← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/r-bioc-cummerbund/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to man/csScatter.Rd

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-12-28 17:17:25 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131228171725-polmzo8go4m371c6
Tags: 2.4.1-1
* New upstream version
* debian/rules: Remove useless creation of ${R-Depends}
* debian/control: Versioned Build-Depends: r-base-dev (>= 3.0)
* debian/README.test: add hint how to test the package

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
man/csScatter.Rd
1
1
\name{csScatter}
2
2
\alias{csScatter}
 
3
\alias{csScatterMatrix}
3
4
\alias{csScatter,CuffData-method}
 
5
\alias{csScatterMatrix,CuffData-method}
4
6
\alias{csScatter,CuffFeatureSet-method}
5
7
 
6
8
\title{
11
13
}
12
14
\usage{
13
15
\S4method{csScatter}{CuffData}(object, x, y, logMode=TRUE, pseudocount=1.0, labels, smooth=FALSE, colorByStatus = FALSE, drawRug=TRUE, ...)
 
16
\S4method{csScatterMatrix}{CuffData}(object,replicates=FALSE,logMode=TRUE,pseudocount=1.0, hexbin=FALSE, useCounts=FALSE, ...)
14
17
}
15
18
 
16
19
\arguments{
26
29
  \item{logMode}{
27
30
Logical argument to log2-transform data (default: T )
28
31
}
 
32
  \item{replicates}{
 
33
Logical argument whether or not to draw individual replicate values instead of condition values. (default: T )
 
34
}
29
35
  \item{pseudocount}{
30
36
Value to add to zero FPKM values for log transformation (default: 0.0001)
31
37
}
41
47
  \item{drawRug}{
42
48
A logical argument whether or not to draw the rug for x and y axes [Default = TRUE]
43
49
}
44
 
  \item{\dots}{
 
50
  \item{hexbin}{
 
51
Logical value whether or not to visualize overplotting with hexbin.
 
52
}
 
53
 \item{useCounts}{
 
54
Uses normalized counts instead of FPKM.
 
55
}
 
56
 \item{\dots}{
45
57
Additional arguments to csScatter
46
58
}
47
59
}