← Back to branch summary

~vibhavp/ubuntu/raring/debian-med/merge-from-debian

« back to all changes in this revision

Viewing changes to docs/bio/glimmer.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2006-09-14 15:28:51 UTC
  • mfrom: (2.1.2 dapper)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060914152851-uk73iefm1uv1ts5i
Tags: 0.12
http://bugs.debian.org/385584
* Changed med-practice menu
  Closes: #385584
  Use menu entry for gnumed-client-debug that regards #389932.
  Note: gnumed-client-debug is not in the med-practice dependency
  list but it is suggested by gnumed-client.  So *if* the package
  is installed at the box then an additional menu item occures correctly
  in the Debian-Med menu.  If it is not installed, only gnumed-client
  is shown in the menu.
* med-bio: Added alternative to tree-puzzle as tree-ppuzzle
* Drop med-dent because odontolinux was removed from Debian
* med-bio: Added poa
           Moved vrom Suggests to Depends: seaview (now really free)
           Suggests: wise-doc
* med-imaging: Depends: libfslio0, libniftiio0, nifti-bin
               Suggests: 
* med-imaging-dev: Depends: libfslio0-dev, libniftiio0-dev
                   Suggests: libnifti-doc

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
docs/bio/glimmer.txt
1
 
Tigr Glimmer: Gene detection in archea and bacteria
2
 
 
3
 
Some information about tigr-glimmer from the Debian-Med project.
4
 
 
5
 
 Developed by the TIGR institute this software detects coding sequences in
6
 
 bacteria and archea.
7
 
 
8
 
 Glimmer is a system for finding genes in microbial DNA, especially the
9
 
 genomes of bacteria and archaea. Glimmer (Gene Locator and Interpolated
10
 
 Markov Modeler) uses interpolated Markov models (IMMs) to identify the
11
 
 coding regions and distinguish them from noncoding DNA.
12
 
 
13
 
 Homepage: http://www.tigr.org/software/glimmer/
14
 
 
15
 
An overview about the various tools are given by the following manpages:
16
 
 
17
 
     man glimmer2      (start with this)
18
 
     man build-icm
19
 
     man extract
20
 
     man long-orfs
21
 
     
22
 
More or less simple syntax help without detailed information is given by
23
 
 
24
 
     man adjust
25
 
     man anomaly
26
 
     man check
27
 
     man codon-usage
28
 
     man compare-lists
29
 
     man generate
30
 
     man get-len
31
 
     man run-glimmer2
32
 
     man get-putative