← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/ncbi-tools6/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to object/objcode.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
Re-merge with Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
object/objcode.c
29
29
*   
30
30
* Version Creation Date: 4/1/91
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.10 $
 
32
* $Revision: 6.12 $
33
33
*
34
34
* File Description:  Object manager for module NCBI-SeqCode
35
35
*
41
41
*
42
42
*
43
43
* $Log: objcode.c,v $
 
44
* Revision 6.12  2006/04/28 15:05:11  kans
 
45
* removed O and J from ncbistdaa to avoid breaking some BLAST programs
 
46
*
 
47
* Revision 6.11  2006/01/31 22:30:53  kans
 
48
* added O for pyrrolysine and J for leu or ile ambiguity
 
49
*
44
50
* Revision 6.10  2004/04/01 13:43:07  lavr
45
51
* Spell "occurred", "occurrence", and "occurring"
46
52
*
828
834
"{ symbol \"G\", name \"Glycine\" },\n" \
829
835
"{ symbol \"H\", name \"Histidine\"} ,\n" \
830
836
"{ symbol \"I\", name \"Isoleucine\" },\n" \
831
 
"{ symbol \"\", name \"\" },\n" \
 
837
"{ symbol \"J\", name \"Leu or Ile\" },\n" \
832
838
"{ symbol \"K\", name \"Lysine\" },\n" \
833
839
"{ symbol \"L\", name \"Leucine\" },\n" \
834
840
"{ symbol \"M\", name \"Methionine\" },\n" \
835
841
"{ symbol \"N\", name \"Asparagine\"} ,\n" \
836
 
"{ symbol \"\", name \"\" },\n" \
 
842
"{ symbol \"O\", name \"Pyrrolysine\" },\n" \
837
843
"{ symbol \"P\", name \"Proline\" },\n" \
838
844
"{ symbol \"Q\", name \"Glutamine\"},\n" \
839
845
"{ symbol \"R\", name \"Arginine\"},\n" \
878
884
"{ symbol \"G\", name \"Glycine\" },\n" \
879
885
"{ symbol \"H\", name \"Histidine\" } ,\n" \
880
886
"{ symbol \"I\", name \"Isoleucine\" },\n" \
881
 
"{ symbol \"\", name \"\" },\n" \
 
887
"{ symbol \"J\", name \"Leu or Ile\" },\n" \
882
888
"{ symbol \"K\", name \"Lysine\" },\n" \
883
889
"{ symbol \"L\", name \"Leucine\" },\n" \
884
890
"{ symbol \"M\", name \"Methionine\" },\n" \
885
891
"{ symbol \"N\", name \"Asparagine\" } ,\n" \
886
 
"{ symbol \"\", name \"\" },\n" \
 
892
"{ symbol \"O\", name \"Pyrrolysine\" },\n" \
887
893
"{ symbol \"P\", name \"Proline\" },\n" \
888
894
"{ symbol \"Q\", name \"Glutamine\"},\n" \
889
895
"{ symbol \"R\", name \"Arginine\"},\n" \
895
901
"{ symbol \"X\", name \"Undetermined or atypical\"},\n" \
896
902
"{ symbol \"Y\", name \"Tyrosine\"},\n" \
897
903
"{ symbol \"Z\", name \"Glu or Gln\" } } } ,\n" \
898
 
"{ code iupacaa3 , num 26 , one-letter FALSE , table {\n" \
 
904
"{ code iupacaa3 , num 28 , one-letter FALSE , table {\n" \
899
905
"{ symbol \"---\", name \"Gap\" } ,\n" \
900
906
"{ symbol \"Ala\", name \"Alanine\" },\n" \
901
907
"{ symbol \"Asx\", name \"Asp or Asn\" },\n" \
921
927
"{ symbol \"Tyr\", name \"Tyrosine\"},\n" \
922
928
"{ symbol \"Glx\", name \"Glu or Gln\" },\n" \
923
929
"{ symbol \"Sec\", name \"Selenocysteine\"},\n" \
924
 
"{ symbol \"Ter\", name \"Termination\" } } } ,\n" \
 
930
"{ symbol \"Ter\", name \"Termination\"},\n" \
 
931
"{ symbol \"Pyl\", name \"Pyrrolysine\"},\n" \
 
932
"{ symbol \"Xle\", name \"Leu or Ile\" } } } ,\n" \
925
933
"{ code ncbistdaa , num 26 , one-letter TRUE , table {\n" \
926
934
"{ symbol \"-\", name \"Gap\" } ,\n" \
927
935
"{ symbol \"A\", name \"Alanine\" },\n" \
986
994
"{ from ncbi4na , to ncbi2na , num 16 ,\n" \
987
995
"table { 3, 0, 1, 1, 2, 2, 1, 0, 3, 3, 3, 0, 2, 2, 1, 0 } } ,\n" \
988
996
"{ from iupacaa , to ncbieaa , num 26 , start-at 65 ,\n" \
989
 
"table { 65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 255, 75, 76, 77, 78, 255, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90 } } ,\n" \
 
997
"table { 65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90 } } ,\n" \
990
998
"{ from ncbieaa , to iupacaa , num 49 , start-at 42 ,\n" \
991
999
"table { 88 , 255, 255, 88, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255, 255,\n" \
992
 
"65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 255, 75, 76, 77, 78, 255, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90 } } ,\n" \
 
1000
"65 , 66 , 67 , 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90 } } ,\n" \
993
1001
"{ from iupacaa , to ncbistdaa , num 26 , start-at 65 ,\n" \
994
1002
"table { 1 , 2 , 3 , 4, 5, 6, 7, 8, 9, 255, 10, 11, 12, 13, 255, 14, 15, 16, 17, 18, 24, 19, 20, 21, 22, 23 } } ,\n" \
995
1003
"{ from ncbieaa , to ncbistdaa , num 49 , start-at 42 ,\n" \