← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/ncbi-tools6/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to object/objsset.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-09-05 18:55:02 UTC
  • mfrom: (1.1.11 upstream)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110905185502-iuvmoe65ytljhckn
Tags: 6.1.20110713-1
* New upstream release.
* debian/*.symbols: update accordingly.
* make/makeshlb.unx: link libcn3dOGL.so against -lm for sqrt.
* doc/man/*.1: update for new release.
* debian/rules:
  - (VIB): add asnmacro, as upstream takes care to publish binaries thereof.
  - Retire obsolete multiarch-unaware checks for libpthread.
  - Fully modernize Debhelper usage; in particular, transition to overrides.
* debian/compat: advance to 9 per rules modernization.
* debian/ncbi-tools-bin.install: add asnmacro.
* make/makenet.unx: link asnmacro only against libraries it directly needs.
* doc/man/asnmacro.1: give asnmacro a man page.
* doc/man/Psequin.1: list it in SEE ALSO.
* network/id1arch/idfetch.c: revert redundant change (from #295110).
* Convert to multiarch.
  - debian/rules: Install libraries (and ncbithr.o) to multiarch directories.
  - debian/lib*.install: match multiarch library paths.
  - debian/control:
    + Build-Depends: debhelper (>= 8.1.3~), implying a recent dpkg-dev.
    + Set Multi-Arch: as appropriate across the board, and specify
      Pre-Depends: ${misc:Pre-Depends} for runtime libraries.
* debian/*.lintian-overrides: drop leading slashes for Lintian 2.5.x.
* debian/control: Standards-Version: 3.9.2 (already compliant).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
object/objsset.c
29
29
*   
30
30
* Version Creation Date: 4/1/91
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.15 $
 
32
* $Revision: 6.17 $
33
33
*
34
34
* File Description:  Object manager for module NCBI-Seqset
35
35
*
382
382
        return (BioseqSetPtr)MemFree(bsp);
383
383
}
384
384
 
 
385
 
 
386
static SeqEntryPtr ReverseSeqEntryList (SeqEntryPtr start)
 
387
{
 
388
  SeqEntryPtr first = NULL, next;
 
389
 
 
390
  while (start != NULL) {
 
391
    next = start->next;
 
392
    start->next = first;
 
393
    first = start;
 
394
    start = next;
 
395
  }
 
396
 
 
397
  return first;
 
398
}
 
399
 
385
400
/*****************************************************************************
386
401
*
387
402
*   BioseqSetFreeComponents(bsp, parts)
408
423
    bsp->date = DateFree(bsp->date);
409
424
    bsp->descr = SeqDescrFree(bsp->descr);
410
425
    sep = bsp->seq_set;
 
426
    /* reverse seq-set, to increase speed of freeing it, since the elements will have
 
427
     * probably been added to the index in order, and it's faster to take the last out first.
 
428
     */
 
429
    sep = ReverseSeqEntryList(sep);
 
430
    bsp->seq_set = sep;
411
431
    while (sep != NULL)
412
432
    {
413
433
        sepnext = sep->next;
414
 
                if (parts)
415
 
                SeqEntryFree(sep);
416
 
                else
417
 
                        SeqEntryFreeComponents(sep);
 
434
                    if (parts)
 
435
        {
 
436
                  SeqEntryFree(sep);
 
437
        }
 
438
                    else
 
439
        {
 
440
                              SeqEntryFreeComponents(sep);
 
441
        }
418
442
        sep = sepnext;
419
443
    }
420
444
    sp = bsp->annot;