← Back to branch summary

~vibhavp/ubuntu/raring/debian-med/merge-from-debian

« back to all changes in this revision

Viewing changes to menu/bio/glimmer.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
menu/bio/glimmer.txt
 
1
Tigr Glimmer: Gene detection in archea and bacteria
 
2
 
 
3
Some information about tigr-glimmer from the Debian-Med project.
 
4
 
 
5
 Developed by the TIGR institute this software detects coding sequences in
 
6
 bacteria and archea.
 
7
 
 
8
 Glimmer is a system for finding genes in microbial DNA, especially the
 
9
 genomes of bacteria and archaea. Glimmer (Gene Locator and Interpolated
 
10
 Markov Modeler) uses interpolated Markov models (IMMs) to identify the
 
11
 coding regions and distinguish them from noncoding DNA.
 
12
 
 
13
 Homepage: http://www.tigr.org/software/glimmer/
 
14
 
 
15
An overview about the various tools are given by the following manpages:
 
16
 
 
17
     man glimmer2      (start with this)
 
18
     man build-icm
 
19
     man extract
 
20
     man long-orfs
 
21
     
 
22
More or less simple syntax help without detailed information is given by
 
23
 
 
24
     man adjust
 
25
     man anomaly
 
26
     man check
 
27
     man codon-usage
 
28
     man compare-lists
 
29
     man generate
 
30
     man get-len
 
31
     man run-glimmer2
 
32
     man get-putative