← Back to branch summary

~vibhavp/ubuntu/raring/debian-med/merge-from-debian

« back to all changes in this revision

Viewing changes to menu/bio/mipe.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
menu/bio/mipe.txt
 
1
Tools to store PCR-derived data
 
2
 
 
3
Some information about mipe from the Debian-Med project.
 
4
 
 
5
 MIPE provides a standard format to exchange and/or storage of all
 
6
 information associated with PCR experiments using a flat text file. This will:
 
7
  * allow for exchange of PCR data between researchers/laboratories
 
8
  * enable traceability of the data
 
9
  * prevent problems when submitting data to dbSTS or dbSNP
 
10
  * enable the writing of standard scripts to extract data (e.g. a
 
11
    list of PCR primers, SNP positions or haplotypes for different animals)
 
12
 
 
13
 Although this tool can be used for data storage, it's primary focus
 
14
 should be data exchange. For larger reporisitories, relational databases
 
15
 are more appropriate for storage of these data. The MIPE format could
 
16
 then be used as a standard format to import into and/or export from
 
17
 these databases.
 
18
 
 
19
Homepage: http://mipe.sourceforge.net
 
20
 
 
21
You should also read the relevant man pages:
 
22
 
 
23
   man mipe06to07
 
24
   man mipe08to09
 
25
   man mipe0_9to1_0
 
26
   man mipe2dbSTS
 
27
   man mipe2fas
 
28
   man mipe2html
 
29
   man mipe2pcroverview
 
30
   man mipe2pcrprimers
 
31
   man mipe2putativesbeprimers
 
32
   man mipe2sbeprimers
 
33
   man mipe2snps
 
34
   man mipeCheckSanity
 
35
   man removePcrFromMipe
 
36
   man removeSbeFromMipe
 
37
   man sbe2mipe
 
38
   man snp2mipe
 
39
   man snpPosOnDesign
 
40
   man snpPosOnSource
 
41
   man csv2mipe
 
42
   man genotype2mipe
 
43
   man mipe2genotypes
 
44
   man removeSnpFromMipe