1
1
# -*- makefile -*- for network demo programs and network entrez
3
# $Id: makenet.unx,v 6.216 2006/05/03 03:37:42 kans Exp $
3
# $Id: makenet.unx,v 6.224 2008/01/25 19:56:25 ucko Exp $
6
6
# Sun with unbundled ANSI compiler [ make CC=acc RAN=ranlib ]
389
392
vibutilities : $(EXEUTILVIB)
391
.NO_PARALLEL: copy nocopy Tentrez sequin Psequin sbtedit Ssequin elecpcr asn2fast asn2asn cleanasn Nbatch Nbatch3 Nentrcmd seqget idfetch test_ncbi_socket test_ncbi_dsock debug_server rtestval rasn2ff asn2gb asn2gb_psf asn2fsa asn2fsa_psf tbl2asn tbl2asn_psf asn2all gene2xml asnval asnval_psf flint gbseqget insdseqget trna2sap trna2tbl testent2 entrez2 spidey dotmatrix ingenue condense bl2seq
394
.NO_PARALLEL: copy nocopy Tentrez sequin Psequin sbtedit Ssequin elecpcr asn2fast asn2asn cleanasn cspeedtest Nbatch Nbatch3 Nentrcmd seqget idfetch test_ncbi_socket test_ncbi_dsock debug_server rtestval rasn2ff asn2gb asn2gb_psf asn2fsa asn2fsa_psf tbl2asn tbl2asn_psf raw2delt asn2all gene2xml asnval asnval_psf asndisc asndisc_psf asnmacro asnstrip flint gbseqget insdseqget trna2sap trna2tbl testent2 entrez2 spidey dotmatrix ingenue condense bl2seq
394
397
echo Waiting...go
511
516
$(SRCCOPY) ../cdromlib/accutils.c .
512
517
-$(SRCCOPY) ../sequin/*.* .
513
518
$(SRCCOPY) ../demo/entrez.c .
514
$(SRCCOPY) ../demo/netentcf.c .
515
519
$(SRCCOPY) ../demo/seqget.c .
516
520
$(SRCCOPY) ../demo/entrcmd.c .
517
521
$(SRCCOPY) ../demo/batch.c .
520
524
$(SRCCOPY) ../demo/asn2fast.c .
521
525
$(SRCCOPY) ../demo/asn2asn.c .
522
526
$(SRCCOPY) ../demo/cleanasn.c .
527
$(SRCCOPY) ../demo/cspeedtest.c .
523
528
$(SRCCOPY) ../demo/fetchent.c .
524
529
$(SRCCOPY) ../demo/udvmain.c .
525
530
$(SRCCOPY) ../demo/rtestval.c .
529
534
$(SRCCOPY) ../demo/asn2all.c .
530
535
$(SRCCOPY) ../demo/gene2xml.c .
531
536
$(SRCCOPY) ../demo/asnval.c .
537
$(SRCCOPY) ../demo/asndisc.c .
538
$(SRCCOPY) ../demo/asnmacro.c .
539
$(SRCCOPY) ../demo/asnstrip.c .
532
540
$(SRCCOPY) ../demo/tbl2asn.c .
541
$(SRCCOPY) ../demo/raw2delt.c .
533
542
$(SRCCOPY) ../demo/flint.c .
534
543
$(SRCCOPY) ../demo/gbseqget.c .
535
544
$(SRCCOPY) ../demo/insdseqget.c .
910
netentcf : netentcf.c $(ULIB31)
911
$(CC) -o netentcf $(LDFLAGS) netentcf.c $(LIB31) $(LIB22) $(LIB4) \
912
$(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB3) $(LIB8) $(LIB7) $(NETCLILIB) \
913
$(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
915
921
Cn3D : $(OBJCN3D) $(BENTREZLIBS) netentcf $(BLIB36)
916
$(CC) -o Cn3D $(LDFLAGS) $(OBJCN3D) $(LIB31) $(LIB3000) $(LIB20) $(LIB45) \
917
$(LIB22) $(LIB41) $(LIB23) $(LIB8) $(LIB7) $(NETCLILIB) \
918
$(LIB400) $(LIB3) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS) \
922
$(CC) -o Cn3D $(LDFLAGS) $(OBJCN3D) $(LIB31) $(LIB3000) $(LIB20) \
923
$(LIB45) $(LIB22) $(LIB8) $(LIB7) \
924
$(LIB400) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OGLLIBS)
922
$(CC) -o ddv $(LDFLAGS) $(OBJDDV) $(LIB41) $(LIB31) $(LIB20) $(LIB61) $(LIB60) $(LIB22) $(LIB45) \
923
$(LIB8) $(LIB7) $(NETCLILIB) $(LIB3) $(LIB4) $(LIB23) \
924
$(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) \
925
$(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
927
$(CC) -o ddv $(LDFLAGS) $(OBJDDV) $(LIB31) $(LIB20) $(LIB45) \
928
$(LIB8) $(LIB7) $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS)
928
$(CC) -o udv $(LDFLAGS) $(OBJUDV) $(LIB41) $(LIB31) $(LIB20) $(LIB61) $(LIB60) $(LIB22) $(LIB45) \
929
$(LIB8) $(LIB7) $(NETCLILIB) $(LIB3) $(LIB4) \
930
$(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) \
931
$(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
931
$(CC) -o udv $(LDFLAGS) $(OBJUDV) $(LIB31) $(LIB20) \
932
$(LIB8) $(LIB7) $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS)
933
Nentrez : entrez.c $(ULIB31) netentcf
934
Nentrez : entrez.c $(ULIB31)
934
935
$(CC) -o Nentrez $(LDFLAGS) entrez.c $(LIB41) $(LIB31) $(LIB30) $(LIB20) $(LIB61) $(LIB60) $(LIB22) $(LIB45) \
935
936
$(LIB36) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB8) $(LIB7) $(NETCLILIB) $(LIB5) $(LIB4) $(LIB3) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
937
938
# left this in (Tentrez) for script backwards compatibility
938
Tentrez : entrez.c $(ULIB31) netentcf
939
Tentrez : entrez.c $(ULIB31)
939
940
$(CC) -o Tentrez $(LDFLAGS) entrez.c $(LIB41) $(LIB31) $(LIB30) $(LIB20) $(LIB61) $(LIB60) $(LIB22) $(LIB45) \
940
941
$(LIB36) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB8) $(LIB7) $(NETCLILIB) $(LIB5) $(LIB4) $(LIB3) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
969
970
# asn2gb program (asn2gb)
970
971
asn2gb : asn2gb.c
971
$(CC) -g -o asn2gb $(LDFLAGS) asn2gb.c $(LIB41) $(NETCLILIB) \
972
$(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
972
$(CC) -g -o asn2gb $(LDFLAGS) asn2gb.c $(LIB2) $(LIB1)
974
974
# asn2gb_psf, uses PUBSEQBioseqFetchEnable instead of PubSeqFetchEnable
975
975
# should be used only internally within NCBI.
981
981
# asn2fsa program (asn2fsa)
982
982
asn2fsa : asn2fsa.c
983
$(CC) -g -o asn2fsa $(LDFLAGS) asn2fsa.c $(THREAD_OBJ) $(LIB41) \
984
$(NETCLILIB) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) \
985
$(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
983
$(CC) -g -o asn2fsa $(LDFLAGS) asn2fsa.c $(THREAD_OBJ) \
984
$(LIB23) $(LIB2) $(LIB1) $(THREAD_OTHERLIBS)
987
986
# asn2fsa_psf, uses PUBSEQBioseqFetchEnable instead of PubSeqFetchEnable
988
987
# should be used only internally within NCBI.
994
993
# asn2all program (asn2all)
995
994
asn2all : asn2all.c
996
$(CC) -g -o asn2all $(LDFLAGS) asn2all.c $(THREAD_OBJ) $(LIB41) \
997
$(NETCLILIB) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) \
998
$(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
995
$(CC) -g -o asn2all $(LDFLAGS) asn2all.c $(THREAD_OBJ) $(LIB2) $(LIB1) \
1001
999
tbl2asn : tbl2asn.c
1002
$(CC) -o tbl2asn $(LDFLAGS) tbl2asn.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1003
$(LIB2) $(NETCLILIB) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1000
$(CC) -o tbl2asn $(LDFLAGS) tbl2asn.c $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1)
1005
1002
# tbl2asn_psf, uses PUBSEQBioseqFetchEnable instead of PubSeqFetchEnable
1006
1003
# should be used only internally within NCBI.
1009
1006
$(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(NCBI_SYBLIBS_CT_r) \
1010
1007
$(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
1010
raw2delt : raw2delt.c
1011
$(CC) -o raw2delt $(LDFLAGS) raw2delt.c $(LIB22) $(LIBCOMPADJ) \
1012
$(LIB2) $(NETCLILIB) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1012
1014
# gene2xml program (gene2xml)
1013
1015
gene2xml : gene2xml.c
1014
$(CC) -g -o gene2xml $(LDFLAGS) gene2xml.c $(NETCLILIB) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1016
$(CC) -g -o gene2xml $(LDFLAGS) gene2xml.c $(LIB2) $(LIB1)
1016
1018
# asnval program (asnval)
1017
1019
asnval : asnval.c
1018
$(CC) -g -o asnval $(LDFLAGS) asnval.c $(THREAD_OBJ) $(LIB41) \
1019
$(NETCLILIB) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) \
1020
$(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
1020
$(CC) -g -o asnval $(LDFLAGS) asnval.c $(THREAD_OBJ) $(LIB2) $(LIB1) \
1022
1023
# asnval_psf, uses PUBSEQBioseqFetchEnable instead of PubSeqFetchEnable
1023
1024
# should be used only internally within NCBI.
1033
1034
$(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(NCBI_SYBLIBS_CT_r) \
1034
1035
$(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
1037
# asndisc program (asndisc)
1039
$(CC) -g -o asndisc $(LDFLAGS) asndisc.c $(THREAD_OBJ) $(LIB41) \
1040
$(NETCLILIB) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) \
1041
$(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
1043
# asndisc_psf, uses PUBSEQBioseqFetchEnable instead of PubSeqFetchEnable
1044
# should be used only internally within NCBI.
1045
asndisc_psf : asndisc.c
1046
$(CC) -DINTERNAL_NCBI_ASNDISC -g -o asndisc_psf $(LDFLAGS) asndisc.c $(THREAD_OBJ) $(LIB_PS) \
1047
$(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(NCBI_SYBLIBS_CT_r) \
1048
$(OTHERLIBS) $(THREAD_OTHERLIBS)
1051
asnmacro : asnmacro.c
1052
$(CC) -o asnmacro $(LDFLAGS) asnmacro.c $(LIB61) $(LIB60) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1053
$(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1055
# asnstrip program (asnstrip)
1056
asnstrip : asnstrip.c
1057
$(CC) -o asnstrip $(LDFLAGS) asnstrip.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1058
$(LIB2) $(NETCLILIB) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1036
1060
# flint program (flint)
1037
1061
flint : flint.c
1038
1062
$(CC) -g -o flint $(LDFLAGS) flint.c $(LIB41) $(NETCLILIB) \
1041
1065
# gbseqget program (gbseqget)
1042
1066
gbseqget : gbseqget.c
1043
$(CC) -g -o gbseqget $(LDFLAGS) gbseqget.c $(LIB41) $(NETCLILIB) \
1044
$(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1067
$(CC) -g -o gbseqget $(LDFLAGS) gbseqget.c $(LIB2) $(LIB1)
1046
1069
# insdseqget program (insdseqget)
1047
1070
insdseqget : insdseqget.c
1048
$(CC) -g -o insdseqget $(LDFLAGS) insdseqget.c $(LIB41) $(NETCLILIB) \
1049
$(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1071
$(CC) -g -o insdseqget $(LDFLAGS) insdseqget.c $(LIB2) $(LIB1)
1051
1073
# nps2gps program (nps2gps)
1052
1074
nps2gps : nps2gps.c
1053
$(CC) -g -o nps2gps $(LDFLAGS) nps2gps.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1054
$(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1075
$(CC) -g -o nps2gps $(LDFLAGS) nps2gps.c $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1)
1056
1077
# trna2sap program (trna2sap)
1057
1078
trna2sap : trna2sap.c
1058
$(CC) -g -o trna2sap $(LDFLAGS) trna2sap.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1059
$(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1079
$(CC) -g -o trna2sap $(LDFLAGS) trna2sap.c $(LIB2) $(LIB1)
1061
1081
# trna2tbl program (trna2tbl)
1062
1082
trna2tbl : trna2tbl.c
1063
$(CC) -g -o trna2tbl $(LDFLAGS) trna2tbl.c $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1064
$(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1083
$(CC) -g -o trna2tbl $(LDFLAGS) trna2tbl.c
1066
1085
# Entrez2 service test program (testent2)
1067
1086
testent2 : testent2.c
1072
1091
# network Entrez2 application (entrez2)
1073
1092
entrez2 : entrez2.c
1074
$(CC) -g -o entrez2 $(LDFLAGS) entrez2.c $(LIB41) $(LIB6) $(LIB20) \
1075
$(LIB61) $(LIB60) $(LIB22) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1076
$(LIB2) $(LIB4) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
1093
$(CC) -g -o entrez2 $(LDFLAGS) entrez2.c $(LIB20) \
1094
$(LIB2) $(LIB4) $(LIB1) $(VIBLIBS)
1077
1095
$(VIB_POST_LINK) entrez2
1079
1097
# demo program (spidey)
1080
1098
spidey : spideymain.c
1081
1099
$(CC) -o spidey $(LDFLAGS) spideymain.c $(LIB41) $(LIB23) \
1082
$(LIBCOMPADJ) $(LIB6) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1084
1102
# demo program dotmatrix
1085
1103
dotmatrix : dotmain.c
1107
1125
# demo program (asn2asn)
1109
1127
asn2asn : asn2asn.c
1110
$(CC) -o asn2asn $(LDFLAGS) asn2asn.c $(LIB41) $(LIB6) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1128
$(CC) -o asn2asn $(LDFLAGS) asn2asn.c $(LIB2) $(LIB1)
1112
1130
# demo program (cleanasn)
1114
1132
cleanasn : cleanasn.c
1115
$(CC) -o cleanasn $(LDFLAGS) cleanasn.c $(LIB41) $(LIB23) $(LIB6) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1133
$(CC) -o cleanasn $(LDFLAGS) cleanasn.c $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1)
1135
# demo program (cspeedtest)
1137
cspeedtest : cspeedtest.c
1138
$(CC) -o cspeedtest $(LDFLAGS) cspeedtest.c $(LIB41) $(LIB23) $(LIB6) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1117
1140
# demo program (fetchent)
1129
1152
$(CC) -g -o id0test $(LDFLAGS) id0test.c $(LIB13) $(NETCLILIB) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1131
1154
idfetch: idfetch.c $(BNETCLILIB) $(BLIB41)
1132
$(CC) -g -o idfetch $(LDFLAGS) idfetch.c $(LIB41) $(NETCLILIB) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1155
$(CC) -g -o idfetch $(LDFLAGS) idfetch.c $(LIB41) $(LIB2) $(LIB1)
1134
1157
# gapped BLAST client
1135
1158
# blastcl3 now has the same source code as blastall but should be compiled
1136
1159
# with -DBLAST_CS_API flag
1137
1160
blastcl3: blastall.c $(BNETCLILIB) $(BLIB36)
1138
1161
$(CC) -g -o blastcl3 $(LDFLAGS) -DBLAST_CS_API blastall.c \
1139
$(LIB61) $(LIB60) $(LIB36) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1140
$(NETCLILIB) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1162
$(LIB61) $(LIB60) $(LIB36) $(LIB23) $(LIB2) $(LIB1)
1142
1164
# BLAST 2 sequences
1143
1165
# Uses network libraries to access Entrez for retrieving sequences by gi/accession
1144
1166
bl2seq : bl2seq.c
1145
1167
$(CC) -o bl2seq $(LDFLAGS) bl2seq.c $(LIB61) $(LIB60) $(LIB23) \
1146
$(LIBCOMPADJ) $(LIB41) $(NETCLILIB) $(LIB2) $(LIB1) \
1168
$(LIB41) $(LIB2) $(LIB1)
1149
1170
# test client for the suggest network service
1150
1171
suggcli: suggcli.c $(BNETCLILIB) $(BLIB24)
1325
1346
$(BLIB11) $(BLIB8) $(BLIB7) $(NETCLIBLIB) $(BLIB5) $(BLIB4) $(BLIB3) \
1326
1347
$(BLIB2) $(BLIB1) $(ULIB31)
1327
1348
$(CC) -o Psequin -I. $(LDFLAGS) -UINTERNAL_NCBI_SEQUIN $(SRCSEQUIN) \
1328
$(LIB30) $(LIB45) $(LIB31) $(LIB20) $(LIB61) $(LIB60) $(LIB22) \
1329
$(LIB40) $(LIB41) $(LIB36) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB11) \
1330
$(ENTREZLIBS) $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
1349
$(LIB31) $(LIB20) $(LIB61) $(LIB36) $(LIB23) $(LIB11) \
1350
$(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS)
1331
1351
$(VIB_POST_LINK) Psequin
1333
1353
# 'sbtedit' Submission Template Editor
1337
1357
$(BLIB11) $(BLIB8) $(BLIB7) $(NETCLIBLIB) $(BLIB5) $(BLIB4) $(BLIB3) \
1338
1358
$(BLIB2) $(BLIB1) $(ULIB31)
1339
1359
$(CC) -o sbtedit -I. $(LDFLAGS) -UINTERNAL_NCBI_SEQUIN $(SRCSBTEDIT) \
1340
$(LIB30) $(LIB45) $(LIB31) $(LIB20) $(LIB61) $(LIB60) $(LIB22) \
1341
$(LIB40) $(LIB41) $(LIB36) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB11) \
1342
$(ENTREZLIBS) $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS) $(OTHERLIBS)
1360
$(LIB20) $(LIB23) $(LIB4) $(LIB2) $(LIB1) $(VIBLIBS)
1343
1361
$(VIB_POST_LINK) sbtedit
1345
1363
salogif.o: salogif.c