← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/enigmail/oneiric-updates

« back to all changes in this revision

Viewing changes to build/pgo/js-input/string-fasta.html

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Alexander Sack
  • Date: 2010-04-10 01:42:24 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100410014224-fbq9ui5x3b0h2t36
Tags: 2:1.0.1-0ubuntu1
https://launchpad.net/bugs/527138
* First releaase of enigmail 1.0.1 for tbird/icedove 3
  (LP: #527138)
* redo packaging from scratch 
  + add debian/make-orig target that uses xulrunner provided
    buildsystem + enigmail tarball to produce a proper orig.tar.gz
  + use debhelper 7 with mozilla-devscripts
  + use debian source format 3.0 (quilt)
  + patch enigmail to use frozen API only
    - add debian/patches/frozen_api.diff
  + patch build system to not link against -lxul - which isnt
    available for sdks produced by all-static apps like tbird
    - add debian/patches/build_system_dont_link_libxul.diff
  + add minimal build-depends to control

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
build/pgo/js-input/string-fasta.html
 
1
<!DOCTYPE html>
 
2
<head>
 
3
<!--
 
4
 Copyright (C) 2007 Apple Inc.  All rights reserved.
 
5
 
 
6
 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
 
7
 modification, are permitted provided that the following conditions
 
8
 are met:
 
9
 1. Redistributions of source code must retain the above copyright
 
10
    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 
11
 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 
12
    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 
13
    documentation and/or other materials provided with the distribution.
 
14
 
 
15
 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY APPLE COMPUTER, INC. ``AS IS'' AND ANY
 
16
 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
 
17
 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
 
18
 PURPOSE ARE DISCLAIMED.  IN NO EVENT SHALL APPLE COMPUTER, INC. OR
 
19
 CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
 
20
 EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
 
21
 PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR
 
22
 PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY
 
23
 OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
 
24
 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
 
25
 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE. 
 
26
-->
 
27
 
 
28
<title>SunSpider string-fasta</title>
 
29
 
 
30
</head>
 
31
 
 
32
<body>
 
33
<h3>string-fasta</h3>
 
34
<div id="console">
 
35
</div>
 
36
 
 
37
<script>
 
38
 
 
39
var _sunSpiderStartDate = new Date();
 
40
 
 
41
// The Great Computer Language Shootout
 
42
//  http://shootout.alioth.debian.org
 
43
//
 
44
//  Contributed by Ian Osgood
 
45
 
 
46
var last = 42, A = 3877, C = 29573, M = 139968;
 
47
 
 
48
function rand(max) {
 
49
  last = (last * A + C) % M;
 
50
  return max * last / M;
 
51
}
 
52
 
 
53
var ALU =
 
54
  "GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG" +
 
55
  "GAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGA" +
 
56
  "CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT" +
 
57
  "ACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCA" +
 
58
  "GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGG" +
 
59
  "AGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCC" +
 
60
  "AGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAA";
 
61
 
 
62
var IUB = {
 
63
  a:0.27, c:0.12, g:0.12, t:0.27,
 
64
  B:0.02, D:0.02, H:0.02, K:0.02,
 
65
  M:0.02, N:0.02, R:0.02, S:0.02,
 
66
  V:0.02, W:0.02, Y:0.02
 
67
}
 
68
 
 
69
var HomoSap = {
 
70
  a: 0.3029549426680,
 
71
  c: 0.1979883004921,
 
72
  g: 0.1975473066391,
 
73
  t: 0.3015094502008
 
74
}
 
75
 
 
76
function makeCumulative(table) {
 
77
  var last = null;
 
78
  for (var c in table) {
 
79
    if (last) table[c] += table[last];
 
80
    last = c;
 
81
  }
 
82
}
 
83
 
 
84
function fastaRepeat(n, seq) {
 
85
  var seqi = 0, lenOut = 60;
 
86
  while (n>0) {
 
87
    if (n<lenOut) lenOut = n;
 
88
    if (seqi + lenOut < seq.length) {
 
89
      ret = seq.substring(seqi, seqi+lenOut);
 
90
      seqi += lenOut;
 
91
    } else {
 
92
      var s = seq.substring(seqi);
 
93
      seqi = lenOut - s.length;
 
94
      ret = s + seq.substring(0, seqi);
 
95
    }
 
96
    n -= lenOut;
 
97
  }
 
98
}
 
99
 
 
100
function fastaRandom(n, table) {
 
101
  var line = new Array(60);
 
102
  makeCumulative(table);
 
103
  while (n>0) {
 
104
    if (n<line.length) line = new Array(n);
 
105
    for (var i=0; i<line.length; i++) {
 
106
      var r = rand(1);
 
107
      for (var c in table) {
 
108
        if (r < table[c]) {
 
109
          line[i] = c;
 
110
          break;
 
111
        }
 
112
      }
 
113
    }
 
114
    ret = line.join('');
 
115
    n -= line.length;
 
116
  }
 
117
}
 
118
 
 
119
var ret;
 
120
 
 
121
var count = 7;
 
122
ret = fastaRepeat(2*count*100000, ALU);
 
123
ret = fastaRandom(3*count*1000, IUB);
 
124
ret = fastaRandom(5*count*1000, HomoSap);
 
125
 
 
126
 
 
127
 
 
128
var _sunSpiderInterval = new Date() - _sunSpiderStartDate;
 
129
 
 
130
document.getElementById("console").innerHTML = _sunSpiderInterval;
 
131
</script>
 
132
 
 
133
 
 
134
</body>
 
135
</html>