← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/bioperl-run/wily-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Run/AnalysisFactory.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-09-03 11:00:03 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090903110003-11of27rxner5vnl9
Tags: 1.6.1-1
http://bugs.debian.org/541274
* New upstream release.
* debian/patches/10-wrong-path-for-interpreter.patch: removed
  (fixed upstream).
* debian/watch updated (bioperl -> BioPerl).
* debian/rules refreshed with dh-make-perl 0.53.
  - Disabled installation of examples (removed upstream).
  - Removed the correction of file permission of Pise documentation
    (removed upstream).
  - Removed patching facilities (no patches anymore).
  - Disabled tests as I experience failures with t/Eponine.t despite
    this program is not installed.
* debian/copyright:
  - Removed vanity lines about debianization and debian copyright.
  - Incremented years to 2009.
  - Updated to latest experimentation of the machine-readable license summary.
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance on new Policy
    (dropped versionned build-dependancy on Perl).
  - Removed build-dependancy on quilt (no patches anymore).
  - Depend and Build-Depend on bioperl versions superior or equal to 1.6.0.
  - Build-depends on, and Recommdnes libalgorithm-diff-perl, libipc-run-perl,
    libio-string-perl and libxml-twig-perl, that are listed in DEPENDANCIES.
  - Build-depends on libarray-compare-perl and libtree-dagnode-perl
    (otherwise tests fail). 
  - Depend on amap-align instead of amap (Closes: #541274).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/AnalysisFactory.pm
1
 
# $Id: AnalysisFactory.pm,v 1.10 2006/07/04 22:23:31 mauricio Exp $
 
1
# $Id: AnalysisFactory.pm 15564 2009-02-24 01:59:09Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::Run::AnalysisFactory
4
4
#
 
5
# Please direct questions and support issues to <bioperl-l@bioperl.org> 
 
6
#
5
7
# Cared for by Martin Senger <martin.senger@gmail.com>
6
8
# For copyright and disclaimer see below.
7
9
#
17
19
  # list all available analyses from the default location,
18
20
  # using a default (SOAP) access method
19
21
  use Bio::Tools::Run::AnalysisFactory;
20
 
  my $list = new Bio::Tools::Run::AnalysisFactory
 
22
  my $list = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new();
21
23
                ->available_analyses;
22
24
  use Data::Dumper; print Dumper ($list);
23
25
 
24
26
  # ditto, but from a different location
25
27
  use Bio::Tools::Run::AnalysisFactory;
26
28
  my $list =
27
 
     new Bio::Tools::Run::AnalysisFactory (-location => 'http://somewhere/something')
 
29
     Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new(-location => 'http://somewhere/something')
28
30
                ->available_analyses;
29
31
 
30
32
  # ...and using a different access method
31
33
  # (this example is not yet impelmented)
32
34
  use Bio::Tools::Run::AnalysisFactory;
33
35
  my $list =
34
 
     new Bio::Tools::Run::AnalysisFactory (-location => 'http://somewhere/something',
 
36
     Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new(-location => 'http://somewhere/something',
35
37
                                           -access => 'novella')
36
38
                ->available_analyses;
37
39
 
38
40
  # list available categories of analyses
39
41
  use Bio::Tools::Run::AnalysisFactory;
40
42
  my $categories =
41
 
     new Bio::Tools::Run::AnalysisFactory
 
43
     Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new();
42
44
                ->available_categories;
43
45
  use Data::Dumper; print Dumper ($categories);
44
46
 
45
47
  # show all analyses group by categories
46
48
  use Bio::Tools::Run::AnalysisFactory;
47
 
  my $factory = new Bio::Tools::Run::AnalysisFactory;
 
49
  my $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new();
48
50
  foreach $cat ( @{ $factory->available_categories } ) {
49
51
    my @sublist = @{ $factory->available_analyses ($cat) };
50
52
    print "$cat:\n\t",
54
56
 
55
57
  # create an analysis object
56
58
  use Bio::Tools::Run::AnalysisFactory;
57
 
  $service = new Bio::Tools::Run::AnalysisFactory
 
59
  $service = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new();
58
60
                 ->create_analysis ('edit.seqret');
59
61
  $service->run (
60
62
                #...
88
90
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
89
91
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
90
92
 
 
93
=head2 Support 
 
94
 
 
95
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
96
  
 
97
L<bioperl-l@bioperl.org>
 
98
  
 
99
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
100
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
101
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
102
with code and data examples if at all possible.
 
103
 
91
104
=head2 Reporting Bugs
92
105
 
93
106
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
142
155
 
143
156
 
144
157
BEGIN {
145
 
    $Revision = q$Id: AnalysisFactory.pm,v 1.10 2006/07/04 22:23:31 mauricio Exp $;
 
158
    $Revision = q$Id: AnalysisFactory.pm 15564 2009-02-24 01:59:09Z cjfields $;
146
159
}
147
160
 
148
161
# -----------------------------------------------------------------------------
156
169
=head2 new
157
170
 
158
171
 Usage   : my $factory =
159
 
             new Bio::Tools::Run::AnalysisFactory (-access => 'soap',
 
172
             Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new(-access => 'soap',
160
173
                                                   -location => 'http://...');
161
174
 Returns : a new Bio::Tools::Run::AnalysisFactory object representing a list
162
175
           of available analyses