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Viewing changes to Bio/Tools/Run/PiseApplication/parciquart.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-09-03 11:00:03 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090903110003-11of27rxner5vnl9
Tags: 1.6.1-1
http://bugs.debian.org/541274
* New upstream release.
* debian/patches/10-wrong-path-for-interpreter.patch: removed
  (fixed upstream).
* debian/watch updated (bioperl -> BioPerl).
* debian/rules refreshed with dh-make-perl 0.53.
  - Disabled installation of examples (removed upstream).
  - Removed the correction of file permission of Pise documentation
    (removed upstream).
  - Removed patching facilities (no patches anymore).
  - Disabled tests as I experience failures with t/Eponine.t despite
    this program is not installed.
* debian/copyright:
  - Removed vanity lines about debianization and debian copyright.
  - Incremented years to 2009.
  - Updated to latest experimentation of the machine-readable license summary.
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance on new Policy
    (dropped versionned build-dependancy on Perl).
  - Removed build-dependancy on quilt (no patches anymore).
  - Depend and Build-Depend on bioperl versions superior or equal to 1.6.0.
  - Build-depends on, and Recommdnes libalgorithm-diff-perl, libipc-run-perl,
    libio-string-perl and libxml-twig-perl, that are listed in DEPENDANCIES.
  - Build-depends on libarray-compare-perl and libtree-dagnode-perl
    (otherwise tests fail). 
  - Depend on amap-align instead of amap (Closes: #541274).

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added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/PiseApplication/parciquart.pm
1
 
# $Id: parciquart.pm,v 1.6 2006/07/04 22:23:35 mauricio Exp $
2
 
# BioPerl module for Bio::Tools::Run::PiseApplication::parciquart
3
 
#
4
 
# Cared for by Catherine Letondal <letondal@pasteur.fr>
5
 
#
6
 
# For copyright and disclaimer see below.
7
 
#
8
 
# POD documentation - main docs before the code
9
 
 
10
 
=head1 NAME
11
 
 
12
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication::parciquart
13
 
 
14
 
=head1 SYNOPSIS
15
 
 
16
 
  #
17
 
 
18
 
=head1 DESCRIPTION
19
 
 
20
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication::parciquart
21
 
 
22
 
      Bioperl class for:
23
 
 
24
 
        PHYLOQUART      parciquart - quartet inference by maximum parsimony method (Berry)
25
 
 
26
 
 
27
 
      Parameters: 
28
 
 
29
 
        (see also:
30
 
          http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/parciquart.html 
31
 
         for available values):
32
 
 
33
 
 
34
 
                parciquart (String)
35
 
 
36
 
                infile (Sequence)
37
 
                        Nucleotide Sequences Alignement File
38
 
                        pipe: readseq_ok_alig
39
 
 
40
 
                weight (Float)
41
 
                        Weight of the transversion events compared to the transition events (-w)
42
 
 
43
 
                gap (Switch)
44
 
                        Use gap position whenever is possible for computing the distance between two taxa (-g)
45
 
 
46
 
=head1 FEEDBACK
47
 
 
48
 
=head2 Mailing Lists
49
 
 
50
 
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
51
 
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
52
 
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
53
 
 
54
 
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
55
 
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
56
 
 
57
 
=head2 Reporting Bugs
58
 
 
59
 
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
60
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
61
 
web:
62
 
 
63
 
  http://bugzilla.open-bio.org/
64
 
 
65
 
=head1 AUTHOR
66
 
 
67
 
Catherine Letondal (letondal@pasteur.fr)
68
 
 
69
 
=head1 COPYRIGHT
70
 
 
71
 
Copyright (C) 2003 Institut Pasteur & Catherine Letondal.
72
 
All Rights Reserved.
73
 
 
74
 
This module is free software; you can redistribute it and/or modify
75
 
it under the same terms as Perl itself.
76
 
 
77
 
=head1 DISCLAIMER
78
 
 
79
 
This software is provided "as is" without warranty of any kind.
80
 
 
81
 
=head1 SEE ALSO
82
 
 
83
 
=over
84
 
 
85
 
=item *
86
 
 
87
 
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/parciquart.html
88
 
 
89
 
=item *
90
 
 
91
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication
92
 
 
93
 
=item *
94
 
 
95
 
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise
96
 
 
97
 
=item *
98
 
 
99
 
Bio::Tools::Run::PiseJob
100
 
 
101
 
=back
102
 
 
103
 
=cut
104
 
 
105
 
#'
106
 
package Bio::Tools::Run::PiseApplication::parciquart;
107
 
 
108
 
use vars qw(@ISA);
109
 
use strict;
110
 
use Bio::Tools::Run::PiseApplication;
111
 
 
112
 
@ISA = qw(Bio::Tools::Run::PiseApplication);
113
 
 
114
 
=head2 new
115
 
 
116
 
 Title   : new()
117
 
 Usage   : my $parciquart = Bio::Tools::Run::PiseApplication::parciquart->new($location, $email, @params);
118
 
 Function: Creates a Bio::Tools::Run::PiseApplication::parciquart object.
119
 
           This method should not be used directly, but rather by 
120
 
           a Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise instance.
121
 
           my $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise->new();
122
 
           my $parciquart = $factory->program('parciquart');
123
 
 Example : -
124
 
 Returns : An instance of Bio::Tools::Run::PiseApplication::parciquart.
125
 
 
126
 
=cut
127
 
 
128
 
sub new {
129
 
    my ($class, $location, $email, @params) = @_;
130
 
    my $self = $class->SUPER::new($location, $email);
131
 
 
132
 
# -- begin of definitions extracted from /local/gensoft/lib/Pise/5.a/PerlDef/parciquart.pm
133
 
 
134
 
    $self->{COMMAND}   = "parciquart";
135
 
    $self->{VERSION}   = "5.a";
136
 
    $self->{TITLE}   = "PHYLOQUART";
137
 
 
138
 
    $self->{DESCRIPTION}   = "parciquart - quartet inference by maximum parsimony method";
139
 
 
140
 
    $self->{OPT_EMAIL}   = 0;
141
 
 
142
 
    $self->{AUTHORS}   = "Berry";
143
 
 
144
 
    $self->{_INTERFACE_STANDOUT} = undef;
145
 
    $self->{_STANDOUT_FILE} = undef;
146
 
 
147
 
    $self->{TOP_PARAMETERS}  = [ 
148
 
        "parciquart",
149
 
        "infile",
150
 
        "weight",
151
 
        "gap",
152
 
        "quartfile",
153
 
 
154
 
    ];
155
 
 
156
 
    $self->{PARAMETERS_ORDER}  = [
157
 
        "parciquart",
158
 
        "infile",       # Nucleotide Sequences Alignement File
159
 
        "weight",       # Weight of the transversion events compared to the transition events (-w)
160
 
        "gap",  # Use gap position whenever is possible for computing the distance between two taxa (-g)
161
 
        "quartfile",
162
 
 
163
 
    ];
164
 
 
165
 
    $self->{TYPE}  = {
166
 
        "parciquart" => 'String',
167
 
        "infile" => 'Sequence',
168
 
        "weight" => 'Float',
169
 
        "gap" => 'Switch',
170
 
        "quartfile" => 'Results',
171
 
 
172
 
    };
173
 
 
174
 
    $self->{FORMAT}  = {
175
 
        "parciquart" => {
176
 
                "seqlab" => 'parciquart',
177
 
                "perl" => '"parciquart"',
178
 
        },
179
 
        "infile" => {
180
 
                "perl" => '"ln -s $infile infile.nuc; "',
181
 
        },
182
 
        "weight" => {
183
 
                "perl" => '(defined $value)? " -w$value" : "" ',
184
 
        },
185
 
        "gap" => {
186
 
                "perl" => '($value)? " -g1" : "" ',
187
 
        },
188
 
        "quartfile" => {
189
 
        },
190
 
 
191
 
    };
192
 
 
193
 
    $self->{FILENAMES}  = {
194
 
        "quartfile" => 'quartfile',
195
 
 
196
 
    };
197
 
 
198
 
    $self->{SEQFMT}  = {
199
 
        "infile" => [11],
200
 
 
201
 
    };
202
 
 
203
 
    $self->{GROUP}  = {
204
 
        "parciquart" => 0,
205
 
        "infile" => -10,
206
 
        "weight" => 1,
207
 
        "gap" => 1,
208
 
 
209
 
    };
210
 
 
211
 
    $self->{BY_GROUP_PARAMETERS}  = [
212
 
        "infile",
213
 
        "parciquart",
214
 
        "quartfile",
215
 
        "weight",
216
 
        "gap",
217
 
 
218
 
    ];
219
 
 
220
 
    $self->{SIZE}  = {
221
 
 
222
 
    };
223
 
 
224
 
    $self->{ISHIDDEN}  = {
225
 
        "parciquart" => 1,
226
 
        "infile" => 0,
227
 
        "weight" => 0,
228
 
        "gap" => 0,
229
 
        "quartfile" => 0,
230
 
 
231
 
    };
232
 
 
233
 
    $self->{ISCOMMAND}  = {
234
 
        "parciquart" => 1,
235
 
        "infile" => 0,
236
 
        "weight" => 0,
237
 
        "gap" => 0,
238
 
        "quartfile" => 0,
239
 
 
240
 
    };
241
 
 
242
 
    $self->{ISMANDATORY}  = {
243
 
        "parciquart" => 0,
244
 
        "infile" => 1,
245
 
        "weight" => 0,
246
 
        "gap" => 0,
247
 
        "quartfile" => 0,
248
 
 
249
 
    };
250
 
 
251
 
    $self->{PROMPT}  = {
252
 
        "parciquart" => "",
253
 
        "infile" => "Nucleotide Sequences Alignement File",
254
 
        "weight" => "Weight of the transversion events compared to the transition events (-w)",
255
 
        "gap" => "Use gap position whenever is possible for computing the distance between two taxa (-g)",
256
 
        "quartfile" => "",
257
 
 
258
 
    };
259
 
 
260
 
    $self->{ISSTANDOUT}  = {
261
 
        "parciquart" => 0,
262
 
        "infile" => 0,
263
 
        "weight" => 0,
264
 
        "gap" => 0,
265
 
        "quartfile" => 0,
266
 
 
267
 
    };
268
 
 
269
 
    $self->{VLIST}  = {
270
 
 
271
 
    };
272
 
 
273
 
    $self->{FLIST}  = {
274
 
 
275
 
    };
276
 
 
277
 
    $self->{SEPARATOR}  = {
278
 
 
279
 
    };
280
 
 
281
 
    $self->{VDEF}  = {
282
 
        "gap" => '0',
283
 
 
284
 
    };
285
 
 
286
 
    $self->{PRECOND}  = {
287
 
        "parciquart" => { "perl" => '1' },
288
 
        "infile" => { "perl" => '1' },
289
 
        "weight" => { "perl" => '1' },
290
 
        "gap" => { "perl" => '1' },
291
 
        "quartfile" => { "perl" => '1' },
292
 
 
293
 
    };
294
 
 
295
 
    $self->{CTRL}  = {
296
 
 
297
 
    };
298
 
 
299
 
    $self->{PIPEOUT}  = {
300
 
        "quartfile" => {
301
 
                 '1' => "quartfile",
302
 
        },
303
 
 
304
 
    };
305
 
 
306
 
    $self->{WITHPIPEOUT}  = {
307
 
 
308
 
    };
309
 
 
310
 
    $self->{PIPEIN}  = {
311
 
        "infile" => {
312
 
                 "readseq_ok_alig" => '1',
313
 
        },
314
 
 
315
 
    };
316
 
 
317
 
    $self->{WITHPIPEIN}  = {
318
 
 
319
 
    };
320
 
 
321
 
    $self->{ISCLEAN}  = {
322
 
        "parciquart" => 0,
323
 
        "infile" => 0,
324
 
        "weight" => 0,
325
 
        "gap" => 0,
326
 
        "quartfile" => 0,
327
 
 
328
 
    };
329
 
 
330
 
    $self->{ISSIMPLE}  = {
331
 
        "parciquart" => 1,
332
 
        "infile" => 1,
333
 
        "weight" => 0,
334
 
        "gap" => 0,
335
 
        "quartfile" => 0,
336
 
 
337
 
    };
338
 
 
339
 
    $self->{PARAMFILE}  = {
340
 
 
341
 
    };
342
 
 
343
 
    $self->{COMMENT}  = {
344
 
        "weight" => [
345
 
                "Indicate the weight of the transversion events compared to the transition events when computing the parcimony value of a topology. Eg, -k2.5 gives 2.5 times more weight to transversions than to transitions.",
346
 
        ],
347
 
        "gap" => [
348
 
                "If out, drop any position that contains a gap from the whole analysis.",
349
 
        ],
350
 
 
351
 
    };
352
 
 
353
 
    $self->{SCALEMIN}  = {
354
 
 
355
 
    };
356
 
 
357
 
    $self->{SCALEMAX}  = {
358
 
 
359
 
    };
360
 
 
361
 
    $self->{SCALEINC}  = {
362
 
 
363
 
    };
364
 
 
365
 
    $self->{INFO}  = {
366
 
 
367
 
    };
368
 
 
369
 
# -- end of definitions extracted from /local/gensoft/lib/Pise/5.a/PerlDef/parciquart.pm
370
 
 
371
 
 
372
 
 
373
 
    $self->_init_params(@params);
374
 
 
375
 
    return $self;
376
 
}
377
 
 
378
 
 
379
 
 
380
 
1; # Needed to keep compiler happy
381