← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/experimental/ncbi-tools6/experimental

« back to all changes in this revision

Viewing changes to make/makedemo.unx

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
make/makedemo.unx
1
1
#       -*- makefile -*- for demo programs
2
2
#
3
 
#       $Id: makedemo.unx,v 6.85 2005/10/19 20:45:14 ucko Exp $
 
3
#       $Id: makedemo.unx,v 6.88 2008/01/25 19:56:25 ucko Exp $
4
4
#
5
5
#       Sun with unbundled ANSI compiler [ make CC=acc ]
6
6
#       Sun with Gnu C [ make CC=gcc ]
95
95
 
96
96
EXE1 = testcore makeset \
97
97
    getmesh indexpub getpub testobj seqtest \
98
 
        dosimple asn2ff getseq getfeat checksub asndhuff \
 
98
        dosimple asn2ff checksub asndhuff \
99
99
        entrcmd errhdr cdscan findspl \
100
100
        ncbisort fa2htgs fastacmd formatdb formatrpsdb blast \
101
101
        blastall .WAIT blastall_old blastpgp testval seedtop \
106
106
 
107
107
SRC1 = testcore.c makeset.c \
108
108
    getmesh.c indexpub.c getpub.c testobj.c seqtest.c dosimple.c asn2ff.c \
109
 
    getseq.c getfeat.c checksub.c asndhuff.c \
 
109
    checksub.c asndhuff.c \
110
110
    entrcmd.c errhdr.c cdscan.c findspl.c \
111
111
    ncbisort.c fa2htgs.c fastacmd.c formatdb.c formatrpsdb.c \
112
112
    blast_driver.c blastall.c blastpgp.c testval.c seedtop.c \
150
150
## get all the source files
151
151
##
152
152
 
 
153
$(SRC1) : copy
 
154
 
153
155
copy :
154
156
        $(SRCCOPY) ../demo/*.* .
155
157
        $(SRCCOPY) ../regexp/test/*.* .
169
171
# getmesh
170
172
 
171
173
getmesh : getmesh.c
172
 
        $(CC) -o getmesh $(LDFLAGS) getmesh.c $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
174
        $(CC) -o getmesh $(LDFLAGS) getmesh.c $(LIB1)
173
175
 
174
176
# indexpub
175
177
 
176
178
indexpub : indexpub.c
177
 
        $(CC) -o indexpub $(LDFLAGS) indexpub.c $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
179
        $(CC) -o indexpub $(LDFLAGS) indexpub.c $(LIB1)
178
180
 
179
181
# makeset
180
182
 
181
183
makeset : makeset.c
182
 
        $(CC) -o makeset $(LDFLAGS) makeset.c $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
184
        $(CC) -o makeset $(LDFLAGS) makeset.c $(LIB1)
183
185
 
184
186
# getpub
185
187
 
186
188
getpub : getpub.c
187
 
        $(CC) -o getpub $(LDFLAGS) getpub.c $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
189
        $(CC) -o getpub $(LDFLAGS) getpub.c $(LIB1)
188
190
 
189
191
# testobj
190
192
 
205
207
# checksub
206
208
 
207
209
checksub : checksub.c
208
 
        $(CC) -o checksub $(LDFLAGS) checksub.c $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
210
        $(CC) -o checksub $(LDFLAGS) checksub.c $(LIB2) $(LIB1)
209
211
 
210
212
# asn2ff
211
213
 
212
214
asn2ff : asn2ff.c
213
 
        $(CC) -o asn2ff $(LDFLAGS) asn2ff.c $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
215
        $(CC) -o asn2ff $(LDFLAGS) asn2ff.c $(LIB2) $(LIB1)
214
216
 
215
217
# fa2htgs
216
218
 
217
219
fa2htgs : fa2htgs.c
218
 
        $(CC) -o fa2htgs $(LDFLAGS) fa2htgs.c $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
219
 
 
220
 
# getseq
221
 
 
222
 
getseq : getseq.c
223
 
        $(CC) -o getseq $(LDFLAGS) getseq.c $(LIB4) $(ENTREZLIBS) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
220
        $(CC) -o fa2htgs $(LDFLAGS) fa2htgs.c $(LIB2) $(LIB1)
224
221
 
225
222
# cdscan
226
223
 
230
227
# findspl
231
228
 
232
229
findspl : findspl.c
233
 
        $(CC) -o findspl $(LDFLAGS) findspl.c $(ENTREZLIBS) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
234
 
 
235
 
# getfeat
236
 
 
237
 
getfeat : getfeat.c
238
 
        $(CC) -o getfeat $(LDFLAGS) getfeat.c $(LIB4) $(ENTREZLIBS) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
230
        $(CC) -o findspl $(LDFLAGS) findspl.c $(LIB5) $(LIB2) $(LIB1)
239
231
 
240
232
# errhdr
241
233
 
242
234
errhdr : errhdr.c
243
 
        $(CC) -o errhdr $(LDFLAGS) errhdr.c $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
235
        $(CC) -o errhdr $(LDFLAGS) errhdr.c $(LIB1)
244
236
 
245
237
 
246
238
 
247
239
# asndhuff
248
240
 
249
241
asndhuff : asndhuff.c
250
 
        $(CC) -o asndhuff $(LDFLAGS) asndhuff.c $(LIB4) $(ENTREZLIBS) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
 
242
        $(CC) -o asndhuff $(LDFLAGS) asndhuff.c $(LIB3) $(LIB2) $(LIB1)
251
243
 
252
244
# entrcmd
253
245
 
268
260
# fastacmd
269
261
 
270
262
fastacmd : fastacmd.c
271
 
        $(CC) -o fastacmd $(LDFLAGS) fastacmd.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
272
 
                $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
263
        $(CC) -o fastacmd $(LDFLAGS) fastacmd.c $(LIB23) $(LIB1)
273
264
 
274
265
# formatdb
275
266
 
276
267
formatdb : formatdb.c
277
 
        $(CC) -o formatdb $(LDFLAGS) formatdb.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
278
 
                $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
268
        $(CC) -o formatdb $(LDFLAGS) formatdb.c $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1)
279
269
 
280
270
# formatrpsdb
281
271
 
282
272
formatrpsdb : formatrpsdb.c
283
 
        $(CC) -o formatrpsdb $(LDFLAGS) formatrpsdb.c $(LIB61) $(LIB23) \
284
 
                $(LIBCOMPADJ) $(LIB60) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
273
        $(CC) -o formatrpsdb $(LDFLAGS) formatrpsdb.c $(LIB23) \
 
274
                $(LIB60) $(LIB2) $(LIB1)
285
275
 
286
276
# blast (reincarnation of blastall from algo/blast sources)
287
277
 
288
278
blast : blast_driver.c
289
279
        $(CC) -o blast $(LDFLAGS) blast_driver.c $(THREAD_OBJ) $(LIB61) \
290
 
                $(LIB60) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) \
291
 
                $(THREAD_OTHERLIBS)
 
280
                $(LIB60) $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
292
281
 
293
282
debruijn : debruijn.c
294
 
        $(CC) -o debruijn $(LDFLAGS) debruijn.c $(LIB60) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
283
        $(CC) -o debruijn $(LDFLAGS) debruijn.c $(LIB60) $(LIB1)
295
284
# blastall
296
285
 
297
286
blastall : blastall.c $(THREAD_OBJ)
298
287
        $(CC) -o blastall $(LDFLAGS) blastall.c $(THREAD_OBJ) $(LIB61) \
299
 
                $(LIB60) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) \
300
 
                $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
288
                $(LIB60) $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
301
289
 
302
290
# blastall_old  (version of blastall that does not link in new algo/blast libs).
303
291
 
304
292
blastall_old : blastall.c $(THREAD_OBJ)
305
293
        $(CC) -o blastall_old $(LDFLAGS) -DBLASTALL_TOOLS_ONLY blastall.c \
306
 
                $(THREAD_OBJ) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) \
307
 
                $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
294
                $(THREAD_OBJ) $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
308
295
 
309
296
# blastpgp
310
297
 
311
298
blastpgp : blastpgp.c $(THREAD_OBJ)
312
299
        $(CC) -o blastpgp $(LDFLAGS) blastpgp.c $(THREAD_OBJ) $(LIB23) \
313
 
                $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
300
                $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
314
301
 
315
302
# seedtop
316
303
 
317
304
seedtop : seedtop.c $(THREAD_OBJ)
318
305
        $(CC) -o seedtop $(LDFLAGS) seedtop.c $(THREAD_OBJ) $(LIB23) \
319
 
                $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
306
                $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
320
307
 
321
308
# makemat
322
309
 
323
310
makemat : makemat.c $(THREAD_OBJ)
324
311
        $(CC) -o makemat $(LDFLAGS) makemat.c $(THREAD_OBJ) $(LIB23) \
325
 
                $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
312
                $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
326
313
 
327
314
# copymat
328
315
 
329
316
copymat : copymat.c $(THREAD_OBJ)
330
317
        $(CC) -o copymat $(LDFLAGS) copymat.c $(THREAD_OBJ) $(LIB60) $(LIB23) \
331
 
                $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
318
                $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
332
319
 
333
320
# impala
334
321
 
335
322
impala : profiles.c $(THREAD_OBJ)
336
323
        $(CC) -o impala $(LDFLAGS) profiles.c $(THREAD_OBJ) $(LIB23) \
337
 
                $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
324
                $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
338
325
 
339
326
# testgen
340
327
 
355
342
 
356
343
megablast : megablast.c $(THREAD_OBJ)
357
344
        $(CC) -o megablast $(LDFLAGS) megablast.c $(THREAD_OBJ) $(LIB61) \
358
 
                $(LIB60) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) \
359
 
                $(THREAD_OTHERLIBS)
 
345
                $(LIB60) $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
360
346
 
361
347
# vecscreen
362
348
 
363
349
vecscreen : vecscreen.c $(THREAD_OBJ)
364
350
        $(CC) -o vecscreen $(LDFLAGS) vecscreen.c $(THREAD_OBJ) $(LIB23) \
365
 
                $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
351
                $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
366
352
 
367
353
# gil2bin
368
354
 
369
355
gil2bin : gil2bin.c 
370
 
        $(CC) -o gil2bin $(LDFLAGS) gil2bin.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
371
 
                $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) 
 
356
        $(CC) -o gil2bin $(LDFLAGS) gil2bin.c $(LIB23) $(LIB1)
372
357
 
373
358
# asn2idx
374
359
 
375
360
asn2idx : asn2idx.c 
376
 
        $(CC) -o asn2idx $(LDFLAGS) asn2idx.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) \
377
 
                $(LIB1) $(OTHERLIBS) 
 
361
        $(CC) -o asn2idx $(LDFLAGS) asn2idx.c $(LIB2) $(LIB1)
378
362
 
379
363
# sortbyquote
380
364
 
381
365
sortbyquote : sortbyquote.c 
382
 
        $(CC) -o sortbyquote $(LDFLAGS) sortbyquote.c $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) 
 
366
        $(CC) -o sortbyquote $(LDFLAGS) sortbyquote.c $(LIB1)
383
367
 
384
368
# blastclust
385
369
 
386
370
blastclust : blastclust.c $(THREAD_OBJ)
387
371
        $(CC) -o blastclust $(LDFLAGS) blastclust.c $(THREAD_OBJ) $(LIB23) \
388
 
                $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
 
372
                $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
389
373
 
390
374
# rpsblast
391
375
 
392
376
rpsblast : rpsblast.c $(THREAD_OBJ)
393
377
        $(CC) -o rpsblast $(LDFLAGS) rpsblast.c $(THREAD_OBJ) $(LIB61) \
394
 
                $(LIB60) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS) \
395
 
                $(THREAD_OTHERLIBS)
 
378
                $(LIB60) $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
396
379
 
397
380
 
398
381
# asn2xml
399
382
 
400
383
asn2xml : asn2xml.c $(THREAD_OBJ)
401
 
        $(CC) -o asn2xml $(LDFLAGS) asn2xml.c $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
384
        $(CC) -o asn2xml $(LDFLAGS) asn2xml.c $(LIB2) $(LIB1)
402
385
 
403
386
# regexp demos
404
387