← Back to branch summary

~vibhavp/ubuntu/raring/debian-med/merge-from-debian

« back to all changes in this revision

Viewing changes to menu/bio/muscle.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
menu/bio/muscle.txt
 
1
Multiple alignment program of protein sequences
 
2
 
 
3
Some information about Muscle from the Debian-Med project.
 
4
 
 
5
MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE
 
6
stands for multiple sequence comparison by log-expectation.  In the
 
7
authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested
 
8
programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of
 
9
the fastest programs out there.
 
10
 
 
11
Homepage: http://www.drive5.com/muscle
 
12
 
 
13
Basic usage
 
14
 
 
15
    muscle -in <inputfile> -out <outputfile>
 
16
 
 
17
Common options (for a complete list please see the User Guide):
 
18
 
 
19
    -in <inputfile>    Input file in FASTA format (default stdin)
 
20
    -out <outputfile>  Output alignment in FASTA format (default stdout)
 
21
    -diags             Find diagonals (faster for similar sequences)
 
22
    -maxiters <n>      Maximum number of iterations (integer, default 16)
 
23
    -maxhours <h>      Maximum time to iterate in hours (default no limit)
 
24
    -maxmb <m>         Maximum memory to allocate in Mb (default 80% of RAM)
 
25
    -html              Write output in HTML format (default FASTA)
 
26
    -msf               Write output in GCG MSF format (default FASTA)
 
27
    -clw               Write output in CLUSTALW format (default FASTA)
 
28
    -clwstrict         As -clw, with 'CLUSTAL W (1.81)' header
 
29
    -log[a] <logfile>  Log to file (append if -loga, overwrite if -log)
 
30
    -quiet             Do not write progress messages to stderr
 
31
    -stable            Output sequences in input order (default is -group)
 
32
    -group             Group sequences by similarity (this is the default)
 
33
    -version           Display version information and exit
 
34
 
 
35
Without refinement (very fast, avg accuracy similar to T-Coffee): -maxiters 2
 
36
Fastest possible (amino acids): -maxiters 1 -diags -sv -distance1 kbit20_3
 
37
Fastest possible (nucleotides): -maxiters 1 -diags
 
38
 
 
39
See also:  man muscle