4
<< /S /GoTo /D (section.1) >>
10
<< /S /GoTo /D (section.2) >>
16
<< /S /GoTo /D (section.3) >>
19
(Reading cuffdiff output)
22
<< /S /GoTo /D (section.4) >>
25
(Quality Assessment of data)
28
<< /S /GoTo /D (subsection.4.1) >>
31
(Evaluating model fit)
34
<< /S /GoTo /D (subsection.4.2) >>
37
(Identifying outlier replicates)
40
<< /S /GoTo /D (subsection.4.3) >>
43
(Determining relationships between conditions)
46
<< /S /GoTo /D (section.5) >>
49
(Analysis of differential expression)
52
<< /S /GoTo /D (subsection.5.1) >>
55
(Identifying differentially expressed genes)
58
<< /S /GoTo /D (subsubsection.5.1.1) >>
61
(Creating significant gene sets)
64
<< /S /GoTo /D (subsubsection.5.1.2) >>
67
(Visualization of significant gene sets)
70
<< /S /GoTo /D (subsection.5.2) >>
73
(Identifying differentially expressed features)
76
<< /S /GoTo /D (subsubsection.5.2.1) >>
79
(Creating significant feature sets)
82
<< /S /GoTo /D (subsubsection.5.2.2) >>
85
(Visualization of significant feature sets)
88
<< /S /GoTo /D (subsection.5.3) >>
91
(Analysis of individual genes)
94
<< /S /GoTo /D (subsubsection.5.3.1) >>
97
(Subsetting individual genes)
100
<< /S /GoTo /D (subsubsection.5.3.2) >>
103
(Creating a CuffGene object)
106
<< /S /GoTo /D (subsubsection.5.3.3) >>
109
(Visualization of individual genes)
112
<< /S /GoTo /D (section.6) >>
118
<< /S /GoTo /D (subsection.6.1) >>
121
(Identifying patterns of gene expression)
124
<< /S /GoTo /D (subsection.6.2) >>
127
(Similarity analysis)
130
<< /S /GoTo /D (subsection.6.3) >>
133
(Specificity analysis)
136
<< /S /GoTo /D (section.7) >>
139
(Analysis of differential splicing)
142
<< /S /GoTo /D (section.8) >>
145
(Analysis of differential promoter usage)
148
<< /S /GoTo /D (section.9) >>
151
(Linking with additional analyses)
154
<< /S /GoTo /D (subsection.9.1) >>
157
(Gene Ontology Analysis \(clusterProfiler\))
160
<< /S /GoTo /D (subsection.9.2) >>
163
(Gene Set Enrichment Analysis \(Preranked\))
166
<< /S /GoTo /D (subsection.9.3) >>
169
(Principal component analysis)
172
<< /S /GoTo /D (section.10) >>
175
(Visualization Tips/Tricks)
178
<< /S /GoTo /D (subsection.10.1) >>
184
<< /S /GoTo /D (section.11) >>
190
<< /S /GoTo /D [126 0 R /Fit ] >>
197
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198
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199
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200
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202
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209
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/Rect [132.772 457.933 196.732 466.8]
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/Rect [132.772 412.165 266.38 422.964]
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245
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252
/Rect [147.716 366.337 295.45 377.176]
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259
/Rect [147.716 354.381 370.906 365.221]
260
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266
/Rect [132.772 332.464 318.105 343.263]
267
/A << /S /GoTo /D (section.5) >>
272
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273
/Rect [147.716 320.508 348.65 331.348]
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/A << /S /GoTo /D (subsection.5.1) >>
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280
/Rect [170.63 308.553 331.595 319.392]
281
/A << /S /GoTo /D (subsubsection.5.1.1) >>
286
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287
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295
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/Rect [147.716 248.777 293.866 259.617]
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/Rect [170.63 236.822 323.744 247.661]
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397
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398
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399
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/Rect [132.772 632.389 312.018 643.188]
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/A << /S /GoTo /D (section.9) >>
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/Rect [147.716 596.523 300.342 607.362]
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/A << /S /GoTo /D (subsection.9.3) >>
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/A << /S /GoTo /D (subsection.10.1) >>
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/ProcSet [ /PDF /Text ]
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