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Viewing changes to menu/bio/phylip.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

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added added

removed removed

Lines of Context:
menu/bio/phylip.txt
 
1
Some information about Phylip from the Debian-Med project.
 
2
 
 
3
  A package of programs for inferring phylogenies.
 
4
 
 
5
  The PHYLogeny Inference Package is a package of programs for inferring
 
6
  phylogenies (evolutionary trees) from sequences.
 
7
  Methods that are available in the package include parsimony, distance
 
8
  matrix, and likelihood methods, including bootstrapping and consensus
 
9
  trees. Data types that can be handled include molecular sequences, gene
 
10
  frequencies, restriction sites, distance matrices, and 0/1 discrete
 
11
  characters.
 
12
 
 
13
If you call phylip in a text console you get some help:
 
14
 
 
15
 Usage: /usr/bin/phylip <program>
 
16
   Existing programs are:
 
17
 clique   dnacomp   dnamlk    dollop    drawtree  kitsch    penny     retree
 
18
 consense  dnadist   dnamove   dolmove  factor    mix       protdist  seqboot
 
19
 contml   dnainvar  dnapars   dolpenny  fitch     move      protpars
 
20
 contrast  dnaml     dnapenny  drawgram gendist   neighbor  restml
 
21
 
 
22
which is quite the same information as the Debian manpage of phylip
 
23
contains.
 
24
There is extensive documentation at /usr/share/doc/phylip and some
 
25
examples in the examples dir at this location.
 
26
            
 
 
b'\\ No newline at end of file'