← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/bioperl-run/wily-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Run/PiseApplication/plotorf.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-09-03 11:00:03 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090903110003-11of27rxner5vnl9
Tags: 1.6.1-1
http://bugs.debian.org/541274
* New upstream release.
* debian/patches/10-wrong-path-for-interpreter.patch: removed
  (fixed upstream).
* debian/watch updated (bioperl -> BioPerl).
* debian/rules refreshed with dh-make-perl 0.53.
  - Disabled installation of examples (removed upstream).
  - Removed the correction of file permission of Pise documentation
    (removed upstream).
  - Removed patching facilities (no patches anymore).
  - Disabled tests as I experience failures with t/Eponine.t despite
    this program is not installed.
* debian/copyright:
  - Removed vanity lines about debianization and debian copyright.
  - Incremented years to 2009.
  - Updated to latest experimentation of the machine-readable license summary.
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance on new Policy
    (dropped versionned build-dependancy on Perl).
  - Removed build-dependancy on quilt (no patches anymore).
  - Depend and Build-Depend on bioperl versions superior or equal to 1.6.0.
  - Build-depends on, and Recommdnes libalgorithm-diff-perl, libipc-run-perl,
    libio-string-perl and libxml-twig-perl, that are listed in DEPENDANCIES.
  - Build-depends on libarray-compare-perl and libtree-dagnode-perl
    (otherwise tests fail). 
  - Depend on amap-align instead of amap (Closes: #541274).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/PiseApplication/plotorf.pm
1
 
# $Id: plotorf.pm,v 1.6 2006/07/04 22:23:35 mauricio Exp $
2
 
# BioPerl module for Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf
3
 
#
4
 
# Cared for by Catherine Letondal <letondal@pasteur.fr>
5
 
#
6
 
# For copyright and disclaimer see below.
7
 
#
8
 
# POD documentation - main docs before the code
9
 
 
10
 
=head1 NAME
11
 
 
12
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf
13
 
 
14
 
=head1 SYNOPSIS
15
 
 
16
 
  #
17
 
 
18
 
=head1 DESCRIPTION
19
 
 
20
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf
21
 
 
22
 
      Bioperl class for:
23
 
 
24
 
        PLOTORF Plot potential open reading frames (EMBOSS)
25
 
 
26
 
 
27
 
      Parameters: 
28
 
 
29
 
        (see also:
30
 
          http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/plotorf.html 
31
 
         for available values):
32
 
 
33
 
 
34
 
                plotorf (String)
35
 
 
36
 
                init (String)
37
 
 
38
 
                sequence (Sequence)
39
 
                        sequence -- dna [single sequence] (-sequence)
40
 
                        pipe: seqfile
41
 
 
42
 
                start (String)
43
 
                        Start codons (-start)
44
 
 
45
 
                stop (String)
46
 
                        Stop codons (-stop)
47
 
 
48
 
                graph (Excl)
49
 
                        graph (-graph)
50
 
 
51
 
                auto (String)
52
 
 
53
 
                psouput (String)
54
 
 
55
 
=head1 FEEDBACK
56
 
 
57
 
=head2 Mailing Lists
58
 
 
59
 
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
60
 
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
61
 
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
62
 
 
63
 
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
64
 
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
65
 
 
66
 
=head2 Reporting Bugs
67
 
 
68
 
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
69
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
70
 
web:
71
 
 
72
 
  http://bugzilla.open-bio.org/
73
 
 
74
 
=head1 AUTHOR
75
 
 
76
 
Catherine Letondal (letondal@pasteur.fr)
77
 
 
78
 
=head1 COPYRIGHT
79
 
 
80
 
Copyright (C) 2003 Institut Pasteur & Catherine Letondal.
81
 
All Rights Reserved.
82
 
 
83
 
This module is free software; you can redistribute it and/or modify
84
 
it under the same terms as Perl itself.
85
 
 
86
 
=head1 DISCLAIMER
87
 
 
88
 
This software is provided "as is" without warranty of any kind.
89
 
 
90
 
=head1 SEE ALSO
91
 
 
92
 
=over
93
 
 
94
 
=item *
95
 
 
96
 
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/plotorf.html
97
 
 
98
 
=item *
99
 
 
100
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication
101
 
 
102
 
=item *
103
 
 
104
 
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise
105
 
 
106
 
=item *
107
 
 
108
 
Bio::Tools::Run::PiseJob
109
 
 
110
 
=back
111
 
 
112
 
=cut
113
 
 
114
 
#'
115
 
package Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf;
116
 
 
117
 
use vars qw(@ISA);
118
 
use strict;
119
 
use Bio::Tools::Run::PiseApplication;
120
 
 
121
 
@ISA = qw(Bio::Tools::Run::PiseApplication);
122
 
 
123
 
=head2 new
124
 
 
125
 
 Title   : new()
126
 
 Usage   : my $plotorf = Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf->new($location, $email, @params);
127
 
 Function: Creates a Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf object.
128
 
           This method should not be used directly, but rather by 
129
 
           a Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise instance.
130
 
           my $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise->new();
131
 
           my $plotorf = $factory->program('plotorf');
132
 
 Example : -
133
 
 Returns : An instance of Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf.
134
 
 
135
 
=cut
136
 
 
137
 
sub new {
138
 
    my ($class, $location, $email, @params) = @_;
139
 
    my $self = $class->SUPER::new($location, $email);
140
 
 
141
 
# -- begin of definitions extracted from /local/gensoft/lib/Pise/5.a/PerlDef/plotorf.pm
142
 
 
143
 
    $self->{COMMAND}   = "plotorf";
144
 
    $self->{VERSION}   = "5.a";
145
 
    $self->{TITLE}   = "PLOTORF";
146
 
 
147
 
    $self->{DESCRIPTION}   = "Plot potential open reading frames (EMBOSS)";
148
 
 
149
 
    $self->{OPT_EMAIL}   = 0;
150
 
 
151
 
    $self->{CATEGORIES}   =  [  
152
 
 
153
 
         "nucleic:gene finding",
154
 
 
155
 
         "nucleic:translation",
156
 
  ];
157
 
 
158
 
    $self->{DOCLINK}   = "http://www.uk.embnet.org/Software/EMBOSS/Apps/plotorf.html";
159
 
 
160
 
    $self->{_INTERFACE_STANDOUT} = undef;
161
 
    $self->{_STANDOUT_FILE} = undef;
162
 
 
163
 
    $self->{TOP_PARAMETERS}  = [ 
164
 
        "plotorf",
165
 
        "init",
166
 
        "input",
167
 
        "advanced",
168
 
        "output",
169
 
        "auto",
170
 
        "psouput",
171
 
        "psresults",
172
 
        "metaresults",
173
 
        "dataresults",
174
 
        "pngresults",
175
 
 
176
 
    ];
177
 
 
178
 
    $self->{PARAMETERS_ORDER}  = [
179
 
        "plotorf",
180
 
        "init",
181
 
        "input",        # input Section
182
 
        "sequence",     # sequence -- dna [single sequence] (-sequence)
183
 
        "advanced",     # advanced Section
184
 
        "start",        # Start codons (-start)
185
 
        "stop",         # Stop codons (-stop)
186
 
        "output",       # output Section
187
 
        "graph",        # graph (-graph)
188
 
        "auto",
189
 
        "psouput",
190
 
        "psresults",
191
 
        "metaresults",
192
 
        "dataresults",
193
 
        "pngresults",
194
 
 
195
 
    ];
196
 
 
197
 
    $self->{TYPE}  = {
198
 
        "plotorf" => 'String',
199
 
        "init" => 'String',
200
 
        "input" => 'Paragraph',
201
 
        "sequence" => 'Sequence',
202
 
        "advanced" => 'Paragraph',
203
 
        "start" => 'String',
204
 
        "stop" => 'String',
205
 
        "output" => 'Paragraph',
206
 
        "graph" => 'Excl',
207
 
        "auto" => 'String',
208
 
        "psouput" => 'String',
209
 
        "psresults" => 'Results',
210
 
        "metaresults" => 'Results',
211
 
        "dataresults" => 'Results',
212
 
        "pngresults" => 'Results',
213
 
 
214
 
    };
215
 
 
216
 
    $self->{FORMAT}  = {
217
 
        "init" => {
218
 
                "perl" => ' "" ',
219
 
        },
220
 
        "input" => {
221
 
        },
222
 
        "sequence" => {
223
 
                "perl" => '" -sequence=$value -sformat=fasta"',
224
 
        },
225
 
        "advanced" => {
226
 
        },
227
 
        "start" => {
228
 
                "perl" => '($value && $value ne $vdef)? " -start=$value" : ""',
229
 
        },
230
 
        "stop" => {
231
 
                "perl" => '($value && $value ne $vdef)? " -stop=$value" : ""',
232
 
        },
233
 
        "output" => {
234
 
        },
235
 
        "graph" => {
236
 
                "perl" => '($value)? " -graph=$value" : ""',
237
 
        },
238
 
        "auto" => {
239
 
                "perl" => '" -auto -stdout"',
240
 
        },
241
 
        "psouput" => {
242
 
                "perl" => '" -goutfile=plotorf"',
243
 
        },
244
 
        "psresults" => {
245
 
        },
246
 
        "metaresults" => {
247
 
        },
248
 
        "dataresults" => {
249
 
        },
250
 
        "pngresults" => {
251
 
        },
252
 
        "plotorf" => {
253
 
                "perl" => '"plotorf"',
254
 
        }
255
 
 
256
 
    };
257
 
 
258
 
    $self->{FILENAMES}  = {
259
 
        "psresults" => '*.ps',
260
 
        "metaresults" => '*.meta',
261
 
        "dataresults" => '*.dat',
262
 
        "pngresults" => '*.png *.2 *.3',
263
 
 
264
 
    };
265
 
 
266
 
    $self->{SEQFMT}  = {
267
 
        "sequence" => [8],
268
 
 
269
 
    };
270
 
 
271
 
    $self->{GROUP}  = {
272
 
        "init" => -10,
273
 
        "sequence" => 1,
274
 
        "start" => 2,
275
 
        "stop" => 3,
276
 
        "graph" => 4,
277
 
        "auto" => 5,
278
 
        "psouput" => 100,
279
 
        "plotorf" => 0
280
 
 
281
 
    };
282
 
 
283
 
    $self->{BY_GROUP_PARAMETERS}  = [
284
 
        "init",
285
 
        "input",
286
 
        "plotorf",
287
 
        "advanced",
288
 
        "output",
289
 
        "psresults",
290
 
        "metaresults",
291
 
        "dataresults",
292
 
        "pngresults",
293
 
        "sequence",
294
 
        "start",
295
 
        "stop",
296
 
        "graph",
297
 
        "auto",
298
 
        "psouput",
299
 
 
300
 
    ];
301
 
 
302
 
    $self->{SIZE}  = {
303
 
 
304
 
    };
305
 
 
306
 
    $self->{ISHIDDEN}  = {
307
 
        "init" => 1,
308
 
        "input" => 0,
309
 
        "sequence" => 0,
310
 
        "advanced" => 0,
311
 
        "start" => 0,
312
 
        "stop" => 0,
313
 
        "output" => 0,
314
 
        "graph" => 0,
315
 
        "auto" => 1,
316
 
        "psouput" => 1,
317
 
        "psresults" => 0,
318
 
        "metaresults" => 0,
319
 
        "dataresults" => 0,
320
 
        "pngresults" => 0,
321
 
        "plotorf" => 1
322
 
 
323
 
    };
324
 
 
325
 
    $self->{ISCOMMAND}  = {
326
 
        "init" => 0,
327
 
        "input" => 0,
328
 
        "sequence" => 0,
329
 
        "advanced" => 0,
330
 
        "start" => 0,
331
 
        "stop" => 0,
332
 
        "output" => 0,
333
 
        "graph" => 0,
334
 
        "auto" => 0,
335
 
        "psouput" => 0,
336
 
        "psresults" => 0,
337
 
        "metaresults" => 0,
338
 
        "dataresults" => 0,
339
 
        "pngresults" => 0,
340
 
 
341
 
    };
342
 
 
343
 
    $self->{ISMANDATORY}  = {
344
 
        "init" => 0,
345
 
        "input" => 0,
346
 
        "sequence" => 1,
347
 
        "advanced" => 0,
348
 
        "start" => 0,
349
 
        "stop" => 0,
350
 
        "output" => 0,
351
 
        "graph" => 0,
352
 
        "auto" => 0,
353
 
        "psouput" => 0,
354
 
        "psresults" => 0,
355
 
        "metaresults" => 0,
356
 
        "dataresults" => 0,
357
 
        "pngresults" => 0,
358
 
 
359
 
    };
360
 
 
361
 
    $self->{PROMPT}  = {
362
 
        "init" => "",
363
 
        "input" => "input Section",
364
 
        "sequence" => "sequence -- dna [single sequence] (-sequence)",
365
 
        "advanced" => "advanced Section",
366
 
        "start" => "Start codons (-start)",
367
 
        "stop" => "Stop codons (-stop)",
368
 
        "output" => "output Section",
369
 
        "graph" => "graph (-graph)",
370
 
        "auto" => "",
371
 
        "psouput" => "",
372
 
        "psresults" => "",
373
 
        "metaresults" => "",
374
 
        "dataresults" => "",
375
 
        "pngresults" => "",
376
 
 
377
 
    };
378
 
 
379
 
    $self->{ISSTANDOUT}  = {
380
 
        "init" => 0,
381
 
        "input" => 0,
382
 
        "sequence" => 0,
383
 
        "advanced" => 0,
384
 
        "start" => 0,
385
 
        "stop" => 0,
386
 
        "output" => 0,
387
 
        "graph" => 0,
388
 
        "auto" => 0,
389
 
        "psouput" => 0,
390
 
        "psresults" => 0,
391
 
        "metaresults" => 0,
392
 
        "dataresults" => 0,
393
 
        "pngresults" => 0,
394
 
 
395
 
    };
396
 
 
397
 
    $self->{VLIST}  = {
398
 
 
399
 
        "input" => ['sequence',],
400
 
        "advanced" => ['start','stop',],
401
 
        "output" => ['graph',],
402
 
        "graph" => ['x11','x11','hp7470','hp7470','postscript','postscript','cps','cps','hp7580','hp7580','null','null','data','data','colourps','colourps','text','text','none','none','tek4107t','tek4107t','tekt','tekt','xwindows','xwindows','hpgl','hpgl','xterm','xterm','meta','meta','ps','ps','tek','tek','png','png','tektronics','tektronics',],
403
 
    };
404
 
 
405
 
    $self->{FLIST}  = {
406
 
 
407
 
    };
408
 
 
409
 
    $self->{SEPARATOR}  = {
410
 
 
411
 
    };
412
 
 
413
 
    $self->{VDEF}  = {
414
 
        "start" => 'ATG',
415
 
        "stop" => 'TAA,TAG,TGA',
416
 
        "graph" => 'postscript',
417
 
 
418
 
    };
419
 
 
420
 
    $self->{PRECOND}  = {
421
 
        "init" => { "perl" => '1' },
422
 
        "input" => { "perl" => '1' },
423
 
        "sequence" => { "perl" => '1' },
424
 
        "advanced" => { "perl" => '1' },
425
 
        "start" => { "perl" => '1' },
426
 
        "stop" => { "perl" => '1' },
427
 
        "output" => { "perl" => '1' },
428
 
        "graph" => { "perl" => '1' },
429
 
        "auto" => { "perl" => '1' },
430
 
        "psouput" => {
431
 
                "perl" => '$graph eq "postscript" || $graph eq "ps" || $graph eq "colourps"  || $graph eq "cps" || $graph eq "png"',
432
 
        },
433
 
        "psresults" => {
434
 
                "perl" => '$graph eq "postscript" || $graph eq "ps" || $graph eq "colourps" || $graph eq "cps"',
435
 
        },
436
 
        "metaresults" => {
437
 
                "perl" => '$graph eq "meta"',
438
 
        },
439
 
        "dataresults" => {
440
 
                "perl" => '$graph eq "data"',
441
 
        },
442
 
        "pngresults" => {
443
 
                "perl" => '$graph eq "png"',
444
 
        },
445
 
 
446
 
    };
447
 
 
448
 
    $self->{CTRL}  = {
449
 
 
450
 
    };
451
 
 
452
 
    $self->{PIPEOUT}  = {
453
 
 
454
 
    };
455
 
 
456
 
    $self->{WITHPIPEOUT}  = {
457
 
 
458
 
    };
459
 
 
460
 
    $self->{PIPEIN}  = {
461
 
        "sequence" => {
462
 
                 "seqfile" => '1',
463
 
        },
464
 
 
465
 
    };
466
 
 
467
 
    $self->{WITHPIPEIN}  = {
468
 
 
469
 
    };
470
 
 
471
 
    $self->{ISCLEAN}  = {
472
 
        "init" => 0,
473
 
        "input" => 0,
474
 
        "sequence" => 0,
475
 
        "advanced" => 0,
476
 
        "start" => 0,
477
 
        "stop" => 0,
478
 
        "output" => 0,
479
 
        "graph" => 0,
480
 
        "auto" => 0,
481
 
        "psouput" => 0,
482
 
        "psresults" => 0,
483
 
        "metaresults" => 0,
484
 
        "dataresults" => 0,
485
 
        "pngresults" => 0,
486
 
 
487
 
    };
488
 
 
489
 
    $self->{ISSIMPLE}  = {
490
 
        "init" => 0,
491
 
        "input" => 0,
492
 
        "sequence" => 1,
493
 
        "advanced" => 0,
494
 
        "start" => 0,
495
 
        "stop" => 0,
496
 
        "output" => 0,
497
 
        "graph" => 0,
498
 
        "auto" => 0,
499
 
        "psouput" => 0,
500
 
        "psresults" => 0,
501
 
        "metaresults" => 0,
502
 
        "dataresults" => 0,
503
 
        "pngresults" => 0,
504
 
 
505
 
    };
506
 
 
507
 
    $self->{PARAMFILE}  = {
508
 
 
509
 
    };
510
 
 
511
 
    $self->{COMMENT}  = {
512
 
 
513
 
    };
514
 
 
515
 
    $self->{SCALEMIN}  = {
516
 
 
517
 
    };
518
 
 
519
 
    $self->{SCALEMAX}  = {
520
 
 
521
 
    };
522
 
 
523
 
    $self->{SCALEINC}  = {
524
 
 
525
 
    };
526
 
 
527
 
    $self->{INFO}  = {
528
 
 
529
 
    };
530
 
 
531
 
# -- end of definitions extracted from /local/gensoft/lib/Pise/5.a/PerlDef/plotorf.pm
532
 
 
533
 
 
534
 
 
535
 
    $self->_init_params(@params);
536
 
 
537
 
    return $self;
538
 
}
539
 
 
540
 
 
541
 
 
542
 
1; # Needed to keep compiler happy
543