← Back to branch summary

~vibhavp/ubuntu/raring/debian-med/merge-from-debian

« back to all changes in this revision

Viewing changes to docs/bio-dev/mcl.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
docs/bio-dev/mcl.txt
1
 
MCL: Markov Cluster algorithm
2
 
 
3
 
Some information about mcl from the Debian-Med project.
4
 
 
5
 
 The MCL package is an implementation of the MCL algorithm, and offers
6
 
 utilities for manipulating sparse matrices (the essential data
7
 
 structure in the MCL algorithm) and conducting cluster experiments.
8
 
 
9
 
 MCL is currently being used in sciences like biology (protein family
10
 
 detection, genomics), computer sciense (node clustering in
11
 
 Peer-to-Peer networks), and linguistics (text analysis).
12
 
 
13
 
 Homepage: http://micans.org/mcl/
14
 
        
15
 
An overview about the various tools are given by the following manpages:
16
 
 
17
 
     man mcx
18
 
     man clmimac
19
 
     man clmmate
20
 
     man clmmeet
21
 
     man clmformat
22
 
     man clmdist
23
 
     man clminfo
24
 
     man mcxconvert
25
 
     man mcxassemble
26
 
     man mcxmap
27
 
     man mcxsubs
28
 
     man mcxarray
29
 
     man mcxdeblast
30
 
     man mclblastline
31
 
     man mcl
32
 
     man clmresidue
33
 
     man mclpipeline