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Viewing changes to Bio/Tools/Run/Alignment/Exonerate.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-09-03 11:00:03 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090903110003-11of27rxner5vnl9
Tags: 1.6.1-1
http://bugs.debian.org/541274
* New upstream release.
* debian/patches/10-wrong-path-for-interpreter.patch: removed
  (fixed upstream).
* debian/watch updated (bioperl -> BioPerl).
* debian/rules refreshed with dh-make-perl 0.53.
  - Disabled installation of examples (removed upstream).
  - Removed the correction of file permission of Pise documentation
    (removed upstream).
  - Removed patching facilities (no patches anymore).
  - Disabled tests as I experience failures with t/Eponine.t despite
    this program is not installed.
* debian/copyright:
  - Removed vanity lines about debianization and debian copyright.
  - Incremented years to 2009.
  - Updated to latest experimentation of the machine-readable license summary.
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance on new Policy
    (dropped versionned build-dependancy on Perl).
  - Removed build-dependancy on quilt (no patches anymore).
  - Depend and Build-Depend on bioperl versions superior or equal to 1.6.0.
  - Build-depends on, and Recommdnes libalgorithm-diff-perl, libipc-run-perl,
    libio-string-perl and libxml-twig-perl, that are listed in DEPENDANCIES.
  - Build-depends on libarray-compare-perl and libtree-dagnode-perl
    (otherwise tests fail). 
  - Depend on amap-align instead of amap (Closes: #541274).

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removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/Alignment/Exonerate.pm
1
1
# Wrapper  module for Exonerate Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate
2
 
# $Id: Exonerate.pm,v 1.6 2006/07/04 22:23:32 mauricio Exp $
 
2
# $Id: Exonerate.pm 15564 2009-02-24 01:59:09Z cjfields $
3
3
# 
 
4
# Please direct questions and support issues to <bioperl-l@bioperl.org> 
 
5
#
4
6
# Cared for by Shawn Hoon
5
7
#
6
8
# Copyright Shawn Hoon
58
60
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
59
61
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
60
62
 
 
63
=head2 Support 
 
64
 
 
65
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
66
  
 
67
L<bioperl-l@bioperl.org>
 
68
  
 
69
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
70
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
71
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
72
with code and data examples if at all possible.
 
73
 
61
74
=head2 Reporting Bugs
62
75
 
63
76
 Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
109
122
 
110
123
 Title   : program_dir
111
124
 Usage   : $factory->program_dir(@params)
112
 
 Function: returns the program directory, obtiained from ENV variable.
 
125
 Function: returns the program directory, obtained from ENV variable.
113
126
 Returns:  string
114
127
 Args    :
115
128
 
156
169
       return $self;
157
170
}
158
171
 
 
172
=head2  version
 
173
 
 
174
 Title   : version
 
175
 Usage   : exit if $prog->version() < 1.8
 
176
 Function: Determine the version number of the program
 
177
 Example :
 
178
 Returns : float or undef
 
179
 Args    : none
 
180
 
 
181
=cut
 
182
 
 
183
sub version {
 
184
    my ($self) = @_;
 
185
    my $exe;
 
186
    return undef unless $exe = $self->executable;
 
187
    my $string = `$exe -v` ;
 
188
    #exonerate from exonerate version 2.0.0\n...
 
189
    my ($version) = $string =~ /exonerate version ([\d+\.]+)/m;
 
190
    $version =~ s/\.(\d+)$/$1/;
 
191
    return $version || undef;
 
192
}
 
193
 
 
194
 
159
195
=head2 run
160
196
 
161
197
 Title   :   run()