← Back to branch summary

~vibhavp/ubuntu/raring/debian-med/merge-from-debian

« back to all changes in this revision

Viewing changes to menu/bio/poa.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
menu/bio/poa.txt
 
1
Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
 
2
 
 
3
Some information about t-coffee from the Debian-Med project.
 
4
 
 
5
 POA is Partial Order Alignment, a fast program for multiple sequence
 
6
 alignment (MSA) in bioinformatics. Its advantages are speed,
 
7
 scalability, sensitivity, and the superior ability to handle branching
 
8
 / indels in the alignment. Partial order alignment is an approach to
 
9
 MSA, which can be combined with existing methods such as progressive
 
10
 alignment. POA optimally aligns a pair of MSAs and which therefore can
 
11
 be applied directly to progressive alignment methods such as CLUSTAL.
 
12
 For large alignments, Progressive POA is 10-30 times faster than
 
13
 CLUSTALW. POA is published in Bioinformatics. 2004 Jul
 
14
 10;20(10):1546-56.
 
15
 
 
16
See also: man poa
 
17
 
 
18
Homepage: http://www.bioinformatics.ucla.edu/poa