← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/bioperl-run/wily-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Run/Alignment/Kalign.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-09-03 11:00:03 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090903110003-11of27rxner5vnl9
Tags: 1.6.1-1
http://bugs.debian.org/541274
* New upstream release.
* debian/patches/10-wrong-path-for-interpreter.patch: removed
  (fixed upstream).
* debian/watch updated (bioperl -> BioPerl).
* debian/rules refreshed with dh-make-perl 0.53.
  - Disabled installation of examples (removed upstream).
  - Removed the correction of file permission of Pise documentation
    (removed upstream).
  - Removed patching facilities (no patches anymore).
  - Disabled tests as I experience failures with t/Eponine.t despite
    this program is not installed.
* debian/copyright:
  - Removed vanity lines about debianization and debian copyright.
  - Incremented years to 2009.
  - Updated to latest experimentation of the machine-readable license summary.
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance on new Policy
    (dropped versionned build-dependancy on Perl).
  - Removed build-dependancy on quilt (no patches anymore).
  - Depend and Build-Depend on bioperl versions superior or equal to 1.6.0.
  - Build-depends on, and Recommdnes libalgorithm-diff-perl, libipc-run-perl,
    libio-string-perl and libxml-twig-perl, that are listed in DEPENDANCIES.
  - Build-depends on libarray-compare-perl and libtree-dagnode-perl
    (otherwise tests fail). 
  - Depend on amap-align instead of amap (Closes: #541274).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/Alignment/Kalign.pm
1
 
# $Id: Kalign.pm,v 1.1 2006/09/02 12:24:01 avilella Exp $
 
1
# $Id: Kalign.pm 15564 2009-02-24 01:59:09Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign
4
4
#
 
5
# Please direct questions and support issues to <bioperl-l@bioperl.org> 
 
6
#
5
7
# Cared for by Albert Vilella
6
8
#
7
9
# Copyright Albert Vilella
19
21
=head1 SYNOPSIS
20
22
 
21
23
  # Build a kalign alignment factory
22
 
  $factory = new Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign (@params);
 
24
  $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign->new(@params);
23
25
 
24
26
  # Pass the factory a list of sequences to be aligned.
25
27
  $inputfilename = 't/cysprot.fa';
77
79
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
78
80
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
79
81
 
 
82
=head2 Support 
 
83
 
 
84
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
85
  
 
86
L<bioperl-l@bioperl.org>
 
87
  
 
88
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
89
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
90
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
91
with code and data examples if at all possible.
 
92
 
80
93
=head2 Reporting Bugs
81
94
 
82
95
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
143
156
 
144
157
 Title   : program_dir
145
158
 Usage   : $factory->program_dir(@params)
146
 
 Function: returns the program directory, obtiained from ENV variable.
 
159
 Function: returns the program directory, obtained from ENV variable.
147
160
 Returns:  string
148
161
 Args    :
149
162