~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/r-bioc-cummerbund/utopic

\name{QCplots}

\alias{fpkmSCVPlot}

\alias{fpkmSCVPlot,CuffData-method}

 

\title{

Quality Control visualizations          

}

\description{

A collection of ggplot2 visualizations for quality control assessment of cuffdiff output.

 

- fpkmSCVPlot: A measure of cross-replicate variability, the squared coefficient of variation is a normalized measure of variance between empirical repicate FPKM values per condition, across the range of FPKM estimates.

 

}

\usage{

\S4method{fpkmSCVPlot}{CuffData}(object,FPKMLowerBound=1)

}

 

\arguments{

  \item{object}{

An object of class CuffData.

}

  \item{FPKMLowerBound}{

A lower limit cutoff for FPKM values from which a fit of squared Coefficient of variation (default: 1)  

}

}

\details{

None

}

\value{

A ggplot2 plot object with a geom_box layer.

}

\references{

None

}

\author{

Loyal A. Goff

}

\note{

None

}

\examples{

        a<-readCufflinks(system.file("extdata", package="cummeRbund")) #Read cufflinks data and create CuffSet object

        genes<-a@genes #CuffData object for all genes

        csBoxplot(genes)

}