← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/nwchem/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/tools/ga-5-2/global/examples/md_cluster/common.fh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Daniel Leidert, Andreas Tille, Michael Banck
  • Date: 2013-07-04 12:14:55 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130704121455-5tvsx2qabor3nrui
Tags: 6.3-1
http://bugs.debian.org/696361
* New upstream release.
* Fixes anisotropic properties (Closes: #696361).
* New features include:
  + Multi-reference coupled cluster (MRCC) approaches
  + Hybrid DFT calculations with short-range HF 
  + New density-functionals including Minnesota (M08, M11) and HSE hybrid
    functionals
  + X-ray absorption spectroscopy (XAS) with TDDFT
  + Analytical gradients for the COSMO solvation model
  + Transition densities from TDDFT 
  + DFT+U and Electron-Transfer (ET) methods for plane wave calculations
  + Exploitation of space group symmetry in plane wave geometry optimizations
  + Local density of states (LDOS) collective variable added to Metadynamics
  + Various new XC functionals added for plane wave calculations, including
    hybrid and range-corrected ones
  + Electric field gradients with relativistic corrections 
  + Nudged Elastic Band optimization method
  + Updated basis sets and ECPs 

[ Daniel Leidert ]
* debian/watch: Fixed.

[ Andreas Tille ]
* debian/upstream: References

[ Michael Banck ]
* debian/upstream (Name): New field.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Refreshed.
* debian/patches/06_statfs_kfreebsd.patch: Likewise.
* debian/patches/07_ga_target_force_linux.patch: Likewise.
* debian/patches/05_avoid_inline_assembler.patch: Removed, no longer needed.
* debian/patches/09_backported_6.1.1_fixes.patch: Likewise.
* debian/control (Build-Depends): Added gfortran-4.7 and gcc-4.7.
* debian/patches/10_force_gcc-4.7.patch: New patch, explicitly sets
  gfortran-4.7 and gcc-4.7, fixes test suite hang with gcc-4.8 (Closes:
  #701328, #713262).
* debian/testsuite: Added tests for COSMO analytical gradients and MRCC.
* debian/rules (MRCC_METHODS): New variable, required to enable MRCC methods.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/tools/ga-5-2/global/examples/md_cluster/common.fh
 
1
c
 
2
c                                   NOTICE
 
3
c
 
4
c   This software is being made available for internal testing and
 
5
c   evaluation purposes only. This software is a pre-release test version
 
6
c   which has not yet been authenticated and cleared for publication. Adherence
 
7
c   to this notice may be necessary for the author, Battelle Memorial
 
8
c   Institute, to successfully assert copyright in and commercialize this
 
9
c   software. This software is not intended for duplication or distribution
 
10
c   to third parties without the permission of the Manager of Software
 
11
c   Products at Pacific Northwest Laboratory, Richland, Washington,  99352.
 
12
c
 
13
      implicit none
 
14
#include "mafdecls.fh"
 
15
#include "global.fh"
 
16
#ifdef MPI
 
17
#   include "mpif.h"
 
18
#else
 
19
#   include "tcgmsg.fh"
 
20
#endif
 
21
      integer MAXNRG,MAXNB,MAXAT,MAXTIM
 
22
      integer NSTES,NSTDF
 
23
      integer MD_MAXPROC,MAXBINS
 
24
      parameter (MAXNRG=50, MAXNB=100)
 
25
      parameter (MAXAT = 40000)
 
26
      parameter (MAXTIM=50)
 
27
      parameter (NSTES=1000)
 
28
      parameter (MAXBINS = 2000)
 
29
      parameter (MD_MAXPROC=1024)
 
30
c
 
31
c   Arrays containing locally held atoms and their properties. atot is
 
32
c   the total number of atoms and antot is the number of locally held
 
33
c   atoms. aidx is an array containing the absolute atomic index of
 
34
c   each locally held atom. at is an array containing an index to the
 
35
c   atom type, and ra is an array containing the coordinates, velocities,
 
36
c   and forces of each locally held atom. The array ra contains
 
37
c        ra(i,j,1): periodic coordinates that all are within the
 
38
c                   simulation cell
 
39
c        ra(i,j,2): velocities
 
40
c        ra(i,j,3): accelerations
 
41
c        ra(i,j,4): forces (not including constraint forces)
 
42
c        ra(i,j,5): momentum
 
43
c        ra(i,j,6): absolute coordinates
 
44
c        ra(i,j,7): complete forces from previous timestep
 
45
c        ra(i,j,8): temporary storage to construct accelations with
 
46
c                   constraints
 
47
c
 
48
      common /syspar/ ra(MAXAT,3,8),mass(MAXAT),at(MAXAT),aidx(MAXAT),
 
49
     +                atot,antot
 
50
      double precision ra,mass
 
51
      integer at,aidx,atot,antot
 
52
c
 
53
c   Global array handles and utility arrays for moving data around
 
54
c
 
55
      common /ga_data/ g_size, gsize_lo(0:MD_MAXPROC), gsize_hi,
 
56
     +                 g_coords, gcoords_lo(2,0:MD_MAXPROC),
 
57
     +                 gcoords_hi(2),
 
58
     +                 g_frc, gfrc_lo(2,0:MD_MAXPROC), gfrc_hi(2),
 
59
     +                 g_acc, gacc_lo(2,0:MD_MAXPROC), gacc_hi(2),
 
60
     +                 g_index, gindex_lo(0:MD_MAXPROC), gindex_hi,
 
61
     +                 g_iat, giat_lo(2,0:MD_MAXPROC), giat_hi(2),
 
62
     +                 g_rvec, grvec_lo(0:MD_MAXPROC), grvec_hi
 
63
      integer g_size, gsize_lo, gsize_hi, g_coords,gcoords_lo,
 
64
     +        gcoords_hi, g_frc, gfrc_hi, gfrc_lo, g_acc, gacc_lo,
 
65
     +        gacc_hi, g_index, gindex_lo, gindex_hi, g_iat, giat_hi,
 
66
     +        giat_lo, g_rvec, grvec_lo, grvec_hi
 
67
      common /md_par/ tau,dftmp,dfprs,dftm,dfpm,rsc(20,4),
 
68
     +                tmprtr,prssr,tmass,pmass,tvol,tavg,tmstrt,
 
69
     +                nsc,nstep,istep,ilist,dflalg,isc(20,4),istart,
 
70
     +                istop,tmpflg,prsflg,ptflg,istat,itarg,itavg,
 
71
     +                ipmode,iseed,mbflg,cmflg
 
72
      double precision tau,dftmp,dfprs,dftm,dfpm,rsc,
 
73
     +                tmprtr,prssr,tmass,pmass,tvol,tavg
 
74
      integer tmstrt,nsc,nstep,istep,ilist,dflalg,isc
 
75
      integer istart,istop,istat,itarg
 
76
      integer itavg,ipmode,iseed
 
77
      logical tmpflg,prsflg,ptflg,mbflg,cmflg
 
78
      common /simpar/ xbox,ybox,zbox,xbox2,ybox2,zbox2,
 
79
     +                vol1,vol2,vol3,scal1,scal2,scal3,
 
80
     +                alen1(3),alen2(3),alen3(3)
 
81
      double precision xbox,ybox,zbox,xbox2,ybox2,zbox2,
 
82
     +       vol1,vol2,vol3,scal1,scal2,scal3,alen1,alen2,alen3
 
83
      common /nrgpar/ nrg(MAXNRG),anrg(MAXNRG),anrg2(MAXNRG),
 
84
     +                presf,presfx,presfy,presfz,esvr,esvd,esvoh,
 
85
     +                esva,asev(MAXAT),nrgcnt,nrg2ct
 
86
      double precision nrg,anrg,anrg2,presf,esvr,esvd,esvoh,esva,asev,
 
87
     +       presfx,presfy,presfz
 
88
      integer nrgcnt,nrg2ct
 
89
      common /apars/ amass(50),e12(50,50),e6(50,50),
 
90
     +               dcorr(50,50),rcorr(50,50),
 
91
     +               frcorr(50,50),fdcorr(50,50),
 
92
     +               rcut,acut(50,50),acut2(50,50),rcmax,icut,atnum
 
93
      double precision amass,e12,e6,dcorr,rcorr,frcorr,fdcorr,acut,rcut,
 
94
     +               acut2,rcmax
 
95
      integer icut,atnum
 
96
      common /md_timer/ tmstat(MAXTIM)
 
97
      double precision tmstat
 
98
      common /espar/ pmvac(NSTES),tmvac(NSTES),ipmvac(NSTES),
 
99
     +               itmvac(NSTES),esinc,esstps,esflg
 
100
      double precision pmvac,tmvac
 
101
      integer ipmvac,itmvac,esinc,esstps
 
102
      logical esflg
 
103
c
 
104
c   coordinates of atoms that are not held locally are stored in xcrc,
 
105
c   ycrd, zcrd, similarly, forces for atoms not held locally are stored
 
106
c   in xfrc, yfrc, zfrc
 
107
c
 
108
      common /md_buffer/xcrd(MAXAT),ycrd(MAXAT),zcrd(MAXAT),xfrc(MAXAT),
 
109
     +                  yfrc(MAXAT),zfrc(MAXAT),xacc(MAXAT),yacc(MAXAT),
 
110
     +                  zacc(MAXAT),mbuf(MAXAT),bidx(MAXAT),bat(MAXAT),
 
111
     +                  btot,savtot
 
112
      double precision xcrd,ycrd,zcrd,xfrc,yfrc,zfrc,xacc,yacc,zacc,mbuf
 
113
      integer bidx,bat,btot,savtot
 
114
c
 
115
      common /md_cell/rcell,kcmax,nix(2000),niy(2000),niz(2000)
 
116
      double precision rcell
 
117
      integer kcmax,nix,niy,niz
 
118
c
 
119
c   the xgru, xgrd etc. buffers keep track of which atoms are within a
 
120
c   cutoff distance of the upper (u) and lower (d) boundaries of the
 
121
c   cell. The ygbu, ygbd etc. buffers keep track of which buffer atoms
 
122
c   are within a cutoff distance of the boundaries (these buffers are
 
123
c   not needed for the x-direction updates). The ygbu, etc. buffers are
 
124
c   used in the gather routine. The ysbu, etc. buffers are used in a
 
125
c   similar way in the scatter routine.
 
126
c
 
127
      common /svlist/ xgru(MAXAT),xgrd(MAXAT),ygru(MAXAT),ygrd(MAXAT),
 
128
     +                zgru(MAXAT),zgrd(MAXAT),
 
129
     +                ygbu(MAXAT),ygbd(MAXAT),zgbu(MAXAT),zgbd(MAXAT),
 
130
     +                xsbu(MAXAT),xsbd(MAXAT),ysbu(MAXAT),ysbd(MAXAT),
 
131
     +                zsbu(MAXAT),zsbd(MAXAT),
 
132
     +                clist(6,MAXAT),
 
133
     +                ixgru,ixgrd,iygru,iygrd,izgru,izgrd,
 
134
     +                iygbu,iygbd,izgbu,izgbd
 
135
      integer xgru,xgrd,ygru,ygrd,zgru,zgrd,
 
136
     +        ygbu,ygbd,zgbu,zgbd,
 
137
     +        ixgru,ixgrd,iygru,iygrd,izgru,izgrd,
 
138
     +        iygbu,iygbd,izgbu,izgbd,ixsbu,ixsbd,iysbu,iysbd,
 
139
     +        izsbu,izsbd
 
140
      logical xsbu,xsbd,ysbu,ysbd,zsbu,zsbd
 
141
      logical clist
 
142
c
 
143
      common /neighbors/ nblist(MAXAT*MAXNB),nalast(MAXAT),
 
144
     +                   nblast(MAXAT),nafirst(MAXAT),nbfirst(MAXAT),
 
145
     +                   blist(3*MAXAT),balast(MAXAT),
 
146
     +                   bblast(MAXAT),bafirst(MAXAT),bbfirst(MAXAT)
 
147
      integer nblist,nalast,nblast,nafirst,nbfirst
 
148
      integer blist,balast,bblast,bafirst,bbfirst
 
149
c
 
150
      common /clusterpar/ cl_cmx, cl_cmy, cl_cmz, r_cluster, cl_sep,
 
151
     +                    cl_vcmx, cl_vcmy, cl_vcmz,
 
152
     +                    cl_acmx, cl_acmy, cl_acmz,
 
153
     +                    cl_prssr, cl_mass, r_cluster_old,
 
154
     +                    cl_old(MAXAT,3,3), cl_cm_old(3),
 
155
     +                    cl_vcm_old(3), cl_vol1_old, cl_vol2_old,
 
156
     +                    cl_box_old(3), cl_alen1_old(3),
 
157
     +                    cl_alen2_old(3), cl_scal1_old, cl_scal2_old,
 
158
     +                    cl_at(MAXAT), cl_tot, ctot, nocluster
 
159
      double precision cl_cmx, cl_cmy, cl_cmz, r_cluster, cl_sep,
 
160
     +                 cl_vcmx, cl_vcmy, cl_vcmz,
 
161
     +                 cl_acmx, cl_acmy, cl_acmz,
 
162
     +                 cl_prssr, cl_mass, cl_old, r_cluster_old,
 
163
     +                 cl_cm_old, cl_vcm_old, cl_vol1_old, cl_vol2_old,
 
164
     +                 cl_box_old, cl_alen1_old, cl_alen2_old,
 
165
     +                 cl_scal1_old, cl_scal2_old 
 
166
      integer cl_at, ctot, cl_tot
 
167
      logical nocluster
 
168
      common /solventpar/ sl_old(MAXAT,3,3),sl_at(MAXAT),sl_tot
 
169
      double precision sl_old
 
170
      integer sl_at, sl_tot
 
171
      common /equil_protocol/ r_confine, equil_1, equil_2, equil_3,
 
172
     +                        window_1, window_2
 
173
      double precision r_confine
 
174
      integer equil_1, equil_2, equil_3, window_1, window_2
 
175
      common /cllsnpar/ mmass, cllsn_idx, l_cllsn, cllsn_cnt,
 
176
     +                  cllsn_isav, failcount
 
177
      double precision mmass
 
178
      integer cllsn_idx, cllsn_cnt, cllsn_isav, failcount
 
179
      logical l_cllsn
 
180
      common /mcpar/ cl_lower, cl_upper, mc_step, mc_tmprtr, mc_dr,
 
181
     +               r_distr(0:MAXBINS,10), r_cnt(10), mcbins, mcfreq,
 
182
     +               mc_cnt, mc_start
 
183
      double precision cl_lower, cl_upper, mc_step, mc_tmprtr, mc_dr
 
184
      integer r_distr, r_cnt, mcbins, mcfreq, mc_cnt, mc_start
 
185
      common /taskpar/ task_id, g_counter
 
186
      integer task_id, g_counter
 
187
      common /iopar/ l_stdio, l_rad, l_rst, l_step, l_oldcfg
 
188
      logical l_stdio, l_rad, l_rst, l_step, l_oldcfg
 
189
      common /adapt/ t_done, t_rmndr
 
190
      double precision t_done, t_rmndr
 
191
      common /hashpar/ link_a(MAXAT), top_a(MAXAT), hash_key_a(MAXAT),
 
192
     +                 hash_value_a(MAXAT), a_cnt
 
193
      integer link_a, top_a, hash_key_a, hash_value_a, a_cnt