← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/bioperl-run/wily-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Run/PiseApplication/gb2xml.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-09-03 11:00:03 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090903110003-11of27rxner5vnl9
Tags: 1.6.1-1
http://bugs.debian.org/541274
* New upstream release.
* debian/patches/10-wrong-path-for-interpreter.patch: removed
  (fixed upstream).
* debian/watch updated (bioperl -> BioPerl).
* debian/rules refreshed with dh-make-perl 0.53.
  - Disabled installation of examples (removed upstream).
  - Removed the correction of file permission of Pise documentation
    (removed upstream).
  - Removed patching facilities (no patches anymore).
  - Disabled tests as I experience failures with t/Eponine.t despite
    this program is not installed.
* debian/copyright:
  - Removed vanity lines about debianization and debian copyright.
  - Incremented years to 2009.
  - Updated to latest experimentation of the machine-readable license summary.
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance on new Policy
    (dropped versionned build-dependancy on Perl).
  - Removed build-dependancy on quilt (no patches anymore).
  - Depend and Build-Depend on bioperl versions superior or equal to 1.6.0.
  - Build-depends on, and Recommdnes libalgorithm-diff-perl, libipc-run-perl,
    libio-string-perl and libxml-twig-perl, that are listed in DEPENDANCIES.
  - Build-depends on libarray-compare-perl and libtree-dagnode-perl
    (otherwise tests fail). 
  - Depend on amap-align instead of amap (Closes: #541274).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/PiseApplication/gb2xml.pm
1
 
# $Id: gb2xml.pm,v 1.6 2006/07/04 22:23:34 mauricio Exp $
2
 
# BioPerl module for Bio::Tools::Run::PiseApplication::gb2xml
3
 
#
4
 
# Cared for by Catherine Letondal <letondal@pasteur.fr>
5
 
#
6
 
# For copyright and disclaimer see below.
7
 
#
8
 
# POD documentation - main docs before the code
9
 
 
10
 
=head1 NAME
11
 
 
12
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication::gb2xml
13
 
 
14
 
=head1 SYNOPSIS
15
 
 
16
 
  #
17
 
 
18
 
=head1 DESCRIPTION
19
 
 
20
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication::gb2xml
21
 
 
22
 
      Bioperl class for:
23
 
 
24
 
        gb2xml  Genbank to XML conversion tool (P. Bouige)
25
 
 
26
 
 
27
 
      Parameters: 
28
 
 
29
 
        (see also:
30
 
          http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/gb2xml.html 
31
 
         for available values):
32
 
 
33
 
 
34
 
                gb2xml (String)
35
 
 
36
 
                query (String)
37
 
                        Accession
38
 
 
39
 
                access (Excl)
40
 
                        Access method
41
 
 
42
 
                file (InFile)
43
 
                        File
44
 
 
45
 
                xmldtdcopy (String)
46
 
 
47
 
=head1 FEEDBACK
48
 
 
49
 
=head2 Mailing Lists
50
 
 
51
 
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
52
 
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
53
 
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
54
 
 
55
 
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
56
 
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
57
 
 
58
 
=head2 Reporting Bugs
59
 
 
60
 
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
61
 
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
62
 
web:
63
 
 
64
 
  http://bugzilla.open-bio.org/
65
 
 
66
 
=head1 AUTHOR
67
 
 
68
 
Catherine Letondal (letondal@pasteur.fr)
69
 
 
70
 
=head1 COPYRIGHT
71
 
 
72
 
Copyright (C) 2003 Institut Pasteur & Catherine Letondal.
73
 
All Rights Reserved.
74
 
 
75
 
This module is free software; you can redistribute it and/or modify
76
 
it under the same terms as Perl itself.
77
 
 
78
 
=head1 DISCLAIMER
79
 
 
80
 
This software is provided "as is" without warranty of any kind.
81
 
 
82
 
=head1 SEE ALSO
83
 
 
84
 
=over
85
 
 
86
 
=item *
87
 
 
88
 
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/gb2xml.html
89
 
 
90
 
=item *
91
 
 
92
 
Bio::Tools::Run::PiseApplication
93
 
 
94
 
=item *
95
 
 
96
 
Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise
97
 
 
98
 
=item *
99
 
 
100
 
Bio::Tools::Run::PiseJob
101
 
 
102
 
=back
103
 
 
104
 
=cut
105
 
 
106
 
#'
107
 
package Bio::Tools::Run::PiseApplication::gb2xml;
108
 
 
109
 
use vars qw(@ISA);
110
 
use strict;
111
 
use Bio::Tools::Run::PiseApplication;
112
 
 
113
 
@ISA = qw(Bio::Tools::Run::PiseApplication);
114
 
 
115
 
=head2 new
116
 
 
117
 
 Title   : new()
118
 
 Usage   : my $gb2xml = Bio::Tools::Run::PiseApplication::gb2xml->new($location, $email, @params);
119
 
 Function: Creates a Bio::Tools::Run::PiseApplication::gb2xml object.
120
 
           This method should not be used directly, but rather by 
121
 
           a Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise instance.
122
 
           my $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise->new();
123
 
           my $gb2xml = $factory->program('gb2xml');
124
 
 Example : -
125
 
 Returns : An instance of Bio::Tools::Run::PiseApplication::gb2xml.
126
 
 
127
 
=cut
128
 
 
129
 
sub new {
130
 
    my ($class, $location, $email, @params) = @_;
131
 
    my $self = $class->SUPER::new($location, $email);
132
 
 
133
 
# -- begin of definitions extracted from /local/gensoft/lib/Pise/5.a/PerlDef/gb2xml.pm
134
 
 
135
 
    $self->{COMMAND}   = "gb2xml";
136
 
    $self->{VERSION}   = "5.a";
137
 
    $self->{TITLE}   = "gb2xml";
138
 
 
139
 
    $self->{DESCRIPTION}   = "Genbank to XML conversion tool";
140
 
 
141
 
    $self->{OPT_EMAIL}   = 0;
142
 
 
143
 
    $self->{AUTHORS}   = "P. Bouige";
144
 
 
145
 
    $self->{_INTERFACE_STANDOUT} = undef;
146
 
    $self->{_STANDOUT_FILE} = undef;
147
 
 
148
 
    $self->{TOP_PARAMETERS}  = [ 
149
 
        "gb2xml",
150
 
        "query",
151
 
        "access",
152
 
        "file",
153
 
        "xmldtdcopy",
154
 
        "dtdfile",
155
 
 
156
 
    ];
157
 
 
158
 
    $self->{PARAMETERS_ORDER}  = [
159
 
        "gb2xml",
160
 
        "query",        # Accession
161
 
        "access",       # Access method
162
 
        "file",         # File
163
 
        "xmldtdcopy",
164
 
        "dtdfile",
165
 
 
166
 
    ];
167
 
 
168
 
    $self->{TYPE}  = {
169
 
        "gb2xml" => 'String',
170
 
        "query" => 'String',
171
 
        "access" => 'Excl',
172
 
        "file" => 'InFile',
173
 
        "xmldtdcopy" => 'String',
174
 
        "dtdfile" => 'Results',
175
 
 
176
 
    };
177
 
 
178
 
    $self->{FORMAT}  = {
179
 
        "gb2xml" => {
180
 
                "seqlab" => 'gb2xml',
181
 
                "perl" => '"gb2xml"',
182
 
        },
183
 
        "query" => {
184
 
                "perl" => '" $value"',
185
 
        },
186
 
        "access" => {
187
 
                "perl" => '" -$value"',
188
 
        },
189
 
        "file" => {
190
 
                "perl" => '" $value"',
191
 
        },
192
 
        "xmldtdcopy" => {
193
 
                "perl" => '"; cp /local/gensoft/lib/pasteur/genbank.dtd ."',
194
 
        },
195
 
        "dtdfile" => {
196
 
        },
197
 
 
198
 
    };
199
 
 
200
 
    $self->{FILENAMES}  = {
201
 
        "dtdfile" => 'genbank.dtd',
202
 
 
203
 
    };
204
 
 
205
 
    $self->{SEQFMT}  = {
206
 
 
207
 
    };
208
 
 
209
 
    $self->{GROUP}  = {
210
 
        "gb2xml" => 0,
211
 
        "query" => 2,
212
 
        "access" => 1,
213
 
        "file" => 2,
214
 
        "xmldtdcopy" => 100,
215
 
 
216
 
    };
217
 
 
218
 
    $self->{BY_GROUP_PARAMETERS}  = [
219
 
        "gb2xml",
220
 
        "dtdfile",
221
 
        "access",
222
 
        "query",
223
 
        "file",
224
 
        "xmldtdcopy",
225
 
 
226
 
    ];
227
 
 
228
 
    $self->{SIZE}  = {
229
 
 
230
 
    };
231
 
 
232
 
    $self->{ISHIDDEN}  = {
233
 
        "gb2xml" => 1,
234
 
        "query" => 0,
235
 
        "access" => 0,
236
 
        "file" => 0,
237
 
        "xmldtdcopy" => 1,
238
 
        "dtdfile" => 0,
239
 
 
240
 
    };
241
 
 
242
 
    $self->{ISCOMMAND}  = {
243
 
        "gb2xml" => 1,
244
 
        "query" => 0,
245
 
        "access" => 0,
246
 
        "file" => 0,
247
 
        "xmldtdcopy" => 0,
248
 
        "dtdfile" => 0,
249
 
 
250
 
    };
251
 
 
252
 
    $self->{ISMANDATORY}  = {
253
 
        "gb2xml" => 0,
254
 
        "query" => 1,
255
 
        "access" => 0,
256
 
        "file" => 1,
257
 
        "xmldtdcopy" => 0,
258
 
        "dtdfile" => 0,
259
 
 
260
 
    };
261
 
 
262
 
    $self->{PROMPT}  = {
263
 
        "gb2xml" => "",
264
 
        "query" => "Accession",
265
 
        "access" => "Access method",
266
 
        "file" => "File",
267
 
        "xmldtdcopy" => "",
268
 
        "dtdfile" => "",
269
 
 
270
 
    };
271
 
 
272
 
    $self->{ISSTANDOUT}  = {
273
 
        "gb2xml" => 0,
274
 
        "query" => 0,
275
 
        "access" => 0,
276
 
        "file" => 0,
277
 
        "xmldtdcopy" => 0,
278
 
        "dtdfile" => 0,
279
 
 
280
 
    };
281
 
 
282
 
    $self->{VLIST}  = {
283
 
 
284
 
        "access" => ['e','fetch','g','SRS','f','file',],
285
 
    };
286
 
 
287
 
    $self->{FLIST}  = {
288
 
 
289
 
    };
290
 
 
291
 
    $self->{SEPARATOR}  = {
292
 
 
293
 
    };
294
 
 
295
 
    $self->{VDEF}  = {
296
 
        "access" => 'e',
297
 
 
298
 
    };
299
 
 
300
 
    $self->{PRECOND}  = {
301
 
        "gb2xml" => { "perl" => '1' },
302
 
        "query" => {
303
 
                "perl" => '$access ne "f"',
304
 
        },
305
 
        "access" => { "perl" => '1' },
306
 
        "file" => {
307
 
                "perl" => '$access eq "f"',
308
 
        },
309
 
        "xmldtdcopy" => { "perl" => '1' },
310
 
        "dtdfile" => { "perl" => '1' },
311
 
 
312
 
    };
313
 
 
314
 
    $self->{CTRL}  = {
315
 
 
316
 
    };
317
 
 
318
 
    $self->{PIPEOUT}  = {
319
 
 
320
 
    };
321
 
 
322
 
    $self->{WITHPIPEOUT}  = {
323
 
 
324
 
    };
325
 
 
326
 
    $self->{PIPEIN}  = {
327
 
 
328
 
    };
329
 
 
330
 
    $self->{WITHPIPEIN}  = {
331
 
 
332
 
    };
333
 
 
334
 
    $self->{ISCLEAN}  = {
335
 
        "gb2xml" => 0,
336
 
        "query" => 0,
337
 
        "access" => 0,
338
 
        "file" => 0,
339
 
        "xmldtdcopy" => 0,
340
 
        "dtdfile" => 0,
341
 
 
342
 
    };
343
 
 
344
 
    $self->{ISSIMPLE}  = {
345
 
        "gb2xml" => 1,
346
 
        "query" => 1,
347
 
        "access" => 0,
348
 
        "file" => 0,
349
 
        "xmldtdcopy" => 0,
350
 
        "dtdfile" => 0,
351
 
 
352
 
    };
353
 
 
354
 
    $self->{PARAMFILE}  = {
355
 
 
356
 
    };
357
 
 
358
 
    $self->{COMMENT}  = {
359
 
 
360
 
    };
361
 
 
362
 
    $self->{SCALEMIN}  = {
363
 
 
364
 
    };
365
 
 
366
 
    $self->{SCALEMAX}  = {
367
 
 
368
 
    };
369
 
 
370
 
    $self->{SCALEINC}  = {
371
 
 
372
 
    };
373
 
 
374
 
    $self->{INFO}  = {
375
 
 
376
 
    };
377
 
 
378
 
# -- end of definitions extracted from /local/gensoft/lib/Pise/5.a/PerlDef/gb2xml.pm
379
 
 
380
 
 
381
 
 
382
 
    $self->_init_params(@params);
383
 
 
384
 
    return $self;
385
 
}
386
 
 
387
 
 
388
 
 
389
 
1; # Needed to keep compiler happy
390