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  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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doc/man/blast.1
1
 
.TH BLAST 1 2006-01-11 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
 
1
.TH BLAST 1 2006-05-29 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
2
2
.SH NAME
3
3
bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop \- Basic Local Alignment Search Tool
4
4
.SH SYNOPSIS
36
36
[\|\fB\-\fP\|]
37
37
[\|\fB\-B\fP\ \fIN\fP\|]
38
38
[\|\fB\-D\fP\ \fIN\fP\|]
 
39
[\|\fB\-C\fP\ \fIx\fP\|]
39
40
[\|\fB\-E\fP\ \fIN\fP\|]
40
41
[\|\fB\-F\fP\ \fIstr\fP\|]
41
42
[\|\fB\-G\fP\ \fIN\fP\|]
46
47
[\|\fB\-L\fP\|]
47
48
[\|\fB\-M\fP\ \fIstr\fP\|]
48
49
[\|\fB\-N\fP\|]
49
 
[\|\fB\-O\fP\ \fIfilename\fP\|]
50
50
[\|\fB\-P\fP\ \fIX\fP\|]
51
51
[\|\fB\-Q\fP\ \fIN\fP\|]
 
52
[\|\fB\-R\fP\|]
52
53
[\|\fB\-S\fP\ \fIN\fP\|]
53
54
[\|\fB\-T\fP\ \fIN\fP\|]
54
 
[\|\fB\-V\fP\|]
55
55
[\|\fB\-W\fP\ \fIN\fP\|]
56
56
[\|\fB\-X\fP\ \fIN\fP\|]
57
57
[\|\fB\-Y\fP\ \fIX\fP\|]
102
102
[\|\fB\-S\fP\|]
103
103
[\|\fB\-T\fP\|]
104
104
[\|\fB\-U\fP\|]
105
 
[\|\fB\-V\ F\fP\|]
 
105
[\|\fB\-V\fP\|]
106
106
[\|\fB\-W\fP\ \fIN\fP\|]
107
107
[\|\fB\-X\fP\ \fIN\fP\|]
108
108
[\|\fB\-Y\fP\ \fIX\fP\|]
260
260
[\|\fB\-p\fP\ \fIstr\fP\|]
261
261
[\|\fB\-q\fP\ \fIN\fP\|]
262
262
[\|\fB\-s\fP\|]
263
 
[\|\fB\-t\fP\ \fIN\fP\|]
 
263
[\|\fB\-t\fP\ \fIN\fP[\|\fBu\fP\|]\|]
264
264
[\|\fB\-u\fP\ \fIN\fP\|]
265
265
[\|\fB\-v\fP\ \fIN\fP\|]
266
266
[\|\fB\-y\fP\ \fIX\fP\|]
320
320
[\|\fB\-d\fP\ \fIstr\fP\|]
321
321
[\|\fB\-e\fP\ \fIX\fP\|]
322
322
[\|\fB\-f\fP\|]
323
 
[\|\fB\-g\fP\|]
 
323
[\|\fB\-g\ F\fP\|]
324
324
[\|\fB\-i\fP\ \fIfilename\fP\|]
325
325
[\|\fB\-l\fP\ \fIstr\fP\|]
326
326
[\|\fB\-m\fP\ \fIN\fP\|]
394
394
the blastn or blastp algorithm.  Both sequences must be either
395
395
nucleotides or proteins.
396
396
.PP
397
 
\fBblast\fP compares a sequence against either a local database or a
 
397
\fBblast2\fP compares a sequence against either a local database or a
398
398
second sequence; it incorporates most of the functionality of both
399
399
\fBbl2seq\fP and \fBblastall\fP, but uses a semi-experimental new
400
400
internal engine.
401
401
.PP
402
402
\fBblastall\fP and \fBblastall_old\fP find the best matches in a
403
403
local database for a sequence.
404
 
The only difference between the two is that \fBblastall_old\fP always
405
 
uses the traditional engine, whereas \fBblastall\fP also supports
406
 
using a newer engine that may eventually become the default.
 
404
\fBblastall\fP uses a newer engine than \fBblastall_old\fP by default,
 
405
but supports using the older engine as well (when invoked with the
 
406
option \fB-V\ F\fP).
407
407
.PP
408
408
\fBblastcl3\fP accesses the newest NCBI BLAST search engine (version
409
409
2.0).  The software behind BLAST version 2.0 was written from scratch
504
504
\fB\-B\fP\ \fIfilename\fP (blastpgp)
505
505
Input Alignment File for PSI-BLAST Restart
506
506
.TP
507
 
\fB\-C\fP\ \fIX\fP (blastall, blastall_old, blastcl3)
 
507
\fB\-C\fP\ \fIX\fP (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
508
508
Use composition-based statistics for tblastn:
509
509
.RS
510
510
.PD 0
635
635
Use matrix \fIstr\fP (default = BLOSUM62)
636
636
.TP
637
637
\fB\-M\fP\ \fIN\fP (megablast)
638
 
Maximal total length of queries for a single search (default = 20000000)
 
638
Maximal total length of queries for a single search (default = 5000000)
639
639
.TP
640
640
\fB\-N\fP (blast2)
641
641
Show only accessions for sequence IDs in tabular output
656
656
.PD
657
657
.RE
658
658
.TP
659
 
\fB\-O\fP\ \fIfilename\fP (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
 
659
\fB\-O\fP\ \fIfilename\fP (blastall, blastall_old, blastcl3,
660
660
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop)
661
661
Write (ASN.1) sequence alignments to \fIfilename\fP; only valid for
662
662
blastpgp, impala, rpsblast, and seedtop with \fB\-J\fP, and only valid
685
685
\fB\-Q\fP\ \fIfilename\fP (megablast)
686
686
Masked query output; requires \fB-D\ 2\fP
687
687
.TP
 
688
\fB\-R\fP (blast2)
 
689
Compute locally optimal Smith-Waterman alignments.
 
690
(This option is only available for gapped tblastn.)
 
691
.TP
688
692
\fB\-R\fP\ \fIfilename\fP (blastall, blastall_old)
689
693
Read PSI-TBLASTN checkpoint file \fIfilename\fP
690
694
.TP
738
742
rpsblast)
739
743
Use lower case filtering for the query sequence
740
744
.TP
741
 
\fB\-V\fP (bl2seq, megablast, rpsblast)
 
745
\fB\-V\fP (bl2seq, blastall, megablast, rpsblast)
742
746
Force use of legacy engine
743
747
.TP
744
 
\fB\-V\ F\fP (blastall)
745
 
Force use of new engine
746
 
.TP
747
748
\fB\-V\fP (blast2)
748
749
Use variable word size approach to database scanning
749
750
.TP
833
834
.PD
834
835
.RE
835
836
.TP
836
 
\fB\-g\fP (megablast)
837
 
Generate words for every base of the database (default is every 4th;
838
 
may only be used with discontiguous words)
 
837
\fB\-g\ F\fP (megablast)
 
838
Generate words for every fourth base of the database (only relevant
 
839
for discontiguous words)
839
840
.TP
840
841
\fB\-h\fP\ \fIN\fP (blast2)
841
842
Frame shift penalty for out-of-frame gapping (blastx, tblastn only;
865
866
Restrict search of database to list of GI's [String]
866
867
.TP
867
868
\fB\-l\fP\ \fIfilename\fP (rpsblast)
868
 
Logfile name (default is rpsblast.log)
 
869
Log messages to \fIfilename\fP rather than standard error.
869
870
.TP
870
871
\fB\-m\fP (bl2seq)
871
872
Use Mega Blast for search
979
980
assignments; default = 0; negative values disable linking for blastall,
980
981
blastall_old, and blastcl3.)
981
982
.TP
982
 
\fB\-t\fP\ \fIN\fP (blastpgp)
983
 
Composition-based statistics mode:
 
983
\fB\-t\fP\ \fIN\fP[\|\fBu\fP\|] (blastpgp)
 
984
Composition-based statistics mode.  The first character is interpreted
 
985
as follows:
984
986
.RS
985
987
.PD 0
986
988
.IP "0, F, or f"
994
996
composition-based score adjustment as in \fIBioinformatics\fP
995
997
21:902-911, 2005, unconditionally in round 1
996
998
.PD
 
999
.P
 
1000
When composition-based statistics are in use, appending \fBu\fP
 
1001
(case-insensitive) to the argument requests unified p-value combining
 
1002
alignment p-value and compositional p-value in round 1 only.
997
1003
.RE
998
1004
.TP
999
1005
\fB\-t\fP\ \fIN\fP (megablast)