandia.gov/~sjplimp/main.html
 
39
 
 
40
To Compile
 
41
----------
 
42
 
 
43
run "make examples" or "make global/examples/lennard-jones/lennard.x".