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~ubuntu-branches/ubuntu/raring/ncbi-tools6/raring

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Viewing changes to tools/toasn3.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-09-05 18:55:02 UTC
  • mfrom: (1.1.11 upstream)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110905185502-iuvmoe65ytljhckn
Tags: 6.1.20110713-1
* New upstream release.
* debian/*.symbols: update accordingly.
* make/makeshlb.unx: link libcn3dOGL.so against -lm for sqrt.
* doc/man/*.1: update for new release.
* debian/rules:
  - (VIB): add asnmacro, as upstream takes care to publish binaries thereof.
  - Retire obsolete multiarch-unaware checks for libpthread.
  - Fully modernize Debhelper usage; in particular, transition to overrides.
* debian/compat: advance to 9 per rules modernization.
* debian/ncbi-tools-bin.install: add asnmacro.
* make/makenet.unx: link asnmacro only against libraries it directly needs.
* doc/man/asnmacro.1: give asnmacro a man page.
* doc/man/Psequin.1: list it in SEE ALSO.
* network/id1arch/idfetch.c: revert redundant change (from #295110).
* Convert to multiarch.
  - debian/rules: Install libraries (and ncbithr.o) to multiarch directories.
  - debian/lib*.install: match multiarch library paths.
  - debian/control:
    + Build-Depends: debhelper (>= 8.1.3~), implying a recent dpkg-dev.
    + Set Multi-Arch: as appropriate across the board, and specify
      Pre-Depends: ${misc:Pre-Depends} for runtime libraries.
* debian/*.lintian-overrides: drop leading slashes for Lintian 2.5.x.
* debian/control: Standards-Version: 3.9.2 (already compliant).

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Lines of Context:
tools/toasn3.h
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1
#ifndef _TOASN3_
2
2
#define _TOASN3_
3
3
 
4
 
/*  $Id: toasn3.h,v 6.19 2010/07/21 21:56:28 kans Exp $
 
4
/*  $Id: toasn3.h,v 6.26 2011/05/09 20:02:40 kans Exp $
5
5
 * ===========================================================================
6
6
 *
7
7
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
155
155
*****************************************************/
156
156
Boolean ImpFeatToCdregion(SeqFeatPtr sfp);
157
157
 
158
 
void CdCheck(SeqEntryPtr sep, FILE *fp);
 
158
NLM_EXTERN void CdCheck(SeqEntryPtr sep, FILE *fp);
 
159
NLM_EXTERN void CdCheckEx(SeqEntryPtr sep, FILE *fp, Boolean also_adjust_mrna);
159
160
 
160
161
/****************************************************
161
162
*  Creates source string from BioSource structure
211
212
extern void MergeAdjacentAnnotsCallback (SeqEntryPtr sep, Pointer mydata, Int4 index, Int2 indent);
212
213
extern void CleanupEmptyFeatCallback (SeqEntryPtr sep, Pointer mydata, Int4 index, Int2 indent);
213
214
extern void RemoveBioSourceOnPopSet (SeqEntryPtr sep, OrgRefPtr master);
 
215
extern void RemoveMolInfoOnPopSet (SeqEntryPtr sep, MolInfoPtr master);
214
216
extern Boolean NoBiosourceOrTaxonId (SeqEntryPtr sep);
215
217
extern void ExtendGeneFeatIfOnMRNA (Uint2 entityID, SeqEntryPtr sep);
216
218
extern void ConvertFullLenSourceFeatToDesc (SeqEntryPtr sep);
233
235
 
234
236
extern void SeriousSeqAnnotCleanup (SeqAnnotPtr sap);
235
237
 
 
238
/* ConvertSegSetToDeltaSeq will be used to convert and retire segmented bioseqs */
 
239
 
 
240
extern Boolean ConvertSegSetToDeltaSeq (SeqEntryPtr sep);
 
241
extern void ConvertPartDescToFeat (SeqEntryPtr sep);
 
242
extern void SegSeqNullToVirtual (SeqEntryPtr sep);
 
243
extern void SimpleAutoDef (SeqEntryPtr sep);
 
244
 
236
245
 
237
246
#ifdef __cplusplus
238
247
}