← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/ncbi-tools6/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to algo/blast/core/blast_nascan.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-09-05 18:55:02 UTC
  • mfrom: (1.1.11 upstream)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110905185502-iuvmoe65ytljhckn
Tags: 6.1.20110713-1
* New upstream release.
* debian/*.symbols: update accordingly.
* make/makeshlb.unx: link libcn3dOGL.so against -lm for sqrt.
* doc/man/*.1: update for new release.
* debian/rules:
  - (VIB): add asnmacro, as upstream takes care to publish binaries thereof.
  - Retire obsolete multiarch-unaware checks for libpthread.
  - Fully modernize Debhelper usage; in particular, transition to overrides.
* debian/compat: advance to 9 per rules modernization.
* debian/ncbi-tools-bin.install: add asnmacro.
* make/makenet.unx: link asnmacro only against libraries it directly needs.
* doc/man/asnmacro.1: give asnmacro a man page.
* doc/man/Psequin.1: list it in SEE ALSO.
* network/id1arch/idfetch.c: revert redundant change (from #295110).
* Convert to multiarch.
  - debian/rules: Install libraries (and ncbithr.o) to multiarch directories.
  - debian/lib*.install: match multiarch library paths.
  - debian/control:
    + Build-Depends: debhelper (>= 8.1.3~), implying a recent dpkg-dev.
    + Set Multi-Arch: as appropriate across the board, and specify
      Pre-Depends: ${misc:Pre-Depends} for runtime libraries.
* debian/*.lintian-overrides: drop leading slashes for Lintian 2.5.x.
* debian/control: Standards-Version: 3.9.2 (already compliant).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
algo/blast/core/blast_nascan.c
1
 
/* $Id: blast_nascan.c,v 1.18 2010/07/27 18:24:31 kazimird Exp $
 
1
/* $Id: blast_nascan.c,v 1.19 2011/04/11 14:54:31 kazimird Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
34
34
 
35
35
#ifndef SKIP_DOXYGEN_PROCESSING
36
36
static char const rcsid[] =
37
 
    "$Id: blast_nascan.c,v 1.18 2010/07/27 18:24:31 kazimird Exp $";
 
37
    "$Id: blast_nascan.c,v 1.19 2011/04/11 14:54:31 kazimird Exp $";
38
38
#endif                          /* SKIP_DOXYGEN_PROCESSING */
39
39
 
40
40
/**
182
182
           widths require two bytes of the compressed subject sequence, and
183
183
           possibly a third if the word is not aligned on a 4-base boundary */
184
184
 
185
 
        if (scan_step % COMPRESSION_RATIO == 0 && !subject->mask_type) {
 
185
        if (scan_step % COMPRESSION_RATIO == 0 && 
 
186
            (subject->mask_type == eNoSubjMasking)) {
186
187
 
187
188
            /* for strides that are a multiple of 4, words are always aligned 
188
189
               and two bytes of the subject sequence will always hold a
469
470
           widths require two bytes of the compressed subject sequence, and
470
471
           possibly a third if the word is not aligned on a 4-base boundary */
471
472
 
472
 
        if (scan_step % COMPRESSION_RATIO == 0 && !subject->mask_type) {
 
473
        if (scan_step % COMPRESSION_RATIO == 0 && 
 
474
            (subject->mask_type == eNoSubjMasking)) {
473
475
 
474
476
            /* for strides that are a multiple of 4, words are always aligned 
475
477
               and two bytes of the subject sequence will always hold a
1509
1511
      subtract the longest chain length from the allowed offset array size. */
1510
1512
   max_hits -= mb_lt->longest_chain;
1511
1513
 
1512
 
   if (scan_step % COMPRESSION_RATIO == 0 && !subject->mask_type) {
 
1514
   if (scan_step % COMPRESSION_RATIO == 0 && 
 
1515
       (subject->mask_type == eNoSubjMasking)) {
1513
1516
 
1514
1517
      /* for strides that are a multiple of 4, words are
1515
1518
         always aligned and three bytes of the subject sequence