← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/ncbi-tools6/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to api/subutil.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-09-05 18:55:02 UTC
  • mfrom: (1.1.11 upstream)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110905185502-iuvmoe65ytljhckn
Tags: 6.1.20110713-1
* New upstream release.
* debian/*.symbols: update accordingly.
* make/makeshlb.unx: link libcn3dOGL.so against -lm for sqrt.
* doc/man/*.1: update for new release.
* debian/rules:
  - (VIB): add asnmacro, as upstream takes care to publish binaries thereof.
  - Retire obsolete multiarch-unaware checks for libpthread.
  - Fully modernize Debhelper usage; in particular, transition to overrides.
* debian/compat: advance to 9 per rules modernization.
* debian/ncbi-tools-bin.install: add asnmacro.
* make/makenet.unx: link asnmacro only against libraries it directly needs.
* doc/man/asnmacro.1: give asnmacro a man page.
* doc/man/Psequin.1: list it in SEE ALSO.
* network/id1arch/idfetch.c: revert redundant change (from #295110).
* Convert to multiarch.
  - debian/rules: Install libraries (and ncbithr.o) to multiarch directories.
  - debian/lib*.install: match multiarch library paths.
  - debian/control:
    + Build-Depends: debhelper (>= 8.1.3~), implying a recent dpkg-dev.
    + Set Multi-Arch: as appropriate across the board, and specify
      Pre-Depends: ${misc:Pre-Depends} for runtime libraries.
* debian/*.lintian-overrides: drop leading slashes for Lintian 2.5.x.
* debian/control: Standards-Version: 3.9.2 (already compliant).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
api/subutil.h
31
31
*   
32
32
* Version Creation Date: 11/3/93
33
33
*
34
 
* $Revision: 6.78 $
 
34
* $Revision: 6.83 $
35
35
*
36
36
* File Description: Utilities for creating ASN.1 submissions
37
37
*
692
692
#define SUBSRC_mating_type 38
693
693
#define SUBSRC_linkage_group 39
694
694
#define SUBSRC_haplogroup 40
 
695
#define SUBSRC_whole_replicon 41
 
696
#define SUBSRC_phenotype 42
695
697
#define SUBSRC_other 255
696
698
 
697
699
/*********************************************
739
741
        mating-type (38) ,
740
742
        linkage-group (39) ,
741
743
        haplogroup (40) ,
 
744
        whole-replicon (41) ,
 
745
        phenotype (42) ,
742
746
        other (255) } ,
743
747
 
744
748
*   value is an optional string to give the name (eg. of the
1623
1627
  SeqAnnotPtr sap
1624
1628
);
1625
1629
 
 
1630
NLM_EXTERN UserObjectPtr FindNcbiAutofixUserObject (
 
1631
  SeqEntryPtr sep
 
1632
);
 
1633
 
 
1634
NLM_EXTERN void AddNcbiAutofixUserObject (
 
1635
  SeqEntryPtr sep
 
1636
);
 
1637
 
 
1638
NLM_EXTERN void RemoveNcbiAutofixUserObjects (
 
1639
  SeqEntryPtr sep
 
1640
);
 
1641
 
 
1642
/* Mark unverified sequences */
 
1643
 
 
1644
NLM_EXTERN UserObjectPtr CreateUnverifiedUserObject (
 
1645
  void
 
1646
);
 
1647
 
 
1648
NLM_EXTERN UserObjectPtr FindUnverifiedUserObject (
 
1649
  SeqEntryPtr sep
 
1650
);
 
1651
 
 
1652
NLM_EXTERN void AddUnverifiedUserObject (
 
1653
  SeqEntryPtr sep
 
1654
);
 
1655
 
 
1656
NLM_EXTERN void AddUnverifiedUserObjectToBioseq (
 
1657
  BioseqPtr bsp
 
1658
);
 
1659
 
 
1660
NLM_EXTERN void RemoveUnverifiedUserObjects (
 
1661
  SeqEntryPtr sep
 
1662
);
 
1663
 
 
1664
NLM_EXTERN Boolean IsUnverifiedUserObject (
 
1665
  UserObjectPtr uop
 
1666
);
 
1667
 
1626
1668
 
1627
1669
#ifdef __cplusplus
1628
1670
}