← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/r-bioc-cummerbund/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to man/findSimilar.Rd

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-12-28 17:17:25 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131228171725-polmzo8go4m371c6
Tags: 2.4.1-1
* New upstream version
* debian/rules: Remove useless creation of ${R-Depends}
* debian/control: Versioned Build-Depends: r-base-dev (>= 3.0)
* debian/README.test: add hint how to test the package

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
man/findSimilar.Rd
9
9
Returns a CuffGeneSet containing n genes with the most similar expression profiles to gene/profile x.
10
10
}
11
11
\usage{
12
 
\S4method{findSimilar}{CuffSet}(object, x, n)
 
12
\S4method{findSimilar}{CuffSet}(object, x, n,distThresh,returnGeneSet=TRUE,...)
13
13
}
14
14
 
15
15
\arguments{
22
22
  \item{n}{
23
23
Number of similar genes to return
24
24
}
 
25
  \item{distThresh}{
 
26
A thresholding value on which to filter results based on JS-distance (e.g. A distThresh of 1.0 will return all genes, 0.0 will return those genes with 'perfect identity' to the gene of interest.) 
 
27
}
 
28
  \item{returnGeneSet}{
 
29
A logical value whether to return a CuffGeneSet object [default] or a distance-ranked data frame of similar genes.  The latter is useful if you want to explore the returned list based on distances.
 
30
}
 
31
  \item{\dots}{
 
32
Additional arguments to fpkmMatrix call within findSimilar (e.g. fullnames=T)
 
33
}
25
34
}
26
35
\details{
27
36
By default, returns a CuffGeneSet object with n similar genes.  This may change in the future.