← Back to branch summary

~vibhavp/ubuntu/raring/debian-med/merge-from-debian

« back to all changes in this revision

Viewing changes to menu/bio/sim4.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
menu/bio/sim4.txt
 
1
Tool for aligning cDNA and genomic DNA
 
2
 
 
3
Some information about sim4 from the Debian-Med project.
 
4
 
 
5
 sim4 is a similarity-based tool for aligning an expressed DNA sequence
 
6
 (EST, cDNA, mRNA) with a genomic sequence for the gene. It also detects end
 
7
 matches when the two input sequences overlap at one end (i.e., the start of
 
8
 one sequence overlaps the end of the other).
 
9
 
 
10
 sim4 employs a blast-based technique to first determine the basic matching
 
11
 blocks representing the "exon cores". In this first stage, it detects all
 
12
 possible exact matches of W-mers (i.e., DNA words of size W) between the two
 
13
 sequences and extends them to maximal scoring gap-free segments. In the
 
14
 second stage, the exon cores are extended into the adjacent as-yet-unmatched
 
15
 fragments using greedy alignment algorithms, and heuristics are used to favor
 
16
 configurations that conform to the splice-site recognition signals (GT-AG,
 
17
 CT-AC). If necessary, the process is repeated with less stringent parameters
 
18
 on the unmatched fragments.
 
19
 
 
20
 
 
21
Homepage: http://www.bx.psu.edu/miller_lab/
 
22
 
 
23
Please read the man page of this project:
 
24
 
 
25
     man sim4