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~ubuntu-branches/ubuntu/raring/ncbi-tools6/raring

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Viewing changes to algo/blast/core/blast_seqsrc.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-09-05 18:55:02 UTC
  • mfrom: (1.1.11 upstream)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110905185502-iuvmoe65ytljhckn
Tags: 6.1.20110713-1
* New upstream release.
* debian/*.symbols: update accordingly.
* make/makeshlb.unx: link libcn3dOGL.so against -lm for sqrt.
* doc/man/*.1: update for new release.
* debian/rules:
  - (VIB): add asnmacro, as upstream takes care to publish binaries thereof.
  - Retire obsolete multiarch-unaware checks for libpthread.
  - Fully modernize Debhelper usage; in particular, transition to overrides.
* debian/compat: advance to 9 per rules modernization.
* debian/ncbi-tools-bin.install: add asnmacro.
* make/makenet.unx: link asnmacro only against libraries it directly needs.
* doc/man/asnmacro.1: give asnmacro a man page.
* doc/man/Psequin.1: list it in SEE ALSO.
* network/id1arch/idfetch.c: revert redundant change (from #295110).
* Convert to multiarch.
  - debian/rules: Install libraries (and ncbithr.o) to multiarch directories.
  - debian/lib*.install: match multiarch library paths.
  - debian/control:
    + Build-Depends: debhelper (>= 8.1.3~), implying a recent dpkg-dev.
    + Set Multi-Arch: as appropriate across the board, and specify
      Pre-Depends: ${misc:Pre-Depends} for runtime libraries.
* debian/*.lintian-overrides: drop leading slashes for Lintian 2.5.x.
* debian/control: Standards-Version: 3.9.2 (already compliant).

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Lines of Context:
algo/blast/core/blast_seqsrc.h
1
 
/*  $Id: blast_seqsrc.h,v 1.51 2009/05/27 17:39:36 kazimird Exp $
 
1
/*  $Id: blast_seqsrc.h,v 1.52 2011/01/06 18:39:31 kazimird Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
186
186
Boolean
187
187
BlastSeqSrcGetIsProt(const BlastSeqSrc* seq_src);
188
188
 
 
189
/** Find if the Blast Sequence Source supports partial fetching
 
190
 * @param seq_src the BLAST sequence source [in]
 
191
 */
 
192
NCBI_XBLAST_EXPORT
 
193
Boolean
 
194
BlastSeqSrcGetSupportsPartialFetching(const BlastSeqSrc* seq_src);
 
195
 
 
196
/** Structure used as the argument to function SetRanges */
 
197
typedef struct BlastSeqSrcSetRangesArg {
 
198
    /** Oid in BLAST database, index in an array of sequences, etc [in] */
 
199
    Int4 oid;
 
200
    
 
201
    /** Number of ranges to be set [in] */
 
202
    Int4 num_ranges;
 
203
 
 
204
    /** Ranges in sorted order [in] */
 
205
    Int4 *ranges;
 
206
} BlastSeqSrcSetRangesArg;
 
207
 
 
208
/** new setrangearg */
 
209
BlastSeqSrcSetRangesArg *
 
210
BlastSeqSrcSetRangesArgNew(Int4 num_ranges);
 
211
 
 
212
/** free setrangearg */
 
213
void 
 
214
BlastSeqSrcSetRangesArgFree(BlastSeqSrcSetRangesArg * arg);
 
215
 
 
216
 
 
217
#define BLAST_SEQSRC_MINGAP     1024  /**< Minimal gap allowed in range list */
 
218
#define BLAST_SEQSRC_OVERHANG   1024  /**< Extension for each new range added */
 
219
 
 
220
/** Structure used to build BlastSeqSrcSetRangesArg */
 
221
typedef struct BlastHSPRangeList {
 
222
    Int4 begin;
 
223
    Int4 end;
 
224
    struct BlastHSPRangeList *next;
 
225
} BlastHSPRangeList;
 
226
 
 
227
/** new a range list node */
 
228
BlastHSPRangeList *
 
229
BlastHSPRangeListNew(Int4 begin, Int4 end, BlastHSPRangeList *next);
 
230
 
 
231
/** add a new range seg into the reange list, keeping begin in sorting order */
 
232
BlastHSPRangeList *
 
233
BlastHSPRangeListAddRange(BlastHSPRangeList *list,
 
234
                          Int4 begin,  Int4 end);
 
235
 
 
236
/** build BlastSeqSrcSetRangesArg from range list*/
 
237
void
 
238
BlastHSPRangeBuildSetRangesArg(BlastHSPRangeList *list,
 
239
                               BlastSeqSrcSetRangesArg *arg);
 
240
 
 
241
/** free range list */
 
242
void
 
243
BlastHSPRangeListFree(BlastHSPRangeList *list);
 
244
 
 
245
/** Setting the ranges for partial fetching */
 
246
NCBI_XBLAST_EXPORT
 
247
void
 
248
BlastSeqSrcSetSeqRanges(const BlastSeqSrc* seq_src, 
 
249
                        BlastSeqSrcSetRangesArg* setranges_arg);
 
250
 
 
251
 
189
252
/** Structure used as the second argument to functions satisfying the 
190
253
  GetSeqBlkFnPtr signature, associated with index-based 
191
254
  implementations of the BlastSeqSrc interface. Index-based implementations