← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/experimental/ncbi-tools6/experimental

« back to all changes in this revision

Viewing changes to api/alignval.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
api/alignval.h
29
29
*
30
30
* Version Creation Date:   6/3/99
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.14 $
 
32
* $Revision: 6.18 $
33
33
*
34
34
* File Description:
35
35
*
36
36
* Modifications:  
37
37
* --------------------------------------------------------------------------
38
38
* $Log: alignval.h,v $
 
39
* Revision 6.18  2007/07/05 17:50:49  bollin
 
40
* Added validation INFO when alignment stops before ends of sequences.
 
41
* Added red vertical bar to columns in alignment assistant when weighted
 
42
* percent identity for column is less than 50%.
 
43
*
 
44
* Revision 6.17  2007/02/28 21:07:13  bollin
 
45
* Added function for weighted percent identity for alignments
 
46
*
 
47
* Revision 6.16  2006/10/23 15:11:42  bollin
 
48
* Moved AlignmentPercentIdentity and supporting functions here from
 
49
* tools/salptool.c to avoid library dependency problems.
 
50
*
 
51
* Revision 6.15  2006/10/20 13:30:22  bollin
 
52
* Added Validator error for alignment percent identity.
 
53
*
39
54
* Revision 6.14  2003/11/14 18:06:42  kans
40
55
* added do_hist_assembly parameter
41
56
*
85
100
                                 Boolean delete_bsp, Boolean delete_salp,
86
101
                                 Boolean do_hist_assembly);
87
102
 
 
103
extern Uint2 AlignmentPercentIdentity (SeqAlignPtr salp, Boolean internal_gaps);
 
104
extern Uint2 WeightedAlignmentPercentIdentity (SeqAlignPtr salp, Boolean internal_gaps);
 
105
 
 
106
extern double *
 
107
GetAlignmentColumnPercentIdentities 
 
108
(SeqAlignPtr salp,
 
109
 Int4    start,
 
110
 Int4    stop,
 
111
 Boolean internal_gaps,
 
112
 Boolean internal_validation);
 
113
 
88
114
 
89
115
#define Err_SeqId 1
90
116
#define Err_Strand_Rev 2
104
130
#define Err_Segs_Dim_One 16
105
131
#define Err_SeqAlign_Dim_One 17
106
132
#define Err_Segtype 18
 
133
#define Err_Pcnt_ID 20
 
134
#define Err_Short_Aln 21
107
135
 
108
136
#ifdef __cplusplus
109
137
}