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Viewing changes to algo/blast/core/greedy_align_pri.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

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Lines of Context:
algo/blast/core/greedy_align_pri.h
1
 
#ifndef ALGO_BLAST_CORE___GREEDY_ALIGN_PRI__H
2
 
#define ALGO_BLAST_CORE___GREEDY_ALIGN_PRI__H
3
 
 
4
 
/*  $Id: greedy_align_pri.h,v 1.1 2004/11/15 16:33:16 dondosha Exp $
5
 
 * ===========================================================================
6
 
 *
7
 
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
8
 
 *               National Center for Biotechnology Information
9
 
 *
10
 
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
11
 
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
12
 
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
13
 
 *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
14
 
 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
15
 
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
16
 
 *
17
 
 *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
18
 
 *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
19
 
 *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
20
 
 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
21
 
 *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
22
 
 *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
23
 
 *  purpose.
24
 
 *
25
 
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
26
 
 *
27
 
 * ===========================================================================
28
 
 *
29
 
 * Author:  Ilya Dondoshansky
30
 
 *
31
 
 */
32
 
 
33
 
/** @file greedy_align_pri.h
34
 
 *  Private low level functions declarations for greedy_align.c and 
35
 
 *  blast_gapalign.c
36
 
 */
37
 
 
38
 
 
39
 
#ifdef __cplusplus
40
 
extern "C" {
41
 
#endif
42
 
 
43
 
/** Find greatest common divisor of 2 integers.
44
 
 * @param a First integer [in]
45
 
 * @param b Second integer [in]
46
 
 * @return The GCD.
47
 
 */
48
 
Int4 
49
 
BLAST_gcd(Int4 a, Int4 b);
50
 
 
51
 
/** Divide 3 numbers by their greatest common divisor
52
 
 * @param a First integer [in] [out]
53
 
 * @param b Second integer [in] [out]
54
 
 * @param c Third integer [in] [out]
55
 
 * @return The greatest common divisor
56
 
 */
57
 
Int4 
58
 
BLAST_gdb3(Int4* a, Int4* b, Int4* c);
59
 
 
60
 
#ifdef __cplusplus
61
 
}
62
 
#endif
63
 
 
64
 
 
65
 
/*
66
 
 * ===========================================================================
67
 
 *
68
 
 * $Log: greedy_align_pri.h,v $
69
 
 * Revision 1.1  2004/11/15 16:33:16  dondosha
70
 
 * Private header for low level functions needed in greedy_align.c and blast_gapalign.c
71
 
 *
72
 
 * Revision 1.0  2004/05/18 13:23:26  madden
73
 
 * Private declarations for greedy_align.c
74
 
 *
75
 
 *
76
 
 * ===========================================================================
77
 
 */
78
 
 
79
 
#endif /* !ALGO_BLAST_CORE__GREEDY_ALIGN_PRI__H */