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Viewing changes to doc/man/tbl2asn.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

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Lines of Context:
doc/man/tbl2asn.1
1
 
.TH TBL2ASN 1 2006-10-20 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
 
1
.TH TBL2ASN 1 2008-03-19 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
2
2
.SH NAME
3
3
tbl2asn \- prepare a GenBank submission using an ASCII feature table
4
4
.SH SYNOPSIS
5
5
.B tbl2asn
6
6
[\|\fB\-\fP\|]
7
 
[\|\fB\-B\fP\ \fIstr\fP\|]
 
7
[\|\fB\-A\fP\ \fIstr\fP\|]
8
8
[\|\fB\-C\fP\ \fIstr\fP\|]
9
9
[\|\fB\-D\fP\ \fIfilename\fP\|]
10
 
[\|\fB\-E\fP\ \fIstr\fP\|]
11
 
[\|\fB\-F\fP\ \fIstr\fP|]
 
10
[\|\fB\-F\fP\ \fIstr\fP\|]
12
11
[\|\fB\-G\fP\ \fIstr\fP\|]
13
12
[\|\fB\-H\fP\|]
 
13
[\|\fB\-K\fP\|]
14
14
[\|\fB\-L\fP\|]
15
 
[\|\fB\-M\fP\ \fIstr\fP\|]
 
15
[\|\fB\-O\fP\|]
16
16
[\|\fB\-P\fP\|]
17
17
[\|\fB\-Q\fP\|]
18
18
[\|\fB\-R\fP\|]
19
19
[\|\fB\-S\fP\|]
20
20
[\|\fB\-T\fP\|]
21
21
[\|\fB\-U\fP\|]
 
22
[\|\fB\-V\fP\ \fIstr\fP\|]
22
23
[\|\fB\-W\fP\|]
23
 
[\|\fB\-X\fP\ \fIstr\fP\|]
24
24
[\|\fB\-Y\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
25
[\|\fB\-Z\fP\ \fIfilename\fP\|]
25
26
[\|\fB\-a\fP\ \fIstr\fP\|]
26
27
[\|\fB\-b\fP\|]
27
28
[\|\fB\-c\fP\|]
32
33
[\|\fB\-h\fP\|]
33
34
[\|\fB\-i\fP\ \fIfilename\fP\|]
34
35
[\|\fB\-j\fP\ \fIstr\fP\|]
35
 
[\|\fB\-k\fP\|]
 
36
[\|\fB\-k\fP\ \fIstr\fP\|]
36
37
[\|\fB\-l\fP\|]
37
 
[\|\fB\-m\fP\|]
38
38
[\|\fB\-n\fP\ \fIstr\fP\|]
39
39
[\|\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP\|]
40
40
[\|\fB\-p\fP\ \fIstr\fP\|]
61
61
\fB\-\fP
62
62
Print usage message
63
63
.TP
64
 
\fB\-B\fP\ \fIstr\fP
65
 
Alignment Beginning gap characters
 
64
\fB\-a\fP\ \fIstr\fP
 
65
Accession
66
66
.TP
67
67
\fB\-C\fP\ \fIstr\fP
68
68
Genome Center tag
70
70
\fB\-D\fP\ \fIfilename\fP
71
71
Descriptors file
72
72
.TP
73
 
\fB\-E\fP\ \fIstr\fP
74
 
Alignment End gap characters
75
 
.TP
76
73
\fB\-F\fP
77
74
Feature ID links (\fBo\fP by Overlap, \fBp\fP by Product)
78
75
.TP
79
76
\fB\-G\fP\ \fIstr\fP
 
77
Alignment Gap Flags (comma separated fields, e.g., \fBp,\-,\-,\-,?,.\fP )
 
78
\fBn\fP Nucleotide or \fBp\fP Protein,
 
79
Begin, Middle, End Gap Characters,
 
80
Missing Characters, Match Characters
80
81
Alignment middle Gap characters
81
82
.TP
82
83
\fB\-H\fP
83
 
Implicit gaps
 
84
Implicit gaps (deprecated in favor of \fB-a di\fP)
 
85
.TP
 
86
\fB\-K\fP
 
87
Safe Bioseq-set
84
88
.TP
85
89
\fB\-L\fP
86
90
Force Local protein_id/transcript_id
87
91
.TP
88
 
\fB\-M\fP\ \fIstr\fP
89
 
Alignment Match characters
 
92
\fB\-O\fP
 
93
Allow run-on ORFs
90
94
.TP
91
95
\fB\-P\fP
92
 
Alignment is Proteins
 
96
Remote publication lookup
93
97
.TP
94
98
\fB\-Q\fP
95
99
Special mRNA titles
96
100
.TP
97
101
\fB\-R\fP
98
 
Remote fetching from ID
 
102
Remote sequence record fetching from ID
99
103
.TP
100
104
\fB\-S\fP
101
105
Smart feature annotation
106
110
\fB\-U\fP
107
111
Remove Unnecessary gene xref
108
112
.TP
 
113
\fB\-V\fP\ \fIstr\fP
 
114
Verification (combine any of the following letters)
 
115
.RS
 
116
.PD 0
 
117
.IP v
 
118
Validate with Normal Stringency
 
119
.IP r
 
120
Validate without Country Check
 
121
.IP b
 
122
Generate GenBank Flatfile
 
123
.PD
 
124
.RE
 
125
.TP
109
126
\fB\-W\fP
110
127
Log progress
111
128
.TP
112
 
\fB\-X\fP\ \fIstr\fP
113
 
Alignment missing characters
114
 
.TP
115
129
\fB\-Y\fP\ \fIfilename\fP
116
130
Read a comment string from \fIfilename\fP
117
131
.TP
 
132
\fB\-Z\fP\ \fIfilename\fP
 
133
Write a discrepancy report to \fIfilename\fP
 
134
.TP
118
135
\fB\-a\fP\ \fIstr\fP
119
 
Accession
 
136
File type:
 
137
.RS
 
138
.PD 0
 
139
.IP a
 
140
Any (default)
 
141
.IP r20u
 
142
Runs of 20+ Ns are gaps, 100 Ns are unknown length
 
143
.IP r20k
 
144
Runs of 20+ Ns are gaps, 100 Ns are known length
 
145
.IP s
 
146
FASTA Set (\fBs\fP Batch, \fBs1\fP Pop, \fBs2\fP Phy, \fBs3\fP Mut,
 
147
\fBs4\fP Eco)
 
148
.IP d
 
149
FASTA Delta
 
150
.IP di
 
151
FASTA Delta with Implicit Gaps
 
152
.IP l
 
153
FASTA+Gap Alignment
 
154
.IP z
 
155
FASTA with Gap Lines
 
156
.IP e
 
157
PHRAP/ACE
 
158
.PD
 
159
.RE
120
160
.TP
121
161
\fB\-b\fP
122
 
Generate GenBank file
 
162
Generate GenBank file (deprecated in favor of \fB-V b\fP)
123
163
.TP
124
164
\fB\-c\fP
125
 
Annotate longest ORF
 
165
Annotate longest ORF (deprecated in favor of \fB-k c\fP)
126
166
.TP
127
167
\fB\-d\fP
128
 
Read FASTAs as Delta
 
168
Read FASTAs as Delta (deprecated in favor of \fB-a d\fP)
129
169
.TP
130
170
\fB\-e\fP
131
 
Read PHRAP/ACE format
 
171
Read PHRAP/ACE format (deprecated in favor of \fB-a e\fP)
132
172
.TP
133
173
\fB\-f\fP\ \fIfilename\fP
134
174
Single table file
145
185
\fB\-j\fP\ \fIstr\fP
146
186
Source qualifiers
147
187
.TP
148
 
\fB\-k\fP
149
 
Set conflict on mismatch
 
188
\fB\-k\fP\ \fIstr\fP
 
189
CDS flags (combine any of the following letters)
 
190
.RS
 
191
.PD 0
 
192
.IP c
 
193
Annotate Longest ORF
 
194
.IP r
 
195
Allow Runon ORFs
 
196
.IP m
 
197
Allow Alternative Starts
 
198
.IP k
 
199
Set Conflict on Mismatch
 
200
.PD
 
201
.RE
150
202
.TP
151
203
\fB\-l\fP
152
 
Read FASTA+Gap Alignment
153
 
.TP
154
 
\fB\-m\fP
155
 
Allow alternative starts
 
204
Read FASTA+Gap Alignment (deprecated in favor of \fB-a l\fP)
156
205
.TP
157
206
\fB\-n\fP\ \fIstr\fP
158
207
Organism name
179
228
Convert GenProdSet to NucProtSet
180
229
.TP
181
230
\fB\-v\fP
182
 
Validate
 
231
Validate (deprecated in favor of \fB-V v\fP)
183
232
.TP
184
233
\fB\-w\fP \fIN\fP
185
 
FASTA set class
186
 
.RS
187
 
.PD 0
188
 
.IP 0
189
 
unspecified (default)
190
 
.IP 1
191
 
population study
192
 
.IP 2
193
 
phylogenetic study
194
 
.IP 3
195
 
set of mutations
196
 
.IP 4
197
 
ecological sample study
198
 
.PD
199
 
.RE
 
234
FASTA set class (deprecated in favor of \fB-a s\fP\fIN\fP)
200
235
.TP
201
236
\fB\-x\fP\ \fIstr\fP
202
237
Suffix (default = \fB.fsa\fP)
205
240
Comment
206
241
.TP
207
242
\fB\-z\fP
208
 
Read FASTAs with gap lines
 
243
Read FASTAs with gap lines (deprecated in favor of \fB-a z\fP)
209
244
.SH AUTHOR
210
245
The National Center for Biotechnology Information.
211
246
.SH SEE ALSO
 
247
.ad l
212
248
.BR Psequin (1),
213
249
.BR sbtedit (1),
214
250
tbl2asn.txt,