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Viewing changes to inst/doc/cummeRbund-example-workflow.R

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-12-28 17:17:25 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131228171725-polmzo8go4m371c6
Tags: 2.4.1-1
* New upstream version
* debian/rules: Remove useless creation of ${R-Depends}
* debian/control: Versioned Build-Depends: r-base-dev (>= 3.0)
* debian/README.test: add hint how to test the package

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Lines of Context:
inst/doc/cummeRbund-example-workflow.R
 
1
### R code from vignette source 'cummeRbund-example-workflow.Rnw'
 
2
 
 
3
###################################################
 
4
### code chunk number 1: init
 
5
###################################################
 
6
options(width=65)
 
7
 
 
8
 
 
9
###################################################
 
10
### code chunk number 2: loadLib
 
11
###################################################
 
12
library(cummeRbund)
 
13
 
 
14
 
 
15
###################################################
 
16
### code chunk number 3: read
 
17
###################################################
 
18
cuff <- readCufflinks(dir=system.file("extdata", package="cummeRbund"))
 
19
cuff
 
20
 
 
21
 
 
22
###################################################
 
23
### code chunk number 4: model_fit_1
 
24
###################################################
 
25
d<-dispersionPlot(genes(cuff))
 
26
d
 
27
 
 
28
 
 
29
###################################################
 
30
### code chunk number 5: model_fit_1_plot
 
31
###################################################
 
32
d<-dispersionPlot(genes(cuff))
 
33
d
 
34
print(d)
 
35
 
 
36
 
 
37
###################################################
 
38
### code chunk number 6: rep_boxplot_1
 
39
###################################################
 
40
pBoxRep<-csBoxplot(genes(cuff),replicates=T)
 
41
pBoxRep
 
42
 
 
43
 
 
44
###################################################
 
45
### code chunk number 7: rep_dendro_1
 
46
###################################################
 
47
pDendro<-csDendro(genes(cuff),replicates=T)
 
48
pDendro
 
49
 
 
50
 
 
51
###################################################
 
52
### code chunk number 8: rep_boxplot_1_plot
 
53
###################################################
 
54
pBoxRep<-csBoxplot(genes(cuff),replicates=T)
 
55
pBoxRep
 
56
print(pBoxRep)
 
57
 
 
58
 
 
59
###################################################
 
60
### code chunk number 9: rep_dendro_1_plot
 
61
###################################################
 
62
pDendro<-csDendro(genes(cuff),replicates=T)
 
63
pDendro
 
64
print(pDendro)
 
65
 
 
66
 
 
67
###################################################
 
68
### code chunk number 10: boxplot_1
 
69
###################################################
 
70
pBox<-csBoxplot(genes(cuff))
 
71
pBox
 
72
 
 
73
 
 
74
###################################################
 
75
### code chunk number 11: boxplot_1_plot
 
76
###################################################
 
77
pBox<-csBoxplot(genes(cuff))
 
78
pBox
 
79
print(pBox)
 
80
 
 
81
 
 
82
###################################################
 
83
### code chunk number 12: diff_exp_genes_1
 
84
###################################################
 
85
sigGeneIds<-getSig(cuff,alpha=0.05,level="genes")
 
86
head(sigGeneIds)
 
87
length(sigGeneIds)
 
88
 
 
89
 
 
90
###################################################
 
91
### code chunk number 13: diff_exp_genes_2
 
92
###################################################
 
93
hESCvsFibroblast.sigGeneIds<-getSig(cuff,"hESC","Fibroblasts",alpha=0.05,level="genes")
 
94
head(hESCvsFibroblast.sigGeneIds)
 
95
length(hESCvsFibroblast.sigGeneIds)
 
96
 
 
97
 
 
98
###################################################
 
99
### code chunk number 14: diff_exp_genes_3
 
100
###################################################
 
101
sigGenes<-getGenes(cuff,sigGeneIds)
 
102
sigGenes
 
103
 
 
104
 
 
105
###################################################
 
106
### code chunk number 15: diff_exp_feat_1
 
107
###################################################
 
108
sigGeneIds<-getSig(cuff,alpha=0.05,level="isoforms")
 
109
head(sigGeneIds)
 
110
length(sigGeneIds)
 
111
 
 
112
 
 
113
###################################################
 
114
### code chunk number 16: ind_gene_1
 
115
###################################################
 
116
Pink1<-getGene(cuff,'PINK1')
 
117
Pink1
 
118
 
 
119