← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/nwchem/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/tools/ga-5-1/armci/src-gemini/armci.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Daniel Leidert, Andreas Tille, Michael Banck
  • Date: 2013-07-04 12:14:55 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130704121455-5tvsx2qabor3nrui
Tags: 6.3-1
http://bugs.debian.org/696361
* New upstream release.
* Fixes anisotropic properties (Closes: #696361).
* New features include:
  + Multi-reference coupled cluster (MRCC) approaches
  + Hybrid DFT calculations with short-range HF 
  + New density-functionals including Minnesota (M08, M11) and HSE hybrid
    functionals
  + X-ray absorption spectroscopy (XAS) with TDDFT
  + Analytical gradients for the COSMO solvation model
  + Transition densities from TDDFT 
  + DFT+U and Electron-Transfer (ET) methods for plane wave calculations
  + Exploitation of space group symmetry in plane wave geometry optimizations
  + Local density of states (LDOS) collective variable added to Metadynamics
  + Various new XC functionals added for plane wave calculations, including
    hybrid and range-corrected ones
  + Electric field gradients with relativistic corrections 
  + Nudged Elastic Band optimization method
  + Updated basis sets and ECPs 

[ Daniel Leidert ]
* debian/watch: Fixed.

[ Andreas Tille ]
* debian/upstream: References

[ Michael Banck ]
* debian/upstream (Name): New field.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Refreshed.
* debian/patches/06_statfs_kfreebsd.patch: Likewise.
* debian/patches/07_ga_target_force_linux.patch: Likewise.
* debian/patches/05_avoid_inline_assembler.patch: Removed, no longer needed.
* debian/patches/09_backported_6.1.1_fixes.patch: Likewise.
* debian/control (Build-Depends): Added gfortran-4.7 and gcc-4.7.
* debian/patches/10_force_gcc-4.7.patch: New patch, explicitly sets
  gfortran-4.7 and gcc-4.7, fixes test suite hang with gcc-4.8 (Closes:
  #701328, #713262).
* debian/testsuite: Added tests for COSMO analytical gradients and MRCC.
* debian/rules (MRCC_METHODS): New variable, required to enable MRCC methods.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/tools/ga-5-1/armci/src-gemini/armci.h
1
 
/*$id$*/
2
 
/* ARMCI header file */
3
 
#ifndef _ARMCI_H
4
 
#define _ARMCI_H   
5
 
 
6
 
/* for size_t */
7
 
#include <stdlib.h>
8
 
 
9
 
#if defined(__cplusplus) || defined(c_plusplus)
10
 
extern "C" {
11
 
#endif
12
 
 
13
 
typedef unsigned long long u64Int;
14
 
typedef long long s64Int;
15
 
 
16
 
extern int armci_sameclusnode(int proc);
17
 
 
18
 
typedef struct {
19
 
    void **src_ptr_array;
20
 
    void **dst_ptr_array;
21
 
    int  ptr_array_len;
22
 
    int bytes;
23
 
} armci_giov_t;
24
 
typedef long armci_size_t;
25
 
extern int armci_notify(int proc);
26
 
extern int armci_notify_wait(int proc,int *pval);
27
 
extern int ARMCI_Init(void);    /* initialize ARMCI */
28
 
extern int ARMCI_Init_args(int *argc, char ***argv);
29
 
extern void ARMCI_Barrier(void);    /* ARMCI Barrier*/
30
 
 
31
 
extern int ARMCI_Put(void *src, void* dst, int bytes, int proc);
32
 
extern int ARMCI_Put_flag(void *src, void* dst,int bytes,int *f,int v,int proc);
33
 
 
34
 
#define ARMCI_Put1(_s,_d,_b,_p) memcpy(_d,_s,_b), 0
35
 
 
36
 
extern int ARMCI_PutS(          /* strided put */
37
 
                void *src_ptr,        /* pointer to 1st segment at source*/ 
38
 
                int src_stride_arr[], /* array of strides at source */
39
 
                void* dst_ptr,        /* pointer to 1st segment at destination*/
40
 
                int dst_stride_arr[], /* array of strides at destination */
41
 
                int count[],          /* number of units at each stride level count[0]=bytes */
42
 
                int stride_levels,    /* number of stride levels */
43
 
                int proc              /* remote process(or) ID */
44
 
                );
45
 
 
46
 
extern int ARMCI_PutS_flag_dir(       /* put with flag that uses direct put */
47
 
                void *src_ptr,        /* pointer to 1st segment at source*/
48
 
                int src_stride_arr[], /* array of strides at source */
49
 
                void* dst_ptr,        /* pointer to 1st segment at destination*/
50
 
                int dst_stride_arr[], /* array of strides at destination */
51
 
                int count[],          /* number of segments at each stride 
52
 
                                         levels: count[0]=bytes*/
53
 
                int stride_levels,    /* number of stride levels */
54
 
                int *flag,            /* pointer to remote flag */
55
 
                int val,              /* value to set flag upon completion of
56
 
                                         data transfer */
57
 
                int proc              /* remote process(or) ID */
58
 
                );
59
 
 
60
 
extern int ARMCI_PutS_flag(
61
 
                void *src_ptr,        /* pointer to 1st segment at source*/
62
 
                int src_stride_arr[], /* array of strides at source */
63
 
                void* dst_ptr,        /* pointer to 1st segment at destination*/
64
 
                int dst_stride_arr[], /* array of strides at destination */
65
 
                int count[],          /* number of segments at each stride 
66
 
                                         levels: count[0]=bytes*/
67
 
                int stride_levels,    /* number of stride levels */
68
 
                int *flag,            /* pointer to remote flag */
69
 
                int val,              /* value to set flag upon completion of
70
 
                                         data transfer */
71
 
                int proc              /* remote process(or) ID */
72
 
                );
73
 
 
74
 
extern int ARMCI_Acc(int optype, void *scale, void *src, void *dst, int bytes, int proc);
75
 
 
76
 
extern int ARMCI_AccS(                /* strided accumulate */
77
 
                int  optype,          /* operation */
78
 
                void *scale,          /* scale factor x += scale*y */
79
 
                void *src_ptr,        /* pointer to 1st segment at source*/ 
80
 
                int src_stride_arr[], /* array of strides at source */
81
 
                void* dst_ptr,        /* pointer to 1st segment at destination*/
82
 
                int dst_stride_arr[], /* array of strides at destination */
83
 
                int count[],          /* number of units at each stride level count[0]=bytes */
84
 
                int stride_levels,    /* number of stride levels */
85
 
                int proc              /* remote process(or) ID */
86
 
                );
87
 
 
88
 
 
89
 
extern int ARMCI_Get(void *src, void* dst, int bytes, int proc);
90
 
 
91
 
extern int ARMCI_GetS(          /* strided get */
92
 
                void *src_ptr,        /* pointer to 1st segment at source*/ 
93
 
                int src_stride_arr[], /* array of strides at source */
94
 
                void* dst_ptr,        /* pointer to 1st segment at destination*/
95
 
                int dst_stride_arr[], /* array of strides at destination */
96
 
                int count[],          /* number of units at each stride level count[0]=bytes */
97
 
                int stride_levels,    /* number of stride levels */
98
 
                int proc              /* remote process(or) ID */
99
 
                );
100
 
 
101
 
extern int ARMCI_GetV( armci_giov_t darr[], /* descriptor array */
102
 
                int len,  /* length of descriptor array */
103
 
                int proc  /* remote process(or) ID */
104
 
              );
105
 
 
106
 
extern int ARMCI_PutV( armci_giov_t darr[], /* descriptor array */
107
 
                int len,  /* length of descriptor array */
108
 
                int proc  /* remote process(or) ID */
109
 
              );
110
 
 
111
 
extern int ARMCI_AccV( int op,       /* operation code */
112
 
                void *scale,         /* scaling factor for accumulate */
113
 
                armci_giov_t darr[], /* descriptor array */
114
 
                int len,             /* length of descriptor array */
115
 
                int proc             /* remote process(or) ID */
116
 
              );
117
 
 
118
 
extern int ARMCI_PutValueInt(int src,     /* value in a register to put     */
119
 
                             void *dst,   /* dest starting addr to put data */
120
 
                             int proc     /* remote process (or) ID         */
121
 
                             );
122
 
 
123
 
extern int ARMCI_PutValueLong(long src,   /* value in a register to put     */
124
 
                              void *dst,  /* dest starting addr to put data */
125
 
                              int proc    /* remote process (or) ID         */
126
 
                              );
127
 
 
128
 
extern int ARMCI_PutValueFloat(float src, /* value in a register to put     */
129
 
                               void *dst, /* dest starting addr to put data */
130
 
                               int proc   /* remote process (or) ID         */
131
 
                               );
132
 
 
133
 
extern int ARMCI_PutValueDouble(double src,/* value in a register to put     */
134
 
                                void *dst, /* dest starting addr to put data */
135
 
                                int proc   /* remote process (or) ID         */
136
 
                                );
137
 
 
138
 
extern int ARMCI_GetValueInt(void *src, int proc);
139
 
extern long ARMCI_GetValueLong(void *src, int proc);
140
 
extern float ARMCI_GetValueFloat(void *src, int proc);     
141
 
extern double ARMCI_GetValueDouble(void *src, int proc);     
142
 
 
143
 
 
144
 
extern int ARMCI_Malloc(void* ptr_arr[], armci_size_t bytes);
145
 
extern int ARMCI_Free(void *ptr);
146
 
extern void* ARMCI_Malloc_local(armci_size_t bytes);
147
 
extern int ARMCI_Free_local(void *ptr);
148
 
extern int ARMCI_Same_node(int proc);
149
 
 
150
 
extern void ARMCI_Finalize();    /* terminate ARMCI */
151
 
extern void ARMCI_Error(char *msg, int code);
152
 
extern void ARMCI_Fence(int proc);
153
 
extern void ARMCI_DoFence(int proc);
154
 
extern void ARMCI_AllFence(void);
155
 
extern int  ARMCI_Rmw(int op, void *ploc, void *prem, int extra, int proc);
156
 
extern void ARMCI_Cleanup(void);
157
 
extern int ARMCI_Create_mutexes(int num);
158
 
extern int ARMCI_Destroy_mutexes(void);
159
 
extern void ARMCI_Lock(int mutex, int proc);
160
 
extern void ARMCI_Unlock(int mutex, int proc);
161
 
extern void ARMCI_Set_shm_limit(unsigned long shmemlimit);
162
 
extern int ARMCI_Uses_shm();
163
 
extern void ARMCI_Copy(void *src, void *dst, int n);
164
 
 
165
 
#define FAIL  -1
166
 
#define FAIL2 -2
167
 
#define FAIL3 -3
168
 
#define FAIL4 -4
169
 
#define FAIL5 -5
170
 
#define FAIL6 -6
171
 
#define FAIL7 -7
172
 
#define FAIL8 -8
173
 
 
174
 
#define ARMCI_SWAP 10
175
 
#define ARMCI_SWAP_LONG 11
176
 
#define ARMCI_FETCH_AND_ADD 12
177
 
#define ARMCI_FETCH_AND_ADD_LONG 13
178
 
 
179
 
#define ARMCI_ACC_OFF 36
180
 
#define ARMCI_ACC_INT (ARMCI_ACC_OFF + 1)
181
 
#define ARMCI_ACC_DBL (ARMCI_ACC_OFF + 2)
182
 
#define ARMCI_ACC_FLT (ARMCI_ACC_OFF + 3)
183
 
#define ARMCI_ACC_CPL (ARMCI_ACC_OFF + 4)
184
 
#define ARMCI_ACC_DCP (ARMCI_ACC_OFF + 5)
185
 
#define ARMCI_ACC_LNG (ARMCI_ACC_OFF + 6)
186
 
#define ARMCI_ACC_RA  (ARMCI_ACC_OFF + 7)
187
 
 
188
 
#define ARMCI_MAX_STRIDE_LEVEL 8
189
 
 
190
 
#ifdef BGML     
191
 
#define ARMCI_CRITICAL_SECTION_ENTER() BGML_CriticalSection_enter();
192
 
#define ARMCI_CRITICAL_SECTION_EXIT()  BGML_CriticalSection_exit();
193
 
#else
194
 
#define ARMCI_CRITICAL_SECTION_ENTER()
195
 
#define ARMCI_CRITICAL_SECTION_EXIT()     
196
 
#endif    
197
 
 
198
 
/************ locality information **********************************************/
199
 
typedef int armci_domain_t;
200
 
#define ARMCI_DOMAIN_SMP 0        /* SMP node domain for armci_domain_XXX calls */
201
 
extern int armci_domain_nprocs(armci_domain_t domain, int id);
202
 
extern int armci_domain_id(armci_domain_t domain, int glob_proc_id);
203
 
extern int armci_domain_glob_proc_id(armci_domain_t domain, int id, int loc_proc_id);
204
 
extern int armci_domain_my_id(armci_domain_t domain);
205
 
extern int armci_domain_count(armci_domain_t domain);
206
 
extern int armci_domain_same_id(armci_domain_t domain, int proc);
207
 
extern int armci_smp_master(int);
208
 
 
209
 
 
210
 
/* PVM group
211
 
 * On CrayT3E: the default group is the global group which is (char *)NULL
212
 
 *             It is the only working group.
213
 
 * On Workstations: the default group is "mp_working_group". User can set
214
 
 *                  the group name by calling the ARMCI_PVM_init (defined
215
 
 *                  in message.c) and passing the group name to the library.
216
 
 */
217
 
 
218
 
extern char *mp_group_name;
219
 
 
220
 
/*********************stuff for non-blocking API******************************/
221
 
/*\ the request structure for non-blocking api. 
222
 
\*/
223
 
typedef struct{
224
 
#ifdef BGML 
225
 
    int data[4]; /* tag, bufid, agg_flag, op, proc */
226
 
    double dummy[72]; /* bg1s_t, count, extra */
227
 
#else
228
 
    int data[4];
229
 
#if defined(_AIX) 
230
 
#   if defined(__64BIT__)
231
 
    double dummy[27]; /*lapi_cntr_t is 200 bytes, using 216 just to be safe*/ 
232
 
#   else
233
 
    double dummy[24]; /*lapi_cntr_t is 148 bytes, using 166 just to be safe*/ 
234
 
#   endif
235
 
#elif defined(ALLOW_PIN)
236
 
    void *dummy[2];/*2 cause itshould be aligned after we cast hdl_t to ihdl_t*/
237
 
#else
238
 
    double dummy;
239
 
#endif
240
 
#endif
241
 
} armci_hdl_t;
242
 
 
243
 
#define armci_req_t armci_hdl_t
244
 
 
245
 
typedef int ARMCI_Group;
246
 
 
247
 
extern void ARMCI_Group_create(int n, int *pid_list, ARMCI_Group *group_out);
248
 
extern void ARMCI_Group_create_child(int n, int *pid_list,
249
 
        ARMCI_Group *group_out, ARMCI_Group *group_parent);
250
 
extern void ARMCI_Group_free(ARMCI_Group *group);
251
 
extern int  ARMCI_Group_rank(ARMCI_Group *group, int *rank);
252
 
extern void ARMCI_Group_size(ARMCI_Group *group, int *size);
253
 
extern void ARMCI_Group_set_default(ARMCI_Group *group);
254
 
extern void ARMCI_Group_get_default(ARMCI_Group *group_out);
255
 
extern void ARMCI_Group_get_world(ARMCI_Group *group_out);
256
 
   
257
 
extern int ARMCI_Malloc_group(void *ptr_arr[], armci_size_t bytes,ARMCI_Group *group);
258
 
extern int ARMCI_Free_group(void *ptr, ARMCI_Group *group);
259
 
 
260
 
extern int ARMCI_NbPut(void *src, void* dst, int bytes, int proc,armci_hdl_t* nb_handle);
261
 
 
262
 
extern int ARMCI_NbPutS(          /* strided put */
263
 
                void *src_ptr,        /* pointer to 1st segment at source*/ 
264
 
                int src_stride_arr[], /* array of strides at source */
265
 
                void* dst_ptr,        /* pointer to 1st segment at destination*/
266
 
                int dst_stride_arr[], /* array of strides at destination */
267
 
                int count[],          /* number of units at each stride level count[0]=bytes */
268
 
                int stride_levels,    /* number of stride levels */
269
 
                int proc,             /* remote process(or) ID */
270
 
                armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking request handle*/
271
 
                );
272
 
 
273
 
extern int ARMCI_NbAccS(                /* strided accumulate */
274
 
                int  optype,          /* operation */
275
 
                void *scale,          /* scale factor x += scale*y */
276
 
                void *src_ptr,        /* pointer to 1st segment at source*/ 
277
 
                int src_stride_arr[], /* array of strides at source */
278
 
                void* dst_ptr,        /* pointer to 1st segment at destination*/
279
 
                int dst_stride_arr[], /* array of strides at destination */
280
 
                int count[],          /* number of units at each stride level count[0]=bytes */
281
 
                int stride_levels,    /* number of stride levels */
282
 
                int proc,             /* remote process(or) ID */
283
 
                armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking request handle*/
284
 
                );
285
 
 
286
 
extern int ARMCI_NbGet(void *src, void* dst, int bytes, int proc,armci_hdl_t* nb_handle);
287
 
 
288
 
extern int ARMCI_NbGetS(          /* strided get */
289
 
                void *src_ptr,        /* pointer to 1st segment at source*/ 
290
 
                int src_stride_arr[], /* array of strides at source */
291
 
                void* dst_ptr,        /* pointer to 1st segment at destination*/
292
 
                int dst_stride_arr[], /* array of strides at destination */
293
 
                int count[],          /* number of units at each stride level count[0]=bytes */
294
 
                int stride_levels,    /* number of stride levels */
295
 
                int proc,             /* remote process(or) ID */
296
 
                armci_hdl_t* nb_handler/*armci_non-blocking request handle*/
297
 
                );
298
 
 
299
 
extern int ARMCI_NbGetV( armci_giov_t darr[], /* descriptor array */
300
 
                int len,  /* length of descriptor array */
301
 
                int proc,  /* remote process(or) ID */
302
 
                armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking request handle*/
303
 
              );
304
 
 
305
 
extern int ARMCI_NbPutV( armci_giov_t darr[], /* descriptor array */
306
 
                int len,  /* length of descriptor array */
307
 
                int proc,  /* remote process(or) ID */
308
 
                armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking request handle*/
309
 
              );
310
 
 
311
 
extern int ARMCI_NbAccV( int op,       /* operation code */
312
 
                void *scale,         /* scaling factor for accumulate */
313
 
                armci_giov_t darr[], /* descriptor array */
314
 
                int len,             /* length of descriptor array */
315
 
                int proc,             /* remote process(or) ID */
316
 
                armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking request handle*/
317
 
              );
318
 
 
319
 
extern int ARMCI_NbPutValueInt(int src,   /* value in a register to put     */
320
 
                               void *dst, /* dest starting addr to put data */
321
 
                               int proc,  /* remote process (or) ID         */
322
 
                               armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking 
323
 
                                                       request handle       */
324
 
                               );
325
 
 
326
 
extern int ARMCI_NbPutValueLong(long src,  /* value in a register to put     */
327
 
                                void *dst, /* dest starting addr to put data */
328
 
                                int proc,  /* remote process (or) ID         */
329
 
                                armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking 
330
 
                                                        request handle       */
331
 
                                );
332
 
 
333
 
extern int ARMCI_NbPutValueFloat(float src,/* value in a register to put     */
334
 
                                 void *dst,/* dest starting addr to put data */
335
 
                                 int proc, /* remote process (or) ID         */
336
 
                                 armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking 
337
 
                                                         request handle      */
338
 
                                 );
339
 
 
340
 
extern int ARMCI_NbPutValueDouble(double src,/* value in a register to put   */
341
 
                                  void *dst,/* dest starting addr to put data*/
342
 
                                  int proc,   /* remote process (or) ID      */
343
 
                                  armci_hdl_t* nb_handle /*armci_non-blocking 
344
 
                                                          request handle     */
345
 
                                  );
346
 
 
347
 
extern int ARMCI_Wait(armci_hdl_t* nb_handle); /*non-blocking request handle*/
348
 
 
349
 
extern int ARMCI_Test(armci_hdl_t* nb_handle); /*non-blocking request handle*/
350
 
 
351
 
extern int ARMCI_WaitAll (void);
352
 
 
353
 
extern int ARMCI_WaitProc (int proc);
354
 
 
355
 
extern void ARMCI_SET_AGGREGATE_HANDLE(armci_hdl_t* nb_handle);
356
 
 
357
 
extern void ARMCI_UNSET_AGGREGATE_HANDLE(armci_hdl_t* nb_handle);
358
 
 
359
 
#define ARMCI_INIT_HANDLE(hdl) do {((double *)((hdl)->data))[0]=0; \
360
 
  ((double *)((hdl)->data))[1]=0; }while(0)
361
 
 
362
 
/* -------------- ARMCI Non-collective memory allocator ------------- */
363
 
typedef struct armci_meminfo_ds {
364
 
  char    * armci_addr;   /* remote address of the creator which can be
365
 
                               used in ARMCI communication */
366
 
  char     *addr;         /* local address of creator which can be used in
367
 
                               to set SMP memoffset, armci_set_mem_offset() */
368
 
  size_t    size;         /* size of remote pid's segment (bytes) */
369
 
  int       cpid;         /* armci pid of creator  */
370
 
  long      idlist[64];
371
 
} armci_meminfo_t;
372
 
 
373
 
extern void ARMCI_Memget(size_t bytes, armci_meminfo_t *meminfo, int memflg);
374
 
  
375
 
extern void* ARMCI_Memat(armci_meminfo_t *meminfo, long offset);
376
 
  
377
 
extern void ARMCI_Memdt(armci_meminfo_t *meminfo, int memflg);
378
 
  
379
 
extern void ARMCI_Memctl(armci_meminfo_t *meminfo);
380
 
  
381
 
/* ------------------- ARMCI Checkpointing/Recovery ----------------- */
382
 
#ifdef DO_CKPT
383
 
#define ARMCI_CKPT    0
384
 
#define ARMCI_RESTART 1
385
 
typedef struct {
386
 
        void **ptr_arr;
387
 
        size_t *sz;
388
 
        int *saveonce;
389
 
        int count;
390
 
}armci_ckpt_ds_t;
391
 
void ARMCI_Ckpt_create_ds(armci_ckpt_ds_t *ckptds, int count);
392
 
int ARMCI_Ckpt_init(char *filename, ARMCI_Group *grp, int savestack, int saveheap, armci_ckpt_ds_t *ckptds);
393
 
int ARMCI_Ckpt(int rid);
394
 
void ARMCI_Ckpt_finalize(int rid);
395
 
#define ARMCI_Restart_simulate armci_irecover
396
 
# ifdef MPI
397
 
    ARMCI_Group * ARMCI_Get_ft_group();
398
 
# endif
399
 
#endif
400
 
 
401
 
/* ------------------------------------------------------------------ */
402
 
 
403
 
 
404
 
#if defined(__cplusplus) || defined(c_plusplus)
405
 
}
406
 
#endif
407
 
 
408
 
#endif /* _ARMCI_H */
409
 
 
410