← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/ncbi-tools6/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to algo/blast/core/blast_gapalign.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
Re-merge with Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
algo/blast/core/blast_gapalign.h
1
 
/* $Id: blast_gapalign.h,v 1.63 2005/11/30 18:30:00 papadopo Exp $
 
1
/* $Id: blast_gapalign.h,v 1.65 2006/02/07 20:55:19 papadopo Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
46
46
extern "C" {
47
47
#endif
48
48
 
49
 
/** Diagonal distance between HSPs for which one can be considered included in 
50
 
   the other in Mega BLAST */
51
 
#define MB_DIAG_CLOSE 6 
52
 
 
53
49
/** Split subject sequences if longer than this */
54
50
#define MAX_DBSEQ_LEN 5000000 
55
51
 
68
64
   GapStateArrayStruct* state_struct; /**< Structure to keep extension 
69
65
                                                state information */
70
66
   GapEditScript* edit_script; /**< The traceback (gap) information */
71
 
   GapPrelimEditBlock *fwd_prelim_tback; /**< traceback from left extensions */
72
 
   GapPrelimEditBlock *rev_prelim_tback; /**< traceback from right extensions */
 
67
   GapPrelimEditBlock *fwd_prelim_tback; /**< traceback from right extensions */
 
68
   GapPrelimEditBlock *rev_prelim_tback; /**< traceback from left extensions */
73
69
   SGreedyAlignMem* greedy_align_mem;/**< Preallocated memory for the greedy 
74
70
                                         gapped extension */
75
71
   BlastGapDP* dp_mem; /**< scratch structures for dynamic programming */
102
98
BlastGapAlignStruct* 
103
99
BLAST_GapAlignStructFree(BlastGapAlignStruct* gap_align);
104
100
 
105
 
/** Mega BLAST function performing gapped alignment: 
106
 
 *  Sorts initial HSPs by diagonal; 
107
 
 *  For each HSP:
108
 
 *    - Removes HSP if it is included in another already extended HSP;
109
 
 *    - If required, performs ungapped extension;
110
 
 *    - Performs greedy gapped extension;
111
 
 *    - Saves qualifying HSPs with gapped information into an HSP list 
112
 
 *      structure.
113
 
 * @param program_number Not needed: added for prototype consistency.
114
 
 * @param query The query sequence [in]
115
 
 * @param query_info Query information structure, containing offsets into 
116
 
 *                   the concatenated sequence [in]
117
 
 * @param subject The subject sequence [in]
118
 
 * @param gap_align A placeholder for gapped alignment information and 
119
 
 *        score block. [in] [out]
120
 
 * @param score_params Options related to scoring alignments [in]
121
 
 * @param ext_params Options related to alignment extension [in]
122
 
 * @param hit_params Options related to saving HSPs [in]
123
 
 * @param init_hitlist Contains all the initial hits [in]
124
 
 * @param hsp_list_ptr List of HSPs with full extension information [out]
125
 
 * @param gapped_stats Return statistics (not filled if NULL) [out]
126
 
*/
127
 
Int2 BLAST_MbGetGappedScore(EBlastProgramType program_number, 
128
 
             BLAST_SequenceBlk* query, BlastQueryInfo* query_info, 
129
 
                BLAST_SequenceBlk* subject,
130
 
                BlastGapAlignStruct* gap_align,
131
 
                const BlastScoringParameters* score_params, 
132
 
                const BlastExtensionParameters* ext_params,
133
 
                const BlastHitSavingParameters* hit_params,
134
 
                BlastInitHitList* init_hitlist,
135
 
                BlastHSPList** hsp_list_ptr, BlastGappedStats* gapped_stats);
136
 
 
137
 
 
138
 
 
139
101
/** Performs gapped extension for all non-Mega BLAST programs, given
140
102
 * that ungapped extension has been done earlier.
141
103
 * Sorts initial HSPs by score (from ungapped extension);