← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/ncbi-tools6/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to make/makedis.csh

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
Re-merge with Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
make/makedis.csh
1
1
#!/bin/csh -f
2
2
#
3
 
# $Id: makedis.csh,v 1.112 2005/09/01 19:17:24 madden Exp $
 
3
# $Id: makedis.csh,v 1.114 2006/01/25 15:49:40 ucko Exp $
4
4
#
5
5
##                            PUBLIC DOMAIN NOTICE                          
6
6
#               National Center for Biotechnology Information
297
297
eval `sed -e 's/^ *#.*//g' -e 's/\$(\([a-zA-Z_]*\))/\${\1}/g' -e 's/ *= */=/g' -e 's/^\([^=]*\)=\(.*\)$/setenv \1 "\2";/' < $NCBI_DOT_MK`
298
298
unset noglob
299
299
 
 
300
# disable assert() unless ENABLE_ASSERT is set
 
301
if ("$?ENABLE_ASSERT" == 0) then
 
302
    set NCBI_OPTFLAG="-DNDEBUG $NCBI_OPTFLAG"
 
303
    echo "Disabling assert()."
 
304
else
 
305
    echo "Enabling assert()."
 
306
endif
 
307
 
300
308
cd ncbi/build
301
309
ln -s ../make/*.unx .
302
310
ln -s ../make/ln-if-absent .
367
375
                OGLLIBS=\"$OGL_LIBS $PNG_LIBS\" \
368
376
                VIBFLAG=\"$NCBI_VIBFLAG\" \
369
377
                VIB=\"Psequin sbtedit Nentrez udv ddv blastcl3 \
370
 
                idfetch bl2seq asn2gb tbl2asn entrez2 gbseqget \
 
378
                idfetch bl2seq asn2gb tbl2asn gene2xml entrez2 gbseqget \
371
379
                $WWWBLAST $OGL_TARGETS\") 
372
380
else if ( "$HAVE_MAC" == 1 ) then
373
381
        set ALL_VIB=(LIB30=libncbicn3d.a \
390
398
                VIBFLAG=\"$NCBI_VIBFLAG\" \
391
399
                VIB_POST_LINK=\"/Developer/Tools/Rez -t APPL ../link/macmet/Carbon.r -o\" \
392
400
                VIB=\"Psequin sbtedit udv ddv blastcl3 \
393
 
                idfetch bl2seq asn2gb tbl2asn entrez2 gbseqget $WWWBLAST \") 
 
401
                idfetch bl2seq asn2gb tbl2asn gene2xml entrez2 gbseqget $WWWBLAST \") 
394
402
else # no Motif, build only ascii-based applications
395
403
    set OGL_NCBI_LIBS=""
396
404
    set OGL_INCLUDE=""
399
407
 
400
408
        set ALL_VIB=()
401
409
        set DEMO_VIB=()
402
 
        set NET_VIB=(VIB=\"blastcl3 idfetch bl2seq asn2gb tbl2asn $NONVIBWWWBLAST \") 
 
410
        set NET_VIB=(VIB=\"blastcl3 idfetch bl2seq asn2gb tbl2asn gene2xml $NONVIBWWWBLAST \") 
403
411
endif
404
412
 
405
413
set CMD='make $MFLG \
497
505
        errhdr fa2htgs fastacmd findspl fmerge formatdb formatrpsdb getfeat \
498
506
        getmesh getpub getseq gil2bin idfetch impala indexpub makemat makeset \
499
507
        megablast ncbisort netentcf rpsblast seedtop seqtest sequin entrez2 \
500
 
        tbl2asn test_regexp testcore testobj testval udv vecscreen Cn3D \
 
508
        tbl2asn gene2xml test_regexp testcore testobj testval udv vecscreen Cn3D \
501
509
        blast debruijn $WWWBLAST )
502
510
        if ( -x ./$i ) then
503
511
                rm -f ../bin/$i