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Viewing changes to tools/actutils.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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Lines of Context:
tools/actutils.h
1
 
/* $Id: actutils.h,v 6.15 2004/11/22 16:45:24 bollin Exp $
 
1
/* $Id: actutils.h,v 6.16 2006/01/03 15:47:25 bollin Exp $
2
2
 *===========================================================================
3
3
*
4
4
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
29
29
*
30
30
* Version Creation Date:   2/00
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.15 $
 
32
* $Revision: 6.16 $
33
33
*
34
34
* File Description: utility functions for alignments
35
35
*
36
36
* Modifications:
37
37
* --------------------------------------------------------------------------
38
38
* $Log: actutils.h,v $
 
39
* Revision 6.16  2006/01/03 15:47:25  bollin
 
40
* allow alignment callback for ACT_FindPiece so that it can use the new BLAST
 
41
* library
 
42
*
39
43
* Revision 6.15  2004/11/22 16:45:24  bollin
40
44
* created global alignment function with callback method to allow use of new
41
45
* BLAST library
208
212
NLM_EXTERN SeqAlignPtr Sqn_GlobalAlign2Seq (BioseqPtr bsp1, BioseqPtr bsp2, BoolPtr revcomp);
209
213
NLM_EXTERN void ReverseBioseqFeatureStrands (BioseqPtr bsp);
210
214
NLM_EXTERN void ACT_GetNthSeqRangeInSASet(SeqAlignPtr sap, Int4 n, Int4Ptr start, Int4Ptr stop);
211
 
NLM_EXTERN SeqAlignPtr ACT_FindPiece(BioseqPtr bsp1, BioseqPtr bsp2, Int4 start1, Int4 stop1, Int4 start2, Int4 stop2, Uint1 strand, Int4 which_side);
212
215
NLM_EXTERN void SQN_ExtendAlnAlg(SeqAlignPtr sap, Int4 ovl, Int4 which_side, Uint1 strand);
213
216
NLM_EXTERN SeqAlignPtr ACT_CleanUpAlignments(SeqAlignPtr sap, Int4 len1, Int4 len2);
214
217
extern void ACT_RemoveInconsistentAlnsFromSet (SeqAlignPtr sap, Int4 fuzz, Int4 n);
215
218
 
216
219
typedef SeqAlignPtr (LIBCALLBACK *GetAlignmentFunc) (BioseqPtr bsp1, BioseqPtr bsp2);
 
220
typedef SeqAlignPtr (LIBCALLBACK *GetAlignmentPieceFunc) (SeqLocPtr bsp1, SeqLocPtr bsp2);
217
221
 
218
 
NLM_EXTERN SeqAlignPtr Sqn_GlobalAlign2SeqEx (BioseqPtr bsp1, BioseqPtr bsp2, BoolPtr revcomp, GetAlignmentFunc aln_func);
 
222
NLM_EXTERN SeqAlignPtr ACT_FindPiece(BioseqPtr bsp1, BioseqPtr bsp2, Int4 start1, Int4 stop1, Int4 start2, Int4 stop2, Uint1 strand, Int4 which_side, GetAlignmentPieceFunc aln_piece_func);
 
223
NLM_EXTERN SeqAlignPtr Sqn_GlobalAlign2SeqEx (BioseqPtr bsp1, BioseqPtr bsp2, BoolPtr revcomp, GetAlignmentFunc aln_func, GetAlignmentPieceFunc aln_piece_func);
219
224
 
220
225
/***************************************************************************
221
226
*