← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/nwchem/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/tools/ga-5-1/README

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Daniel Leidert, Andreas Tille, Michael Banck
  • Date: 2013-07-04 12:14:55 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130704121455-5tvsx2qabor3nrui
Tags: 6.3-1
http://bugs.debian.org/696361
* New upstream release.
* Fixes anisotropic properties (Closes: #696361).
* New features include:
  + Multi-reference coupled cluster (MRCC) approaches
  + Hybrid DFT calculations with short-range HF 
  + New density-functionals including Minnesota (M08, M11) and HSE hybrid
    functionals
  + X-ray absorption spectroscopy (XAS) with TDDFT
  + Analytical gradients for the COSMO solvation model
  + Transition densities from TDDFT 
  + DFT+U and Electron-Transfer (ET) methods for plane wave calculations
  + Exploitation of space group symmetry in plane wave geometry optimizations
  + Local density of states (LDOS) collective variable added to Metadynamics
  + Various new XC functionals added for plane wave calculations, including
    hybrid and range-corrected ones
  + Electric field gradients with relativistic corrections 
  + Nudged Elastic Band optimization method
  + Updated basis sets and ECPs 

[ Daniel Leidert ]
* debian/watch: Fixed.

[ Andreas Tille ]
* debian/upstream: References

[ Michael Banck ]
* debian/upstream (Name): New field.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Refreshed.
* debian/patches/06_statfs_kfreebsd.patch: Likewise.
* debian/patches/07_ga_target_force_linux.patch: Likewise.
* debian/patches/05_avoid_inline_assembler.patch: Removed, no longer needed.
* debian/patches/09_backported_6.1.1_fixes.patch: Likewise.
* debian/control (Build-Depends): Added gfortran-4.7 and gcc-4.7.
* debian/patches/10_force_gcc-4.7.patch: New patch, explicitly sets
  gfortran-4.7 and gcc-4.7, fixes test suite hang with gcc-4.8 (Closes:
  #701328, #713262).
* debian/testsuite: Added tests for COSMO analytical gradients and MRCC.
* debian/rules (MRCC_METHODS): New variable, required to enable MRCC methods.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/tools/ga-5-1/README
1
 
GLOBAL ARRAYS
2
 
~~~~~~~~~~~~~
3
 
 
4
 
DISCLAIMER
5
 
==========
6
 
 
7
 
This material was prepared as an account of work sponsored by an
8
 
agency of the United States Government.  Neither the United States
9
 
Government nor the United States Department of Energy, nor Battelle,
10
 
nor any of their employees, MAKES ANY WARRANTY, EXPRESS OR IMPLIED,
11
 
OR ASSUMES ANY LEGAL LIABILITY OR RESPONSIBILITY FOR THE ACCURACY,
12
 
COMPLETENESS, OR USEFULNESS OF ANY INFORMATION, APPARATUS, PRODUCT,
13
 
SOFTWARE, OR PROCESS DISCLOSED, OR REPRESENTS THAT ITS USE WOULD NOT
14
 
INFRINGE PRIVATELY OWNED RIGHTS.
15
 
 
16
 
ACKNOWLEDGMENT
17
 
==============
18
 
 
19
 
This software and its documentation were produced with United States
20
 
Government support under Contract Number DE-AC06-76RLO-1830 awarded
21
 
by the United States Department of Energy. The United States
22
 
Government retains a paid-up non-exclusive, irrevocable worldwide
23
 
license to reproduce, prepare derivative works, perform publicly and
24
 
display publicly by or for the US Government, including the right to
25
 
distribute to other US Government contractors.
26
 
 
27
 
The primary current source of funding for development of GA is the DoE-2000
28
 
ACTS project. GA is a part of the ACTS toolkit:
29
 
 
30
 
    http://acts.nersc.gov 
31
 
 
32
 
FOR THE IMPATIENT
33
 
=================
34
 
 
35
 
The command::
36
 
 
37
 
    ./configure && make && make install
38
 
 
39
 
should compile the static GA library (libga.a) to use sockets and install
40
 
headers and libraries to /usr/local/include and /usr/local/lib, respectively.
41
 
 
42
 
Please refer to the INSTALL file for generic build instructions.  That is a
43
 
good place to start if you are new to using "configure; make; make install"
44
 
types of builds.  Detailed instructions are covered later in this file.
45
 
 
46
 
QUESTIONS/HELP/SUPPORT/BUG-REPORT
47
 
=================================
48
 
 
49
 
email: hpctools@pnl.gov
50
 
 
51
 
If you encounter any problems, please first refer to the file NOTES located in
52
 
the same directory and see the GA support webpage:
53
 
 
54
 
    http://www.emsl.pnl.gov/docs/global/support.html
55
 
 
56
 
Please don't hesitate to send us an email.  An archive of emails is available
57
 
at:
58
 
 
59
 
    http://groups.google.com/group/hpctools
60
 
 
61
 
WHERE IS THE DOCUMENTATION?
62
 
===========================
63
 
 
64
 
The GA webpage has the most current versions of the Fortran and C documentation
65
 
and the User's Manual in the HTML format:
66
 
 
67
 
    http://www.emsl.pnl.gov/docs/global/
68
 
 
69
 
ABOUT THIS SOFTWARE
70
 
===================
71
 
 
72
 
This directory contains the Global Arrays (GA), Aggregate Remote Memory Copy
73
 
Interface (ARMCI) run-time library, and Memory Allocator (MA), parallel I/O
74
 
libraries (DRA,EAF,SF), TCGMSG, and TCGMSG-MPI packages bundled together. 
75
 
 
76
 
Global Arrays is a portable Non-Uniform Memory Access (NUMA) shared-memory
77
 
programming environment for distributed and shared memory computers. It
78
 
augments the message-passing model by providing a shared-memory like access to
79
 
distributed dense arrays.
80
 
 
81
 
ARMCI provides one-sided remote memory operations used by GA.
82
 
 
83
 
DRA (Disk Resident Arrays) is a parallel I/O library that maintains dense 2-dim
84
 
arrays on disk. 
85
 
 
86
 
SF (Shared Files) is a parallel I/O library that allows noncollective I/O to a
87
 
parallel file.
88
 
 
89
 
EAF (Exclusive Access Files) is parallel I/O library that supports I/O to
90
 
private files.
91
 
 
92
 
TCGMSG is a simple, efficient, but becoming obsolete message-passing library.
93
 
 
94
 
TCGMSG-MPI is a TCGMSG interface implementation on top of MPI and ARMCI. 
95
 
 
96
 
MA is a dynamic memory allocator/manager for Fortran and C programs.
97
 
 
98
 
GA++ is a C++ binding for global arrays.
99
 
 
100
 
See file 'COPYRIGHT' for copying conditions.
101
 
See file 'INSTALL' for compilation and installation instructions (generic).
102
 
See file 'NEWS' for a list of major changes in the current release.
103
 
See file 'AUTHORS' for the names of anyone who has contributed to GA.
104
 
See file 'NOTES' for a few platform-specific symptoms and fixes.
105
 
 
106
 
DIRECTORY STRUCTURE (ALPHABETICALLY)
107
 
====================================
108
 
 
109
 
- armci
110
 
    + config        (configuration makefile includes)
111
 
    + doc           (documentation for ARMCI library)
112
 
    + lib           (compatibility source files for missing system features)
113
 
    + src           (source code for ARMCI library)
114
 
- build-aux         (autotools support scripts)
115
 
- cca               (common component architecture)
116
 
- compat            (compatibility source files for missing system features)
117
 
- doc               (documentation)
118
 
- ga++              (C++ Bindings for Global Arrays)
119
 
    + doc           (contains sample Doxyfile for Doxygen doc generator)
120
 
    + src           (source code for GA C++ bindings)
121
 
    + testing       (test programs)
122
 
- gaf2c             (Fortran-to-C compatibility library and tests)
123
 
- global
124
 
    + doc           (paper & documentation in PostScript, HTML & plain text)
125
 
    + src           (source code for GA library)
126
 
    + testing       (GA test programs and performance results)
127
 
    + trace         (library and programs to generate and process tracefiles)
128
 
    + X             (xregion visualization program for GA)
129
 
- LinAlg            (linear algebra software used by GA)
130
 
    + lapack+blas
131
 
- m4                (autoconf macros)
132
 
- ma                (Memory Allocator) 
133
 
    + man
134
 
- pario
135
 
    + dra           (Disk Resident Array Library code)
136
 
    + eaf           (Exclusive Access Files Library code)
137
 
    + elio          ("device" layer for other parallel I/O models)
138
 
    + sf            (Shared Files Library code)
139
 
- tcgmsg            (simple, legacy message-passing library)
140
 
    + ipcv4.0    
141
 
    + ipcv5.0    
142
 
    + tcgmsg-mpi    (TCGMSG on top of MPI)
143
 
 
144
 
HOW TO BUILD THE PACKAGE?
145
 
=========================
146
 
 
147
 
Please refer to the INSTALL file for generic build instructions.  That is a
148
 
good place to start if you are new to using "configure; make; make install"
149
 
types of builds.  The following will cover platform-specific considerations as
150
 
well as the various optional features of GA.  Customizations to the GA build
151
 
via the configure script are discussed next.
152
 
 
153
 
Configuration Options
154
 
---------------------
155
 
 
156
 
There are many options available when configuring GA.  Although configure can
157
 
be safely run within this distributions' root folder, we recommend performing
158
 
an out-of-source (aka VPATH) build.  This will cleanly separate the generated
159
 
Makefiles and compiled object files and libraries from the source code.  This
160
 
will allow, for example, one build using sockets versus another build using
161
 
OpenIB for the communication layer to use the same source tree e.g.::
162
 
 
163
 
    mkdir bld_mpi_sockets && cd bld_mpi_sockets && ../configure
164
 
    mkdir bld_mpi_openib  && cd bld_mpi_openib  && ../configure --with-openib
165
 
 
166
 
Regardless of your choice to perform a VPATH build, the following should
167
 
hopefully elucidate the myriad options to configure.  Only the options
168
 
requiring additional details are documented here.  ./configure --help will
169
 
certainly list more options in addition to limited documentation.
170
 
 
171
 
--disable-f77           Disable Fortran code. This used to be the old
172
 
                        GA_C_CORE or NOFORT environment variables which
173
 
                        enabled the C++ bindings. However, it is severely
174
 
                        broken. There are certain cases where Fortran code is
175
 
                        required but this will not inhibit the building of the
176
 
                        C++ bindings.  In the future we may be able to
177
 
                        eliminate the need for the Fortran compiler/linker.
178
 
                        Use at your own risk (of missing symbols at link-time.)
179
 
--enable-cxx            Build C++ interface. This will require the C++ linker
180
 
                        to locate the Fortran libraries (handled
181
 
                        automatically) but user C++ code will require the same
182
 
                        considerations (C++ linker, Fortran libraries.)
183
 
--disable-opt           Don't use hard-coded optimization flags. GA is a
184
 
                        highly-optimized piece of software. There are certain
185
 
                        optimization levels or flags that are known to break
186
 
                        the software. If you experience mysterious faults,
187
 
                        consider rebuilding without optimization by using this
188
 
                        option.
189
 
--enable-peigs          Enable Parallel Eigensystem Solver interface. This
190
 
                        will build the stubs required to call into the peigs
191
 
                        library (external). 
192
 
--enable-checkpoint     Enable checkpointing.  Untested.  For use with old
193
 
                        X-based visualization tool.
194
 
--enable-profile        Enable profiling. Not sure what this does, sorry.
195
 
--enable-trace          Enable tracing. Not sure what this does, sorry.
196
 
--enable-thread-safety  **unsupported** Turn on thread safety.
197
 
--enable-underscoring   Force single underscore for all external Fortran
198
 
                        symbols. Usually, configure is able to detect the name
199
 
                        mangling scheme of the detected Fortran compiler and
200
 
                        will default to using what is detected. This includes
201
 
                        any variation of zero, one, or two underscores or
202
 
                        whether UPPERCASE or lowercase symbols are used. If
203
 
                        you want to force a single underscore which was the
204
 
                        default of older GA builds, use this option.
205
 
                        Otherwise, you can use the FFLAGS environment variable
206
 
                        to override the Fortran compiler's or platform's
207
 
                        defaults e.g. configure FFLAGS=-fno-underscoring.
208
 
--enable-i4             Use 4 bytes for Fortran INTEGER size. Otherwise, the
209
 
                        default INTEGER size is set to the results of the C
210
 
                        sizeof(void*) operator.
211
 
--enable-i8             Use 8 bytes for Fortran INTEGER size. Otherwise, the
212
 
                        default INTEGER size is set to the results of the C
213
 
                        sizeof(void*) operator.
214
 
--enable-shared         Build shared libraries [default=no]. Useful, for
215
 
                        example, if you plan on wrapping GA with an
216
 
                        interpreted language such as Python. Otherwise, some
217
 
                        systems only support static libraries (or vice versa)
218
 
                        but static libraries are the default.
219
 
 
220
 
For most of the external software packages an optional argument is allowed
221
 
(represented as ARG below.) **ARG can be omitted** or can be one or more
222
 
whitespace-separated directories, linker or preprocessor directives.  For
223
 
example::
224
 
 
225
 
    --with-mpi="/path/to/mpi -lmylib -I/mydir"
226
 
    --with-mpi=/path/to/mpi/base
227
 
    --with-mpi=-lmpich
228
 
 
229
 
The messaging libraries supported include MPI, TCGMSG, and TCGMSG over MPI.  If
230
 
you omit their respective --with-* option, MPI is the default.  GA can be built
231
 
to work with MPI or TCGMSG. Since the TCGMSG package is small (comparing to
232
 
portable MPI implementations), compiles fast, it is still bundled with the GA
233
 
package.
234
 
 
235
 
--with-mpi=ARG          Select MPI as the messaging library (default). If you
236
 
                        omit ARG, we attempt to locate the MPI compiler
237
 
                        wrappers. If you supply anything for ARG, we will
238
 
                        parse ARG as indicated above.
239
 
--with-tcgmsg           Select TCGMSG as the messaging library; if
240
 
                        --with-mpi is also specified then TCGMSG over MPI is
241
 
                        used.
242
 
--with-vampir=ARG       Enable VAMPIR performance tracing.
243
 
                        http://www.vampir.eu
244
 
--with-blas=ARG         Use external BLAS library; attempt to detect
245
 
                        sizeof(INTEGER) used to compile BLAS; if not found, an
246
 
                        internal BLAS is built
247
 
--with-blas4=ARG        Use external BLAS library compiled with
248
 
                        sizeof(INTEGER)==4
249
 
--with-blas8=ARG        Use external BLAS library compiled with
250
 
                        sizeof(INTEGER)==8
251
 
--with-lapack=ARG       Use external LAPACK library. If not found, an internal
252
 
                        one is built.
253
 
--with-scalapack=ARG    Use external ScaLAPACK library.
254
 
 
255
 
The ARMCI networks supported are listed next.  Our ability to automatically
256
 
locate required headers libraries is currently inadequate.  Therefore, you will
257
 
likely need to specify the optional ARG pointing to the necessary directories
258
 
and/or libraries. sockets is the default ARMCI network if nothing else is
259
 
specified.
260
 
 
261
 
--with-bgml=ARG         select armci network as IBM BG/L
262
 
--with-cray-shmem=ARG   select armci network as Cray XT shmem
263
 
--with-dcmf=ARG         select armci network as IBM BG/P Deep Computing
264
 
                        Message Framework
265
 
--with-lapi=ARG         select armci network as IBM LAPI
266
 
--with-mpi-spawn=ARG    select armci network as MPI-2 dynamic process mgmt
267
 
--with-openib=ARG       select armci network as Infiniband OpenIB
268
 
--with-portals=ARG      select armci network as Cray XT portals
269
 
--with-sockets=ARG      select armci network as Ethernet TCP/IP (default)
270
 
 
271
 
There are some influential environment variables as documented in configure
272
 
--help, however there are a few that are special to GA.
273
 
 
274
 
- THREAD_LIBRARY
275
 
  See --enable-thread-safety. I don't know what this does, sorry.
276
 
 
277
 
- F77_INT_FLAG
278
 
  Fortran compiler flag to set the default INTEGER size. We know about certain
279
 
  Fortran flags that set the default INTEGER size, but there will certainly be
280
 
  some new (or old) ones that we don't know about. If the configure test to
281
 
  determine the correct flag fails, please try setting this variable and
282
 
  rerunning configure.
283
 
 
284
 
- F2C_HIDDEN_STRING_LENGTH_AFTER_ARGS
285
 
  If cross compiling, set to either "yes" (default) or "no" (after string).
286
 
  For compatibility between Fortran and C, a Fortran subroutine written in C
287
 
  that takes a character string must take an additional argument (one per
288
 
  character string) indicating the length of the string. This 'hidden'
289
 
  argument appears either immediately after the string in the argument list
290
 
  or after all other arguments to the function. This is compiler dependent. We
291
 
  attempt to detect this behavior automatically, but in the case of
292
 
  cross-compiled systems it may be necessary to specify the less usual after
293
 
  string convention the gaf2c/testarg program crashes.
294
 
 
295
 
Special Notes for BLAS
296
 
----------------------
297
 
 
298
 
BLAS, being a Fortran library, can be compiled with a default INTEGER size of
299
 
4 or a promoted INTEGER size of 8.  Experience has shown us that most of the
300
 
time the default size of INTEGER used is 4.  In some cases, however, you may
301
 
have an external BLAS library which is using 8-byte INTEGERs.  In order to
302
 
correctly interface with an external BLAS library, GA must know the size of
303
 
INTEGER used by the BLAS library.
304
 
 
305
 
configure has the following BLAS-related options: --with-blas, --with-blas4,
306
 
and --with-blas8.  The latter two will force the INTEGER size to 4- or
307
 
8-bytes, respectively.  The first option, --with-blas, defaults to 4-byte
308
 
INTEGERS *however* in the two special cases of using ACML or MKL, it is
309
 
possible to detect 8-byte INTEGERs automatically.  As documented in the ACML
310
 
manual, if the path to the library has "_int64" then 8-byte INTEGERs are used.
311
 
As documented in the MKL manual, if the library is "ilp64", then 8-byte
312
 
INTEGERs are used.
313
 
 
314
 
You may always override --with-blas by specifying the INTEGER size using one
315
 
of the two more specific options.
316
 
 
317
 
Cross-Compilation Issues
318
 
------------------------
319
 
 
320
 
Certain platforms cross-compile from a login node for a compute node, or one
321
 
might choose to cross-compile for other reasons. Cross-compiling requires the
322
 
use of the --host option to configure which indicates to configure that certain
323
 
run-time tests should not be executed. See INSTALL for details on use of the
324
 
--host option.
325
 
 
326
 
Two of our target platforms are known to require cross-compilation, Cray XT and
327
 
IBM Blue Gene.
328
 
 
329
 
Cray XT
330
 
+++++++
331
 
 
332
 
It has been noted that configure still succeeds without the use of the --host
333
 
flag.  If you experience problems without --host, we recommend::
334
 
 
335
 
    configure --host=x86_64-unknown-linux-gnu
336
 
 
337
 
And if that doesn't work (cross-compilation is not detected) you must then
338
 
*force* cross-compilation using both --host and --build together::
339
 
 
340
 
    configure --host=x86_64-unknown-linux-gnu --build=x86_64-unknown-linux-gnu
341
 
 
342
 
BlueGene/P
343
 
++++++++++
344
 
 
345
 
Currently the only way to detect the BGP platform and compile correctly is to
346
 
use::
347
 
 
348
 
    configure --host=powerpc-bgp-linux
349
 
 
350
 
The rest of the configure options apply as usual e.g. --with-dcmf in this case.
351
 
 
352
 
Compiler Selection 
353
 
------------------
354
 
 
355
 
Unless otherwise noted you can try to overwrite the default compiler names
356
 
detected by configure by defining F77, CC, and CXX for Fortran (77), C, and C++
357
 
compilers, respectively.  Or when using the MPI compilers MPIF77, MPICC, and
358
 
MPICXX for MPI Fortran (77), C, and C++ compilers, respectively::
359
 
 
360
 
    configure F77=f90 CC=gcc
361
 
    configure MPIF77=mpif90 MPICC=mpicc
362
 
 
363
 
Although you can change the compiler at make-time it will likely fail.  Many
364
 
platform-specific compiler flags are detected at configure-time based on the
365
 
compiler selection. If changing compilers, we recommend rerunning configure as
366
 
above.
367
 
 
368
 
After Configuration
369
 
-------------------
370
 
 
371
 
By this point we assume you have successfully run configure either from the
372
 
base distribution directory or from a separate build directory (aka VPATH
373
 
build.)  You are now ready to run 'make'.  You can optionally run parallel
374
 
make using the "-j" option which significantly speeds up the build.  If using
375
 
the MPI compiler wrappers, occasionally using "-j" will cause build failures
376
 
because the MPI compiler wrapper creates a temporary symlink to the mpif.h
377
 
header.  In that case, you won't be able to use the "-j" option.  Further, the
378
 
influential environment variables used at configure-time can be overridden at
379
 
make-time in case problems are encountered.  For example::
380
 
 
381
 
    ./configure CFLAGS=-Wimplicit
382
 
    ...
383
 
    make CFLAGS="-Wimplicit -g -O0"
384
 
 
385
 
One particularly influential make variable is "V" which controls the verbosity
386
 
of the make output. This variable corresponds to the --dis/enable-silent-riles
387
 
configure-time option, but I often prefer the make-time variable::
388
 
 
389
 
    make V=0 (configure  --enable-silent-rules)
390
 
    make V=1 (configure --disable-silent-rules)
391
 
 
392
 
Test Programs
393
 
-------------
394
 
 
395
 
Running "make checkprogs" will build most test and example programs.  Note that
396
 
not all tests are built -- some tests depend on certain features being
397
 
detected or enabled during configure.  These programs are not intented to be
398
 
examples of good GA coding practices because they often include private
399
 
headers.  However, they help us debug or time our GA library.
400
 
 
401
 
Test Suite
402
 
++++++++++
403
 
 
404
 
Running "make check" will build most test and example programs (See "make
405
 
checkprogs" notes above) in addition to running the test suite.  The test
406
 
suite runs both the serial and parallel tests.  The test suite must know how
407
 
to launch the parallel tests via the MPIEXEC variable.  Please read your MPI
408
 
flavor's documentation on how to launch, or if using TCGMSG you will use the
409
 
"parallel" tool.  For example, the following is the command to launch the test
410
 
suite when compiled with OpenMPI::
411
 
 
412
 
    make check MPIEXEC="mpiexec -np 4"
413
 
 
414
 
All tests have a per-test log file containing the output of the test.  So if
415
 
the test is global/testing/test.x, the log file would be
416
 
global/testing/test.log.  The output of failed tests is collected in the
417
 
top-level log summary test-suite.log.
418
 
 
419
 
The test suite will recurse into the ARMCI directory and run the ARMCI test
420
 
suite first.  If the ARMCI test suite fails, the GA test suite will not run
421
 
(the assumption here is that you should fix bugs in the dependent library
422
 
first.)  To run only the GA test suite, type "make check-ga" with the
423
 
appropriate MPIEXEC variable.
424
 
 
425
 
How to Run GA Test Programs?  
426
 
----------------------------
427
 
 
428
 
Depends on the system. MPPs like Intel iPSC/860, Delta, Paragon, IBM SPx, Cray
429
 
T3/E have their own commands for submitting parallel jobs.
430
 
 
431
 
On workstations and clusters, GA are run like ordinary message-passing
432
 
programs::
433
 
 
434
 
  To run GA programs with MPI, you need to built the package to be compatible
435
 
  with MPI (see README in ./global and documentation in ./global/doc/ ) and
436
 
  run it as any other MPI program.  The GA package has been tested only with a
437
 
  limited number of MPI implementations (MPICH, and vendor's: Intel, IBM, Sun,
438
 
  HP, and SGI).
439
 
 
440
 
  TCGMSG `parallel' command (built automaticaly in ./tcgmsg/ipcv4.0/parallel
441
 
  if needed) is used to start a job on clusters if you are using TCGMSG as
442
 
  your message-passing library. On the workstations, GA-based programs that
443
 
  use TCGMSG can be run with a single process without the `parallel' command
444
 
  -- just by typing program name -- useful for debugging. 
445
 
 
446
 
Other Issues 
447
 
============
448
 
 
449
 
a. LINUX64 supports ALPHA, Itanium, Opteron, and Em64T processors only. 
450
 
 
451
 
b. The SGI_N32 version is recommended on all newer SGI boxes including
452
 
   the O2, Octane, Origin, Indigo2, and PowerChallenge systems
453
 
   unless the system has lots of memory and your program uses 
454
 
   huge arrays (>4GB) in which case 64-bit addressing is required
455
 
   (SGITFP version). In addition, TARGET_CPU environment
456
 
   variable can be used to choose the optimal compiler flags 
457
 
   for R8000 and R10000 processors.
458
 
 
459
 
c. In 64 bit platforms, if you are using blas libraries that takes
460
 
   integer as 8 bytes, then set the following environment variables:
461
 
   setenv BLAS_I8 yes
462
 
   setenv BLAS_LIB specify_your_blas_library
463
 
   e.g.setenv BLAS_LIB -L/usr/lib/libblas.a
464
 
 
465
 
d. To turn Async I/O on under Linux, set environment variable USE_LINUXAIO=y
466
 
 
467
 
Performance Tuning
468
 
------------------
469
 
 
470
 
global/src/gaconfig.h has a varible called AVOID_MA_STORAGE. If defined, this
471
 
variable forces GA to use ARMCI memory which can lead to better performance on
472
 
platforms on which memory needs to be registered for fast communication.
473
 
 
474
 
Setting an environment variable MA_USE_ARMCI_MEM forces MA library to use
475
 
ARMCI memory, communication via which can be faster on networks like GM, VIA
476
 
and InfiniBand.