← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/bioperl-run/wily-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Run/PiseApplication/fuzzpro.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-09-03 11:00:03 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090903110003-11of27rxner5vnl9
Tags: 1.6.1-1
http://bugs.debian.org/541274
* New upstream release.
* debian/patches/10-wrong-path-for-interpreter.patch: removed
  (fixed upstream).
* debian/watch updated (bioperl -> BioPerl).
* debian/rules refreshed with dh-make-perl 0.53.
  - Disabled installation of examples (removed upstream).
  - Removed the correction of file permission of Pise documentation
    (removed upstream).
  - Removed patching facilities (no patches anymore).
  - Disabled tests as I experience failures with t/Eponine.t despite
    this program is not installed.
* debian/copyright:
  - Removed vanity lines about debianization and debian copyright.
  - Incremented years to 2009.
  - Updated to latest experimentation of the machine-readable license summary.
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance on new Policy
    (dropped versionned build-dependancy on Perl).
  - Removed build-dependancy on quilt (no patches anymore).
  - Depend and Build-Depend on bioperl versions superior or equal to 1.6.0.
  - Build-depends on, and Recommdnes libalgorithm-diff-perl, libipc-run-perl,
    libio-string-perl and libxml-twig-perl, that are listed in DEPENDANCIES.
  - Build-depends on libarray-compare-perl and libtree-dagnode-perl
    (otherwise tests fail). 
  - Depend on amap-align instead of amap (Closes: #541274).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/PiseApplication/fuzzpro.pm
1
 
# $Id: fuzzpro.pm,v 1.6 2006/07/04 22:23:34 mauricio Exp $
2
 
# BioPerl module for Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzzpro
3
 
#
4
 
# Cared for by Catherine Letondal <letondal@pasteur.fr>
5
 
#
6
 
# For copyright and disclaimer see below.
7
 
#
8
 
# POD documentation - main docs before the code
9
 
 
10
 
=head1 NAME
11
 
 
12
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzzpro
13
 
 
14
 
=head1 SYNOPSIS
15
 
 
16
 
  #
17
 
 
18
 
=head1 DESCRIPTION
19
 
 
20
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzzpro
21
 
 
22
 
      Bioperl class for:
23
 
 
24
 
        FUZZPRO Protein pattern search (EMBOSS)
25
 
 
26
 
 
27
 
      Parameters: 
28
 
 
29
 
        (see also:
30
 
          http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/fuzzpro.html 
31
 
         for available values):
32
 
 
33
 
 
34
 
                fuzzpro (String)
35
 
 
36
 
                init (String)
37
 
 
38
 
                sequence (Sequence)
39
 
                        sequence -- protein [sequences] (-sequence)
40
 
                        pipe: seqsfile
41
 
 
42
 
                pattern (String)
43
 
                        Search pattern (-pattern)
44
 
 
45
 
                mismatch (Integer)
46
 
                        Number of mismatches (-mismatch)
47
 
 
48
 
                outfile (OutFile)
49
 
                        outfile (-outfile)
50
 
 
51
 
                auto (String)
52
 
 
53
 
=head1 FEEDBACK
54
 
 
55
 
=head2 Mailing Lists
56
 
 
57
 
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
58
 
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
59
 
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
60
 
 
61
 
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
62
 
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
63
 
 
64
 
=head2 Reporting Bugs
65
 
 
66
 
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
67
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
68
 
web:
69
 
 
70
 
  http://bugzilla.open-bio.org/
71
 
 
72
 
=head1 AUTHOR
73
 
 
74
 
Catherine Letondal (letondal@pasteur.fr)
75
 
 
76
 
=head1 COPYRIGHT
77
 
 
78
 
Copyright (C) 2003 Institut Pasteur & Catherine Letondal.
79
 
All Rights Reserved.
80
 
 
81
 
This module is free software; you can redistribute it and/or modify
82
 
it under the same terms as Perl itself.
83
 
 
84
 
=head1 DISCLAIMER
85
 
 
86
 
This software is provided "as is" without warranty of any kind.
87
 
 
88
 
=head1 SEE ALSO
89
 
 
90
 
=over
91
 
 
92
 
=item *
93
 
 
94
 
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/fuzzpro.html
95
 
 
96
 
=item *
97
 
 
98
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication
99
 
 
100
 
=item *
101
 
 
102
 
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise
103
 
 
104
 
=item *
105
 
 
106
 
Bio::Tools::Run::PiseJob
107
 
 
108
 
=back
109
 
 
110
 
=cut
111
 
 
112
 
#'
113
 
package Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzzpro;
114
 
 
115
 
use vars qw(@ISA);
116
 
use strict;
117
 
use Bio::Tools::Run::PiseApplication;
118
 
 
119
 
@ISA = qw(Bio::Tools::Run::PiseApplication);
120
 
 
121
 
=head2 new
122
 
 
123
 
 Title   : new()
124
 
 Usage   : my $fuzzpro = Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzzpro->new($location, $email, @params);
125
 
 Function: Creates a Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzzpro object.
126
 
           This method should not be used directly, but rather by 
127
 
           a Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise instance.
128
 
           my $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise->new();
129
 
           my $fuzzpro = $factory->program('fuzzpro');
130
 
 Example : -
131
 
 Returns : An instance of Bio::Tools::Run::PiseApplication::fuzzpro.
132
 
 
133
 
=cut
134
 
 
135
 
sub new {
136
 
    my ($class, $location, $email, @params) = @_;
137
 
    my $self = $class->SUPER::new($location, $email);
138
 
 
139
 
# -- begin of definitions extracted from /local/gensoft/lib/Pise/5.a/PerlDef/fuzzpro.pm
140
 
 
141
 
    $self->{COMMAND}   = "fuzzpro";
142
 
    $self->{VERSION}   = "5.a";
143
 
    $self->{TITLE}   = "FUZZPRO";
144
 
 
145
 
    $self->{DESCRIPTION}   = "Protein pattern search (EMBOSS)";
146
 
 
147
 
    $self->{OPT_EMAIL}   = 0;
148
 
 
149
 
    $self->{CATEGORIES}   =  [  
150
 
 
151
 
         "protein:motifs",
152
 
  ];
153
 
 
154
 
    $self->{DOCLINK}   = "http://www.uk.embnet.org/Software/EMBOSS/Apps/fuzzpro.html";
155
 
 
156
 
    $self->{_INTERFACE_STANDOUT} = undef;
157
 
    $self->{_STANDOUT_FILE} = undef;
158
 
 
159
 
    $self->{TOP_PARAMETERS}  = [ 
160
 
        "fuzzpro",
161
 
        "init",
162
 
        "input",
163
 
        "required",
164
 
        "output",
165
 
        "auto",
166
 
 
167
 
    ];
168
 
 
169
 
    $self->{PARAMETERS_ORDER}  = [
170
 
        "fuzzpro",
171
 
        "init",
172
 
        "input",        # input Section
173
 
        "sequence",     # sequence -- protein [sequences] (-sequence)
174
 
        "required",     # required Section
175
 
        "pattern",      # Search pattern (-pattern)
176
 
        "mismatch",     # Number of mismatches (-mismatch)
177
 
        "output",       # output Section
178
 
        "outfile",      # outfile (-outfile)
179
 
        "auto",
180
 
 
181
 
    ];
182
 
 
183
 
    $self->{TYPE}  = {
184
 
        "fuzzpro" => 'String',
185
 
        "init" => 'String',
186
 
        "input" => 'Paragraph',
187
 
        "sequence" => 'Sequence',
188
 
        "required" => 'Paragraph',
189
 
        "pattern" => 'String',
190
 
        "mismatch" => 'Integer',
191
 
        "output" => 'Paragraph',
192
 
        "outfile" => 'OutFile',
193
 
        "auto" => 'String',
194
 
 
195
 
    };
196
 
 
197
 
    $self->{FORMAT}  = {
198
 
        "init" => {
199
 
                "perl" => ' "" ',
200
 
        },
201
 
        "input" => {
202
 
        },
203
 
        "sequence" => {
204
 
                "perl" => '" -sequence=$value -sformat=fasta"',
205
 
        },
206
 
        "required" => {
207
 
        },
208
 
        "pattern" => {
209
 
                "perl" => '" -pattern=$value"',
210
 
        },
211
 
        "mismatch" => {
212
 
                "perl" => '" -mismatch=$value"',
213
 
        },
214
 
        "output" => {
215
 
        },
216
 
        "outfile" => {
217
 
                "perl" => '" -outfile=$value"',
218
 
        },
219
 
        "auto" => {
220
 
                "perl" => '" -auto -stdout"',
221
 
        },
222
 
        "fuzzpro" => {
223
 
                "perl" => '"fuzzpro"',
224
 
        }
225
 
 
226
 
    };
227
 
 
228
 
    $self->{FILENAMES}  = {
229
 
 
230
 
    };
231
 
 
232
 
    $self->{SEQFMT}  = {
233
 
        "sequence" => [8],
234
 
 
235
 
    };
236
 
 
237
 
    $self->{GROUP}  = {
238
 
        "init" => -10,
239
 
        "sequence" => 1,
240
 
        "pattern" => 2,
241
 
        "mismatch" => 3,
242
 
        "outfile" => 4,
243
 
        "auto" => 5,
244
 
        "fuzzpro" => 0
245
 
 
246
 
    };
247
 
 
248
 
    $self->{BY_GROUP_PARAMETERS}  = [
249
 
        "init",
250
 
        "input",
251
 
        "required",
252
 
        "output",
253
 
        "fuzzpro",
254
 
        "sequence",
255
 
        "pattern",
256
 
        "mismatch",
257
 
        "outfile",
258
 
        "auto",
259
 
 
260
 
    ];
261
 
 
262
 
    $self->{SIZE}  = {
263
 
 
264
 
    };
265
 
 
266
 
    $self->{ISHIDDEN}  = {
267
 
        "init" => 1,
268
 
        "input" => 0,
269
 
        "sequence" => 0,
270
 
        "required" => 0,
271
 
        "pattern" => 0,
272
 
        "mismatch" => 0,
273
 
        "output" => 0,
274
 
        "outfile" => 0,
275
 
        "auto" => 1,
276
 
        "fuzzpro" => 1
277
 
 
278
 
    };
279
 
 
280
 
    $self->{ISCOMMAND}  = {
281
 
        "init" => 0,
282
 
        "input" => 0,
283
 
        "sequence" => 0,
284
 
        "required" => 0,
285
 
        "pattern" => 0,
286
 
        "mismatch" => 0,
287
 
        "output" => 0,
288
 
        "outfile" => 0,
289
 
        "auto" => 0,
290
 
 
291
 
    };
292
 
 
293
 
    $self->{ISMANDATORY}  = {
294
 
        "init" => 0,
295
 
        "input" => 0,
296
 
        "sequence" => 1,
297
 
        "required" => 0,
298
 
        "pattern" => 1,
299
 
        "mismatch" => 1,
300
 
        "output" => 0,
301
 
        "outfile" => 1,
302
 
        "auto" => 0,
303
 
 
304
 
    };
305
 
 
306
 
    $self->{PROMPT}  = {
307
 
        "init" => "",
308
 
        "input" => "input Section",
309
 
        "sequence" => "sequence -- protein [sequences] (-sequence)",
310
 
        "required" => "required Section",
311
 
        "pattern" => "Search pattern (-pattern)",
312
 
        "mismatch" => "Number of mismatches (-mismatch)",
313
 
        "output" => "output Section",
314
 
        "outfile" => "outfile (-outfile)",
315
 
        "auto" => "",
316
 
 
317
 
    };
318
 
 
319
 
    $self->{ISSTANDOUT}  = {
320
 
        "init" => 0,
321
 
        "input" => 0,
322
 
        "sequence" => 0,
323
 
        "required" => 0,
324
 
        "pattern" => 0,
325
 
        "mismatch" => 0,
326
 
        "output" => 0,
327
 
        "outfile" => 0,
328
 
        "auto" => 0,
329
 
 
330
 
    };
331
 
 
332
 
    $self->{VLIST}  = {
333
 
 
334
 
        "input" => ['sequence',],
335
 
        "required" => ['pattern','mismatch',],
336
 
        "output" => ['outfile',],
337
 
    };
338
 
 
339
 
    $self->{FLIST}  = {
340
 
 
341
 
    };
342
 
 
343
 
    $self->{SEPARATOR}  = {
344
 
 
345
 
    };
346
 
 
347
 
    $self->{VDEF}  = {
348
 
        "mismatch" => '0',
349
 
        "outfile" => 'outfile.out',
350
 
 
351
 
    };
352
 
 
353
 
    $self->{PRECOND}  = {
354
 
        "init" => { "perl" => '1' },
355
 
        "input" => { "perl" => '1' },
356
 
        "sequence" => { "perl" => '1' },
357
 
        "required" => { "perl" => '1' },
358
 
        "pattern" => { "perl" => '1' },
359
 
        "mismatch" => { "perl" => '1' },
360
 
        "output" => { "perl" => '1' },
361
 
        "outfile" => { "perl" => '1' },
362
 
        "auto" => { "perl" => '1' },
363
 
 
364
 
    };
365
 
 
366
 
    $self->{CTRL}  = {
367
 
 
368
 
    };
369
 
 
370
 
    $self->{PIPEOUT}  = {
371
 
 
372
 
    };
373
 
 
374
 
    $self->{WITHPIPEOUT}  = {
375
 
 
376
 
    };
377
 
 
378
 
    $self->{PIPEIN}  = {
379
 
        "sequence" => {
380
 
                 "seqsfile" => '1',
381
 
        },
382
 
 
383
 
    };
384
 
 
385
 
    $self->{WITHPIPEIN}  = {
386
 
 
387
 
    };
388
 
 
389
 
    $self->{ISCLEAN}  = {
390
 
        "init" => 0,
391
 
        "input" => 0,
392
 
        "sequence" => 0,
393
 
        "required" => 0,
394
 
        "pattern" => 0,
395
 
        "mismatch" => 0,
396
 
        "output" => 0,
397
 
        "outfile" => 0,
398
 
        "auto" => 0,
399
 
 
400
 
    };
401
 
 
402
 
    $self->{ISSIMPLE}  = {
403
 
        "init" => 0,
404
 
        "input" => 0,
405
 
        "sequence" => 1,
406
 
        "required" => 0,
407
 
        "pattern" => 1,
408
 
        "mismatch" => 1,
409
 
        "output" => 0,
410
 
        "outfile" => 1,
411
 
        "auto" => 0,
412
 
 
413
 
    };
414
 
 
415
 
    $self->{PARAMFILE}  = {
416
 
 
417
 
    };
418
 
 
419
 
    $self->{COMMENT}  = {
420
 
        "pattern" => [
421
 
                "The standard IUPAC one-letter codes for the amino acids are used. <BR>  The symbol `x\' is used for a position where any amino acid is accepted. <BR>  Ambiguities are indicated by listing the acceptable amino acids for a given position, between square parentheses `[ ]\'.  For example: [ALT] stands for Ala or Leu or Thr. <BR>  Ambiguities are also indicated by listing between a pair of curly brackets `{ }\' the amino acids that are not accepted at a given position. For example: {AM} stands for any amino acid except Ala and Met. <BR>  Each element in a pattern is separated from its neighbor by a `-\'. (Optional in fuzzpro). <BR>  Repetition of an element of the pattern can be indicated by following that element with a numerical value or a numerical range between parenthesis. Examples: x(3) corresponds to x-x-x, x(2,4) corresponds to x-x or x-x-x or x-x-x-x. <BR>  When a pattern is restricted to either the N- or C-terminal of a sequence, that pattern either starts with a `<\' symbol or respectively ends with a `>\' symbol. <BR>  A period ends the pattern.  (Optional in fuzzpro). <BR>  For example, [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C",
422
 
        ],
423
 
 
424
 
    };
425
 
 
426
 
    $self->{SCALEMIN}  = {
427
 
 
428
 
    };
429
 
 
430
 
    $self->{SCALEMAX}  = {
431
 
 
432
 
    };
433
 
 
434
 
    $self->{SCALEINC}  = {
435
 
 
436
 
    };
437
 
 
438
 
    $self->{INFO}  = {
439
 
 
440
 
    };
441
 
 
442
 
# -- end of definitions extracted from /local/gensoft/lib/Pise/5.a/PerlDef/fuzzpro.pm
443
 
 
444
 
 
445
 
 
446
 
    $self->_init_params(@params);
447
 
 
448
 
    return $self;
449
 
}
450
 
 
451
 
 
452
 
 
453
 
1; # Needed to keep compiler happy
454