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Viewing changes to algo/blast/core/blast_gapalign_priv.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

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Lines of Context:
algo/blast/core/blast_gapalign_priv.h
1
 
#ifndef ALGO_BLAST_CORE___BLAST_GAPALIGN_PRI__H
2
 
#define ALGO_BLAST_CORE___BLAST_GAPALIGN_PRI__H
3
 
 
4
 
/*  $Id: blast_gapalign_priv.h,v 1.17 2006/08/22 19:26:20 papadopo Exp $
 
1
/*  $Id: blast_gapalign_priv.h,v 1.20 2006/12/04 21:17:24 papadopo Exp $
5
2
 * ===========================================================================
6
3
 *
7
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
34
31
 *  Private interface for blast_gapalign.c
35
32
 */
36
33
 
 
34
#ifndef ALGO_BLAST_CORE___BLAST_GAPALIGN_PRIV__H
 
35
#define ALGO_BLAST_CORE___BLAST_GAPALIGN_PRIV__H
 
36
 
 
37
#include <algo/blast/core/ncbi_std.h>
 
38
#include <algo/blast/core/gapinfo.h>
 
39
#include <algo/blast/core/blast_gapalign.h>
 
40
#include <algo/blast/core/blast_stat.h>
 
41
#include <algo/blast/core/blast_parameters.h>
37
42
 
38
43
#ifdef __cplusplus
39
44
extern "C" {
54
59
 * @param query_offset The starting offset in query [in]
55
60
 * @param reversed Has the sequence been reversed? Used for psi-blast [in]
56
61
 * @param reverse_sequence Do reverse the sequence [in]
 
62
 * @param hit_fence If NULL, set to TRUE if the extension encountered
 
63
 *                  sequence letters that indicate finding a region
 
64
 *                  of B that is uninitialized [out]
57
65
 * @return The best alignment score found.
58
66
*/
59
67
Int4
61
69
        Int4* b_offset, GapPrelimEditBlock *edit_block, 
62
70
        BlastGapAlignStruct* gap_align, 
63
71
        const BlastScoringParameters* scoringParams, Int4 query_offset,
64
 
        Boolean reversed, Boolean reverse_sequence);
 
72
        Boolean reversed, Boolean reverse_sequence,
 
73
        Boolean * hit_fence);
65
74
 
66
75
/** Low level function to perform gapped extension in one direction with 
67
76
 * or without traceback.
79
88
 * @param query_offset The starting offset in query [in]
80
89
 * @param reversed Has the sequence been reversed? Used for psi-blast [in]
81
90
 * @param reverse_sequence Do reverse the sequence [in]
 
91
 * @param fence_hit If NULL, set to TRUE if the extension encountered
 
92
 *                  sequence letters that indicate finding a region
 
93
 *                  of B that is uninitialized [out]
82
94
 * @return The best alignment score found.
83
95
 */
84
96
Int4 
86
98
                  Int4* a_offset, Int4* b_offset, Boolean score_only, 
87
99
                  GapPrelimEditBlock *edit_block, BlastGapAlignStruct* gap_align, 
88
100
                  const BlastScoringParameters* score_params, 
89
 
                  Int4 query_offset, Boolean reversed, Boolean reverse_sequence);
 
101
                  Int4 query_offset, Boolean reversed, Boolean reverse_sequence,
 
102
                  Boolean * fence_hit);
90
103
 
91
104
/** Convert the initial list of traceback actions from a non-OOF
92
105
 *  gapped alignment into a blast edit script. Note that this routine
153
166
 * ===========================================================================
154
167
 *
155
168
 * $Log: blast_gapalign_priv.h,v $
 
169
 * Revision 1.20  2006/12/04 21:17:24  papadopo
 
170
 * doxygen fixes
 
171
 *
 
172
 * Revision 1.19  2006/11/29 17:25:50  bealer
 
173
 * - HSP range support.
 
174
 *
 
175
 * Revision 1.18  2006/11/21 17:02:11  papadopo
 
176
 * rearrange headers
 
177
 *
156
178
 * Revision 1.17  2006/08/22 19:26:20  papadopo
157
179
 * change order of macro parameters
158
180
 *
209
231
 * ===========================================================================
210
232
 */
211
233
 
212
 
#endif /* !ALGO_BLAST_CORE__BLAST_GAPALIGN_PRI__H */
 
234
#endif /* !ALGO_BLAST_CORE__BLAST_GAPALIGN_PRIV__H */