← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/nwchem/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to QA/tests/zmatrix/h2o_zmat.out

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Daniel Leidert, Andreas Tille, Michael Banck
  • Date: 2013-07-04 12:14:55 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130704121455-5tvsx2qabor3nrui
Tags: 6.3-1
http://bugs.debian.org/696361
* New upstream release.
* Fixes anisotropic properties (Closes: #696361).
* New features include:
  + Multi-reference coupled cluster (MRCC) approaches
  + Hybrid DFT calculations with short-range HF 
  + New density-functionals including Minnesota (M08, M11) and HSE hybrid
    functionals
  + X-ray absorption spectroscopy (XAS) with TDDFT
  + Analytical gradients for the COSMO solvation model
  + Transition densities from TDDFT 
  + DFT+U and Electron-Transfer (ET) methods for plane wave calculations
  + Exploitation of space group symmetry in plane wave geometry optimizations
  + Local density of states (LDOS) collective variable added to Metadynamics
  + Various new XC functionals added for plane wave calculations, including
    hybrid and range-corrected ones
  + Electric field gradients with relativistic corrections 
  + Nudged Elastic Band optimization method
  + Updated basis sets and ECPs 

[ Daniel Leidert ]
* debian/watch: Fixed.

[ Andreas Tille ]
* debian/upstream: References

[ Michael Banck ]
* debian/upstream (Name): New field.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Refreshed.
* debian/patches/06_statfs_kfreebsd.patch: Likewise.
* debian/patches/07_ga_target_force_linux.patch: Likewise.
* debian/patches/05_avoid_inline_assembler.patch: Removed, no longer needed.
* debian/patches/09_backported_6.1.1_fixes.patch: Likewise.
* debian/control (Build-Depends): Added gfortran-4.7 and gcc-4.7.
* debian/patches/10_force_gcc-4.7.patch: New patch, explicitly sets
  gfortran-4.7 and gcc-4.7, fixes test suite hang with gcc-4.8 (Closes:
  #701328, #713262).
* debian/testsuite: Added tests for COSMO analytical gradients and MRCC.
* debian/rules (MRCC_METHODS): New variable, required to enable MRCC methods.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
QA/tests/zmatrix/h2o_zmat.out
 
1
 argument  1 = h2o_zmat.nw
 
2
 
 
3
 
 
4
 
 
5
============================== echo of input deck ==============================
 
6
echo
 
7
 
 
8
start h2o_zmat.temp
 
9
 
 
10
basis spherical noprint
 
11
  * library cc-pvdz
 
12
end
 
13
 
 
14
scf
 
15
  singlet
 
16
  rhf
 
17
  print low
 
18
end
 
19
 
 
20
geometry units bohr
 
21
  symmetry c1
 
22
  O      0.000000000000     0.000000000000    -0.123909374404
 
23
  H      0.000000000000     1.429936611037     0.983265845431
 
24
  H      0.000000000000    -1.429936611037     0.983265845431
 
25
end
 
26
 
 
27
task scf energy
 
28
 
 
29
geometry units angstrom
 
30
 zmatrix
 
31
  O
 
32
  H 1 R
 
33
  H 1 R 2 A
 
34
  variables
 
35
   R   0.9575091749
 
36
   A 104.4784445984
 
37
  end
 
38
end
 
39
 
 
40
task scf energy
 
41
================================================================================
 
42
 
 
43
 
 
44
                                         
 
45
                                         
 
46
 
 
47
 
 
48
              Northwest Computational Chemistry Package (NWChem) 6.0
 
49
              ------------------------------------------------------
 
50
 
 
51
 
 
52
                    Environmental Molecular Sciences Laboratory
 
53
                       Pacific Northwest National Laboratory
 
54
                                Richland, WA 99352
 
55
 
 
56
                              Copyright (c) 1994-2010
 
57
                       Pacific Northwest National Laboratory
 
58
                            Battelle Memorial Institute
 
59
 
 
60
             NWChem is an open-source computational chemistry package
 
61
                        distributed under the terms of the
 
62
                      Educational Community License (ECL) 2.0
 
63
             A copy of the license is included with this distribution
 
64
                              in the LICENSE.TXT file
 
65
 
 
66
                                  ACKNOWLEDGMENT
 
67
                                  --------------
 
68
 
 
69
            This software and its documentation were developed at the
 
70
            EMSL at Pacific Northwest National Laboratory, a multiprogram
 
71
            national laboratory, operated for the U.S. Department of Energy
 
72
            by Battelle under Contract Number DE-AC05-76RL01830. Support
 
73
            for this work was provided by the Department of Energy Office
 
74
            of Biological and Environmental Research, Office of Basic
 
75
            Energy Sciences, and the Office of Advanced Scientific Computing.
 
76
 
 
77
 
 
78
           Job information
 
79
           ---------------
 
80
 
 
81
    hostname      = megatron
 
82
    program       = /software/nwchem/nwchem-6.0/bin/LINUX64/nwchem
 
83
    date          = Sat Feb 18 17:00:48 2012
 
84
 
 
85
    compiled      = Mon_Oct_31_14:01:39_2011
 
86
    source        = /software/nwchem/nwchem-6.0
 
87
    nwchem branch = 6.0
 
88
    input         = h2o_zmat.nw
 
89
    prefix        = h2o_zmat.temp.
 
90
    data base     = ./h2o_zmat.temp.db
 
91
    status        = startup
 
92
    nproc         =        1
 
93
    time left     =     -1s
 
94
 
 
95
 
 
96
 
 
97
           Memory information
 
98
           ------------------
 
99
 
 
100
    heap     =   13107201 doubles =    100.0 Mbytes
 
101
    stack    =   13107201 doubles =    100.0 Mbytes
 
102
    global   =   26214400 doubles =    200.0 Mbytes (distinct from heap & stack)
 
103
    total    =   52428802 doubles =    400.0 Mbytes
 
104
    verify   = yes
 
105
    hardfail = no 
 
106
 
 
107
 
 
108
           Directory information
 
109
           ---------------------
 
110
 
 
111
  0 permanent = .
 
112
  0 scratch   = .
 
113
 
 
114
 
 
115
 
 
116
 
 
117
                                NWChem Input Module
 
118
                                -------------------
 
119
 
 
120
 
 
121
 Turning off AUTOSYM since
 
122
 SYMMETRY directive was detected!
 
123
 
 
124
 
 
125
          ------
 
126
          auto-z
 
127
          ------
 
128
 
 
129
 
 
130
                             Geometry "geometry" -> ""
 
131
                             -------------------------
 
132
 
 
133
 Output coordinates in a.u. (scale by  1.000000000 to convert to a.u.)
 
134
 
 
135
  No.       Tag          Charge          X              Y              Z
 
136
 ---- ---------------- ---------- -------------- -------------- --------------
 
137
    1 O                    8.0000     0.00000000     0.00000000    -0.22143504
 
138
    2 H                    1.0000     0.00000000     1.42993661     0.88574018
 
139
    3 H                    1.0000     0.00000000    -1.42993661     0.88574018
 
140
 
 
141
      Atomic Mass 
 
142
      ----------- 
 
143
 
 
144
      O                 15.994910
 
145
      H                  1.007825
 
146
 
 
147
 
 
148
 Effective nuclear repulsion energy (a.u.)       9.1969343804
 
149
 
 
150
            Nuclear Dipole moment (a.u.) 
 
151
            ----------------------------
 
152
        X                 Y               Z
 
153
 ---------------- ---------------- ----------------
 
154
     0.0000000000     0.0000000000     0.0000000000
 
155
 
 
156
 
 
157
 
 
158
                                Z-matrix (autoz)
 
159
                                -------- 
 
160
 
 
161
 Units are Angstrom for bonds and degrees for angles
 
162
 
 
163
      Type          Name      I     J     K     L     M      Value
 
164
      ----------- --------  ----- ----- ----- ----- ----- ----------
 
165
    1 Stretch                  1     2                       0.95700
 
166
    2 Stretch                  1     3                       0.95700
 
167
    3 Bend                     2     1     3               104.50000
 
168
 
 
169
 
 
170
            XYZ format geometry
 
171
            -------------------
 
172
     3
 
173
 geometry
 
174
 O                     0.00000000     0.00000000    -0.11717839
 
175
 H                     0.00000000     0.75668992     0.46871355
 
176
 H                     0.00000000    -0.75668992     0.46871355
 
177
 
 
178
 ==============================================================================
 
179
                                internuclear distances
 
180
 ------------------------------------------------------------------------------
 
181
       center one      |      center two      | atomic units |       a.u.
 
182
 ------------------------------------------------------------------------------
 
183
    2 H                |   1 O                |     1.80847  |     1.80847
 
184
    3 H                |   1 O                |     1.80847  |     1.80847
 
185
 ------------------------------------------------------------------------------
 
186
                         number of included internuclear distances:          2
 
187
 ==============================================================================
 
188
 
 
189
 
 
190
 
 
191
 ==============================================================================
 
192
                                 internuclear angles
 
193
 ------------------------------------------------------------------------------
 
194
        center 1       |       center 2       |       center 3       |  degrees
 
195
 ------------------------------------------------------------------------------
 
196
    2 H                |   1 O                |   3 H                |   104.50
 
197
 ------------------------------------------------------------------------------
 
198
                            number of included internuclear angles:          1
 
199
 ==============================================================================
 
200
 
 
201
 
 
202
 
 
203
                                 NWChem SCF Module
 
204
                                 -----------------
 
205
 
 
206
 
 
207
 
 
208
  ao basis        = "ao basis"
 
209
  functions       =    24
 
210
  atoms           =     3
 
211
  closed shells   =     5
 
212
  open shells     =     0
 
213
  charge          =   0.00
 
214
  wavefunction    = RHF 
 
215
  input vectors   = atomic
 
216
  output vectors  = ./h2o_zmat.temp.movecs
 
217
  use symmetry    = F
 
218
  symmetry adapt  = F
 
219
 
 
220
 
 
221
 Forming initial guess at       0.0s
 
222
 
 
223
 
 
224
 Starting SCF solution at       0.1s
 
225
 
 
226
 
 
227
 
 
228
       Final RHF  results 
 
229
       ------------------ 
 
230
 
 
231
         Total SCF energy =    -76.026808177092
 
232
      One-electron energy =   -123.154597349507
 
233
      Two-electron energy =     37.930854791972
 
234
 Nuclear repulsion energy =      9.196934380443
 
235
 
 
236
        Time for solution =      0.1s
 
237
 
 
238
 
 
239
 
 
240
 Task  times  cpu:        0.1s     wall:        0.2s
 
241
 
 
242
 
 
243
                                NWChem Input Module
 
244
                                -------------------
 
245
 
 
246
 
 
247
 
 
248
 Scaling coordinates for geometry "geometry" by  1.889725989
 
249
 (inverse scale =  0.529177249)
 
250
 
 
251
 C2V symmetry detected
 
252
 
 
253
 
 
254
                         Geometry "geometry" -> "        "
 
255
                         ---------------------------------
 
256
 
 
257
 Output coordinates in angstroms (scale by  1.889725989 to convert to a.u.)
 
258
 
 
259
  No.       Tag          Charge          X              Y              Z
 
260
 ---- ---------------- ---------- -------------- -------------- --------------
 
261
    1 O                    8.0000     0.00000000     0.00000000     0.11726921
 
262
    2 H                    1.0000     0.75698224     0.00000000    -0.46907685
 
263
    3 H                    1.0000    -0.75698224     0.00000000    -0.46907685
 
264
 
 
265
      Atomic Mass 
 
266
      ----------- 
 
267
 
 
268
      O                 15.994910
 
269
      H                  1.007825
 
270
 
 
271
 
 
272
 Effective nuclear repulsion energy (a.u.)       9.1920946388
 
273
 
 
274
            Nuclear Dipole moment (a.u.) 
 
275
            ----------------------------
 
276
        X                 Y               Z
 
277
 ---------------- ---------------- ----------------
 
278
     0.0000000000     0.0000000000     0.0000000000
 
279
 
 
280
      Symmetry information
 
281
      --------------------
 
282
 
 
283
 Group name             C2v       
 
284
 Group number             16
 
285
 Group order               4
 
286
 No. of unique centers     2
 
287
 
 
288
      Symmetry unique atoms
 
289
 
 
290
     1    2
 
291
 
 
292
 
 
293
 
 
294
                                Z-matrix (user)
 
295
                                -------- 
 
296
 
 
297
 Units are Angstrom for bonds and degrees for angles
 
298
 
 
299
  Constrained variables are marked with a plus sign (+).
 
300
 
 
301
 
 
302
      Type          Name      I     J     K     L     M      Value
 
303
      ----------- --------  ----- ----- ----- ----- ----- ----------
 
304
    1+Stretch      R           2     1                       0.95751
 
305
    2+Stretch      R           3     1                       0.95751
 
306
    3 Bend         A           3     1     2               104.47844
 
307
 
 
308
 
 
309
            XYZ format geometry
 
310
            -------------------
 
311
     3
 
312
 geometry
 
313
 O                     0.00000000     0.00000000     0.11726921
 
314
 H                     0.75698224     0.00000000    -0.46907685
 
315
 H                    -0.75698224     0.00000000    -0.46907685
 
316
 
 
317
 ==============================================================================
 
318
                                internuclear distances
 
319
 ------------------------------------------------------------------------------
 
320
       center one      |      center two      | atomic units |  angstroms
 
321
 ------------------------------------------------------------------------------
 
322
    2 H                |   1 O                |     1.80943  |     0.95751
 
323
    3 H                |   1 O                |     1.80943  |     0.95751
 
324
 ------------------------------------------------------------------------------
 
325
                         number of included internuclear distances:          2
 
326
 ==============================================================================
 
327
 
 
328
 
 
329
 
 
330
 ==============================================================================
 
331
                                 internuclear angles
 
332
 ------------------------------------------------------------------------------
 
333
        center 1       |       center 2       |       center 3       |  degrees
 
334
 ------------------------------------------------------------------------------
 
335
    2 H                |   1 O                |   3 H                |   104.48
 
336
 ------------------------------------------------------------------------------
 
337
                            number of included internuclear angles:          1
 
338
 ==============================================================================
 
339
 
 
340
 
 
341
 
 
342
                                 NWChem SCF Module
 
343
                                 -----------------
 
344
 
 
345
 
 
346
 
 
347
  ao basis        = "ao basis"
 
348
  functions       =    24
 
349
  atoms           =     3
 
350
  closed shells   =     5
 
351
  open shells     =     0
 
352
  charge          =   0.00
 
353
  wavefunction    = RHF 
 
354
  input vectors   = ./h2o_zmat.temp.movecs
 
355
  output vectors  = ./h2o_zmat.temp.movecs
 
356
  use symmetry    = T
 
357
  symmetry adapt  = T
 
358
 
 
359
 
 
360
 Forming initial guess at       0.2s
 
361
 
 
362
 
 
363
 !! scf_movecs_sym_adapt:   20 vectors were symmetry contaminated
 
364
 
 
365
  Symmetry fudging
 
366
 
 
367
 !! scf_movecs_sym_adapt:   23 vectors were symmetry contaminated
 
368
 
 
369
 
 
370
 Starting SCF solution at       0.2s
 
371
 
 
372
 
 
373
 
 
374
       Final RHF  results 
 
375
       ------------------ 
 
376
 
 
377
         Total SCF energy =    -76.026784861202
 
378
      One-electron energy =   -123.145933305141
 
379
      Two-electron energy =     37.927053805182
 
380
 Nuclear repulsion energy =      9.192094638757
 
381
 
 
382
        Time for solution =      0.1s
 
383
 
 
384
 
 
385
 
 
386
 Task  times  cpu:        0.1s     wall:        0.1s
 
387
 Summary of allocated global arrays
 
388
-----------------------------------
 
389
  No active global arrays
 
390
 
 
391
 
 
392
 
 
393
                         GA Statistics for process    0
 
394
                         ------------------------------
 
395
 
 
396
       create   destroy   get      put      acc     scatter   gather  read&inc
 
397
calls:  564      564     5037     1842     3524        0        0        0     
 
398
number of processes/call 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
 
399
bytes total:             3.60e+06 1.47e+06 5.91e+05 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
 
400
bytes remote:            0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
 
401
Max memory consumed for GA by this process: 59712 bytes
 
402
MA_summarize_allocated_blocks: starting scan ...
 
403
MA_summarize_allocated_blocks: scan completed: 0 heap blocks, 0 stack blocks
 
404
MA usage statistics:
 
405
 
 
406
        allocation statistics:
 
407
                                              heap           stack
 
408
                                              ----           -----
 
409
        current number of blocks                 0               0
 
410
        maximum number of blocks                18              14
 
411
        current total bytes                      0               0
 
412
        maximum total bytes                1585384        22509456
 
413
        maximum total K-bytes                 1586           22510
 
414
        maximum total M-bytes                    2              23
 
415
 
 
416
 
 
417
                                NWChem Input Module
 
418
                                -------------------
 
419
 
 
420
 
 
421
 
 
422
 
 
423
 
 
424
                                     CITATION
 
425
                                     --------
 
426
                Please cite the following reference when publishing
 
427
                           results obtained with NWChem:
 
428
 
 
429
                 M. Valiev, E.J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski,
 
430
              T.P. Straatsma, H.J.J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha,
 
431
                        E. Apra, T.L. Windus, W.A. de Jong
 
432
                 "NWChem: a comprehensive and scalable open-source
 
433
                  solution for large scale molecular simulations"
 
434
                      Comput. Phys. Commun. 181, 1477 (2010)
 
435
                           doi:10.1016/j.cpc.2010.04.018
 
436
 
 
437
                              AUTHORS & CONTRIBUTORS
 
438
                              ----------------------
 
439
      E. J. Bylaska, W. A. de Jong, N. Govind, K. Kowalski, T. P. Straatsma,
 
440
     M. Valiev, H. J. J. van Dam, D. Wang, E. Apra, T. L. Windus, J. Hammond,
 
441
     J. Autschbach, P. Nichols, S. Hirata, M. T. Hackler, Y. Zhao, P.-D. Fan,
 
442
      R. J. Harrison, M. Dupuis, D. M. A. Smith, K. Glaesemann, J. Nieplocha,
 
443
      V. Tipparaju, M. Krishnan, A. Vazquez-Mayagoitia, L. Jensen, M. Swart,
 
444
      Q. Wu, T. Van Voorhis, A. A. Auer, M. Nooijen, L. D. Crosby, E. Brown,
 
445
             G. Cisneros, G. I. Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao,
 
446
        R. Kendall, J. A. Nichols, K. Tsemekhman, K. Wolinski, J. Anchell,
 
447
       D. Bernholdt, P. Borowski, T. Clark, D. Clerc, H. Dachsel, M. Deegan,
 
448
        K. Dyall, D. Elwood, E. Glendening, M. Gutowski, A. Hess, J. Jaffe,
 
449
        B. Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield,
 
450
    X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Rosing, G. Sandrone,
 
451
       M. Stave, H. Taylor, G. Thomas, J. H. van Lenthe, A. Wong, Z. Zhang.
 
452
 
 
453
 Total times  cpu:        0.2s     wall:        0.3s