← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/ncbi-tools6/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to algo/blast/core/blast_filter.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-09-05 18:55:02 UTC
  • mfrom: (1.1.11 upstream)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110905185502-iuvmoe65ytljhckn
Tags: 6.1.20110713-1
* New upstream release.
* debian/*.symbols: update accordingly.
* make/makeshlb.unx: link libcn3dOGL.so against -lm for sqrt.
* doc/man/*.1: update for new release.
* debian/rules:
  - (VIB): add asnmacro, as upstream takes care to publish binaries thereof.
  - Retire obsolete multiarch-unaware checks for libpthread.
  - Fully modernize Debhelper usage; in particular, transition to overrides.
* debian/compat: advance to 9 per rules modernization.
* debian/ncbi-tools-bin.install: add asnmacro.
* make/makenet.unx: link asnmacro only against libraries it directly needs.
* doc/man/asnmacro.1: give asnmacro a man page.
* doc/man/Psequin.1: list it in SEE ALSO.
* network/id1arch/idfetch.c: revert redundant change (from #295110).
* Convert to multiarch.
  - debian/rules: Install libraries (and ncbithr.o) to multiarch directories.
  - debian/lib*.install: match multiarch library paths.
  - debian/control:
    + Build-Depends: debhelper (>= 8.1.3~), implying a recent dpkg-dev.
    + Set Multi-Arch: as appropriate across the board, and specify
      Pre-Depends: ${misc:Pre-Depends} for runtime libraries.
* debian/*.lintian-overrides: drop leading slashes for Lintian 2.5.x.
* debian/control: Standards-Version: 3.9.2 (already compliant).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
algo/blast/core/blast_filter.c
1
 
/* $Id: blast_filter.c,v 1.99 2010/03/31 16:14:46 kazimird Exp $
 
1
/* $Id: blast_filter.c,v 1.100 2011/06/20 13:19:45 kazimird Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
30
30
 
31
31
#ifndef SKIP_DOXYGEN_PROCESSING
32
32
static char const rcsid[] = 
33
 
    "$Id: blast_filter.c,v 1.99 2010/03/31 16:14:46 kazimird Exp $";
 
33
    "$Id: blast_filter.c,v 1.100 2011/06/20 13:19:45 kazimird Exp $";
34
34
#endif /* SKIP_DOXYGEN_PROCESSING */
35
35
 
36
36
#include <algo/blast/core/blast_util.h>
1347
1347
{
1348
1348
    const Boolean kIsNucl = (program_number == eBlastTypeBlastn);
1349
1349
    Int4 context; /* loop variable. */
1350
 
    Int4 total_length = 2; /* Length to copy, adding one for beginning and end. */
 
1350
    Int4 total_length;
1351
1351
    Boolean has_mask = FALSE; /* Check for whether filter_maskloc is empty. */
1352
1352
    Int4 index; /* loop variable. */
1353
1353
 
1368
1368
       return;
1369
1369
 
1370
1370
 
1371
 
    for (context = query_info->first_context;
1372
 
         context <= query_info->last_context; ++context) {
1373
 
        total_length += query_info->contexts[context].query_length;
1374
 
    }
 
1371
    total_length  = query_info->contexts[query_info->last_context].query_offset
 
1372
                  + query_info->contexts[query_info->last_context].query_length + 2;
1375
1373
    query_blk->sequence_start_nomask = BlastMemDup(query_blk->sequence_start, total_length);
1376
1374
    query_blk->sequence_nomask = query_blk->sequence_start_nomask + 1;
1377
1375
    query_blk->nomask_allocated = TRUE;