← Back to branch summary

~vibhavp/ubuntu/raring/debian-med/merge-from-debian

« back to all changes in this revision

Viewing changes to docs/bio/fastdnaml.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
docs/bio/fastdnaml.txt
1
 
FastDNAml: Construction of Phylogenetic Trees
2
 
 
3
 
Some information about fastDNAml from the Debian-Med project.
4
 
 
5
 
 fastdnaml provides tools for construction of phylogenetic trees of DNA sequences 
6
 
 
7
 
 fastDNAml is a program derived from Joseph Felsenstein's version 3.3 DNAML
8
 
 (part of his PHYLIP package).  Users should consult the documentation for
9
 
 DNAML before using this program.
10
 
 fastDNAml is an attempt to solve the same problem as DNAML, but to do so
11
 
 faster and using less memory, so that larger trees and/or more bootstrap
12
 
 replicates become tractable.  Much of fastDNAml is merely a recoding of the
13
 
 PHYLIP 3.3 DNAML program from PASCAL to C.
14
 
 
15
 
 For more detailed information see
16
 
 
17
 
   man fastDNAml
18
 
   man fastDNAml-util
19
 
   view /usr/share/doc/fastdnaml/fastDNAml_doc_1.2.txt.gz
20
 
 
21
 
 or test the examples under
22
 
 
23
 
   /usr/share/doc/fastdnaml/examples
24
 
 
25
 
 using the Makefile provided under
26
 
 
27
 
   /usr/share/doc/fastdnaml/examples/tests